全外显子测序分析流程5 - ANNOVAR注释VCF变异位点

全外显子测序分析流程5 - ANNOVAR注释VCF变异位点

本流程通过GATK碱基校正生成碱基质量校正后的BAM文件，并对该文件运用执行GATK HaplotypeCaller 获得未过滤的VCF文件，通过提取snp和indel，并分别使用硬指标对提取获得的snp和indel VCF文件进行过滤，对过滤后的文件使用merge进行合并，后续进行变异位点注释。

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