一文读懂5R微生物多样性产品在医学领域的应用

随着新一代测序技术的发展，越来越多的证据证实肿瘤中存在微生物群落，这被认为具有重要的科学意义和临床意义。目前，微生物群与临床特征之间的相关性经常被研究，而涉及宿主-微生物串扰的因果关系很少被报道。造成这一关键差异的主要原因是瘤内微生物群的低生物量，这给16S rRNA基因测序、瘤内微生物体外分离纯化以及功能实验的设计和执行带来了困难。因此，迫切需要整合使用数据挖掘和多样化实验来帮助研究人员研究肿瘤中的常驻细菌。

5R微生物多样性（医学）采用5R 16S测序，即对16S rRNA基因上的五个区域（V2、V3、V5、V6、V8）进行多重PCR扩增和测序，与V3V4区扩增策略相比，此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列，可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率，尤其适合于低微生物量的样品检测，有效降低了组织中宿主DNA对细菌16S rRNA扩增的严重干扰，助力研究人员全面阐释肿瘤微生物组的特征和功能。

文章精选

 （一）

 英文标题：Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota

中文标题：扩大肿瘤学边界：肿瘤内微生物群

期刊：Trends in Microbiology

发表时间：2024-02-02

组学策略：综述类

链接：https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.01.007

摘要：实体肿瘤中的微生物群早在100多年前就已经被识别出来；然而，其异质性的组成和多样性直到最近才得以揭示。越来越多的证据表明，肿瘤内微生物群的几种功能机制影响着肿瘤的发生和发展，这提示肿瘤内微生物群可能是多种癌症的一个有前景的生物标志物。肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战，因此需要使用多模态整合框架来解决这一难题。诸如5R 16S rRNA测序、单细胞测序等先进技术提供了重要的线索，而功能实验和基于培养的方法逐步优化则使得对其中涉及的基本机制进行更深入的研究成为可能。本文作者综述了目前关于肿瘤内微生物群的研究现状，并描述了未来研究面临的挑战及综合性策略。

图2. 肿瘤内微生物群的多模式整合方法学研究

（二）

 

英文标题：Human gastric microbiota analysis of refractory H. pylori infection

中文标题：难治性幽门螺杆菌感染的人类胃部微生物群分析

期刊：Scientific Reports

发表时间：2024-07-07

样品类型：胃窦黏膜

组学策略：5R 16S rRNA测序

链接：https://doi.org/10.1038/s41598-024-66339-9

摘要：幽门螺杆菌（H. pylori）感染正受到越来越多的关注，但其对胃黏膜微生物群影响的详细研究仍然有限。作者从47名个体中收集了胃黏膜样本，并将其分为三组：1) HP组：初次检测为H. pylori阳性的患者（25例）；2) CK组：H. pylori阴性的患者（14例）；3) DiffHP组：难治性H. pylori感染的患者（8例）。这些样本使用5R 16S rRNA测序和PICRUSt功能预测进行了分析。与CK组相比，HP组在菌群分布和功能上显示出差异，而DiffHP组与HP组重叠。Aeromonas piscicola、Shewanella algae、Vibrio plantisponsor、Aeromonas caviae、Serratia marcescens、Vibrio parahaemolyticus、Microbacterium lacticum和Prevotella nigrescens在DiffHP组和HP组中的丰度显著低于CK组。只有在DiffHP组中，Vibrio shilonii的丰度相比于CK组有所降低，而Clostridium perfringens和Paracoccus marinus仅在DiffHP组中增加。LEfSe分析显示，在物种水平上，与CK组相比，DiffHP组中Clostridium perfringens和Paracoccus marinus富集，而Vibrio shilonii减少。在难治性H. pylori感染的个体中，胃微生物群表现出多种人类疾病、有机系统和代谢途径（氨基酸代谢、碳水化合物代谢、转录、复制和修复、细胞周期途径以及凋亡）的富集。多次失败的H. pylori根除治疗的患者表现出胃微生物群的显著变化。Clostridium perfringens和Paracoccus marinus的增加以及Vibrio shilonii的减少似乎是难治性H. pylori感染的特点。

 图3. 三个处理组间不同物种的热图

（三）

 英文标题：Fusobacterium nucleatum-mimicking nanovehicles to overcome chemoresistance for breast cancer treatment by eliminating tumor-colonizing bacteria

中文标题：模拟具核梭杆菌的纳米载体可通过消除肿瘤定植细菌来克服乳腺癌治疗的化学耐药性

期刊：Chem

发表时间：2024-02-23

样品类型：肿瘤组织

组学策略：5R 16S rRNA测序

链接：https://doi.org/10.1016/j.chempr.2024.01.030

摘要：在此研究中，作者发现肿瘤定植的核梭杆菌（F. nucleatum）与乳腺癌中 D-半乳糖-β(1-3)-N-乙酰-D-半乳糖胺（Gal-GalNAc）的表达密切相关，并且会促进化疗耐药性的产生。因此，设计了一种模拟核梭杆菌的纳米载体，通过将核梭杆菌胞质膜（FM）与负载抗生素的脂质体融合。发现这种获得的纳米载体（粘菌素-LipoFM）能够特异性地清除肿瘤内的核梭杆菌，并显著恢复化疗的效果。此外，本研究的模拟核梭杆菌的纳米载体含有广谱抗生素，可以干扰肿瘤内的其他微生物群落，从而抑制乳腺癌的肺转移，并进一步增强临床常用乳腺癌化疗药物的效果，导致某些小鼠体内已形成的肿瘤完全消退。因此，模拟核梭杆菌的纳米载体应是一种针对细菌定植肿瘤的优秀靶向药物递送载体，并为选择性杀死肿瘤内细菌以增强现有癌症治疗提供了有前景的可能性。

