使用Psi4 Python在高性能集群上进行计算

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本文介绍了如何在高性能集群上配置和使用Psi4 Python进行量子化学计算。首先确保Psi4安装并配置好环境,然后创建Python虚拟环境安装所需库。接着,展示了一个计算水分子能量和优化几何结构的Python脚本示例。通过提交作业到集群进行计算,最终从输出文件获取计算结果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

使用Psi4 Python在高性能集群上进行计算

Psi4是一个强大的量子化学软件包,它提供了丰富的量子化学计算功能,并且具有Python接口,使得用户可以使用Python编程语言来轻松地进行计算和分析。在本文中,我们将讨论如何在高性能集群上使用Psi4 Python进行量子化学计算。

  1. 配置高性能集群环境

在使用Psi4 Python之前,我们需要在高性能集群上配置Psi4软件包以及Python环境。首先,确保Psi4已经安装在集群上,并且相关的环境变量已经设置好。接下来,我们需要创建一个Python虚拟环境,并安装所需的Python库和依赖项。可以使用以下命令创建虚拟环境:

$ virtualenv myenv
$ source myenv/bin/activate

在虚拟环境中,我们可以使用pip命令安装Psi4和其他所需的Python库:

$ pip install psi4 numpy matplotlib
  1. 编写Psi4 Python脚本

一旦环境设置完成,我们可以编写Psi4 Python脚本来进行量子化学计算。以下是一个简单的例子,展示了如何计算水分子(H2O)的能量:

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