虽然网上有很多关于Linux安装的文档。但是为了以后安装的方便,还是决定把自己在ubuntu11.10下面安装Gromacs的步骤记录如下:
- 下载并安装fftw:
(1)下载网址:www.fftw.org
(2)解压:tar xzvf fftw-xxx.tar.gz
(3)安装
a.安装单精度fftw
cd ~/fftw.xxx (转到解压出来的fftw所在目录)
./configure --enable-threads --enable-float
make -j 2 (-j后面的2表示用2核执行make,当然如果你是4核机子,你也可以-j 4)
sudo make install
b. 安装双精度fftw
make distclean
./configure --enable-threads
make -j 2 (-j后面的2表示用2核执行make,当然如果你是4核机子,你也可以-j 4)
sudo make install
2.安装Gromacs
(1) 下载网址:www.gromacs.org
(2) 解压:tar xzvf gromacs-xxx.tar.gz
(3) 安装单机版gromacs
cd ~/gromacs.xxx
./configure
make -j 2
sudo make install
(4) 设置环境变量
将 “source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC”添加到.bashrc文件的末尾位置。
source .bashrc
至此,单机版的Gromacs安装完成,键入“g_luck"命令检验是否安装成功。
下面将安装并行版的Gromacs.
(1)准备工作:
a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略,一般ubuntu是包含gcc的,如果你的机子没有,请按此安装)
b.安装g++: sudo apt-get install g++
c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。
(以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi)
d. 安装lam-mpi:
下载:wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2
解压:tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2
安装: cd lam-7.1.4
./configure make make install
至此,安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录: cd …/gromacs-xxx
(2) 安装并行版Gromacs
make clean
./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi
make mdrun (因为只有mdrun需要并行,所以,之需要make mdrun)
sudo make install-mdrun.
至此,默认路径下安装单机和并行Gromacs的工作已完成。如果不知在默认路径下安装,则需要另外设置环境变量,具体请参考:http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions 和 http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/nerd.html。
要想运行并行mdrun,需按如下命令执行:
$usr/local/lam714/lamboot
$usr/local/lam714/bin/mpirun -np 4 mdrun_mpi -s topol.tpr -c -g -e -x -o -cpi -append -cpo
$usr/local/lam714/lamhalt