 图4. 乳腺肿瘤中核杆菌的丰度

（四）

 英文标题：An emerging antibacterial nanovaccine for enhanced chemotherapy by selectively eliminating tumor-colonizing bacteria

中文标题：一种通过选择性清除肿瘤定植细菌来增强化疗效果的新兴抗菌纳米疫苗

期刊：Science Bulletin

发表时间：2024-06-14

样品类型：肿瘤组织、粪便

组学策略：5R 16S rRNA测序（肿瘤组织）、16S rRNA测序（粪便）

链接：https://doi.org/10.1016/j.scib.2024.06.016

摘要：核梭杆菌（F. nucleatum）是一种口腔厌氧菌，在结直肠癌中普遍存在，并与癌症细胞增殖、转移和不良治疗结果密切相关。能够选择性消除细菌的细菌疫苗提供了一种很有前景的方法，用于靶向肿瘤内的核梭杆菌，从而提高癌症治疗效果。尽管佐剂已被用来增强免疫反应，但疫苗的有效性受到必要的T细胞激活不足的限制，而T细胞激活对于清除细胞内病原体至关重要。在本研究中，作者通过将高度免疫刺激性的胆固醇修饰的CpG寡核苷酸佐剂整合到源自自体的核梭杆菌膜中，开发了一种极简的、仿生纳米疫苗。与传统的由灭活细菌和铝佐剂组成的疫苗相比，结合了细菌膜和佐剂的纳米疫苗能够显著改善多种抗原和佐剂向树突细胞的共递送，最大化它们实现有效抗原呈递和强烈下游免疫进展的能力。值得注意的是，该纳米疫苗表现出优异的选择性预防和治疗效果，能够清除核梭杆菌而不影响肿瘤内和肠道微生物组。它显著增强了化疗效果并减少了核梭杆菌感染的结直肠癌的转移。总体而言，这项工作代表了细菌纳米疫苗的合理应用，并为未来增强对抗细菌感染癌症的抗肿瘤效应的发展提供了蓝图。

图4. LipoFM-CPG用于肿瘤定植F. nucleatum的选择性敲除

（五）

 英文标题：A distinct microbiota signature precedes the clinical diagnosis of hepatocellular carcinoma

中文标题：肝细胞癌临床诊断前有明显的微生物群特征

期刊：Gut Microbes

发表时间：2023-04-23

样品类型：肿瘤组织、口腔、粪便

组学策略：5R 16S rRNA测序（肿瘤组织）、16S rRNA测序（口腔、粪便）

链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2023.220115

摘要：口腔、肠道和肿瘤微生物群已被认为在胃肠道恶性肿瘤的发生和发展中扮演重要调节者的角色。然而，很少有研究关注不同身体区域内的常驻微生物的存在及其关联性。在此，本研究的目标是揭示口腔-肠道-肿瘤微生物组的稳定性及其在肝细胞癌（HCC）诊断中的性能。本研究包括两个队列：一个回顾性发现队列，包含364例乙型肝炎病毒相关HCC患者及160例具有口腔或粪便样本的对照；一个前瞻性验证队列，包含91例病例及124例匹配样本对照，以及48例乙型肝炎和39例乙型肝炎肝硬化患者的肠道微生物模式，通过16S rRNA基因测序进行检测。利用随机森林分析，在回顾性队列中鉴定了能够区分HCC与对照的10种口腔菌属和9种肠道菌属，并在前瞻性的匹配参与者中进行了验证，曲线下面积（AUC）值分别为0.7971和0.8084。当合并这些有影响力的分类时，一致分类器的AUC增加到0.9405。当结合血清甲胎蛋白（AFP）水平时，其性能进一步提高至0.9811。具体而言，以链球菌为代表的微生物标志物在疾病进展过程中显示出持续上升的趋势。此外，通过荧光原位杂交（FISH）和5R 16S rRNA基因测序确认了肝肿瘤组织和非肿瘤组织中几种优势微生物物种的存在。总体来说，基于口腔-肠道-肿瘤微生物组的研究结果为HCC的早期检测提供了一种可靠的方法。

图6. 前瞻性队列中不同条件的肝组织中存在微生物群

参考文献：

[1] Lu Y Q, Qiao H, Tan X R, et al. Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota[J]. Trends in Microbiology, 2024.

[2] Huang X, Zhang D, Li D, et al. Human gastric microbiota analysis of refractory H. pylori infection[J]. Scientific Reports, 2024, 14(1): 15619.

[3] Chen L, Shen J, Kang Z, et al. Fusobacterium nucleatum-mimicking nanovehicles to overcome chemoresistance for breast cancer treatment by eliminating tumor-colonizing bacteria[J]. Chem, 2024.

[4] Chen L, Kang Z, Shen J, et al. An emerging antibacterial nanovaccine for enhanced chemotherapy by selectively eliminating tumor-colonizing bacteria[J]. Science Bulletin, 2024.

[5] Yang J, He Q, Lu F, et al. A distinct microbiota signature precedes the clinical diagnosis of hepatocellular carcinoma[J]. Gut Microbes, 2023, 15(1): 2201159.