Python 化学教程之Psi4 中氦的对称自适应微扰理论 (SAPT)

最新推荐文章于 2024-08-10 07:23:12 发布
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这篇博客探讨了使用Python的Psi4软件进行化学计算，特别是针对氦二聚体的对称自适应微扰理论(SAPT)。通过SAPT，可以将电子能量分解为静电、交换、感应和色散四个部分，以理解分子间的相互作用。文章展示了如何执行SAPT计算，并解释了不同术语的物理意义，强调了在更大系统中应用SAPT可能面临的挑战。
摘要由CSDN通过智能技术生成

好吧，这个博客可能更高级一些，但让我们开始吧。有时了解更多关于两个原子或分子之间相互作用的电子信息是有用的。当您在 Psi4 中执行能量计算时，它会像这样进行，我们将使用氦二聚体，它是两个原子之间的相互作用。

在 Psi4 中，您可以使用“-”字符串拆分一个分子，并向系统中添加任意数量的分子。如果这样做，建议您在通过时指定每个分子的电荷和多重性。

在这里插入图片描述

import psi4

psi4.set_memory('1000mb')
psi4.core.set_num_threads(1)

helium_dimer = '''\
HE11
0 1
--
HE21 HE11 2.0000
0 1

让我们继续使用 MP2 获得氦原子之间的总电子能量，将电子相关作为 HF 的演化。原子是相同的，我们不必担心基组叠加误差 (BSSE)。由于我们只有 2 个原子并且它们是低轨道，因此要计算的函数数量非常少，因此它应该能够在任何笔记本电脑上运行。

energy = psi4.energy(
     'mp2/aug-cc-pvdz',
)

我们在输出中得到的是，现

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所以我们的计划是优化分子的几何形状，一旦我们达到最小状态，我们就想返回那个波函数并对分子进行谐波分析以获得振动模式。Whew 听起来很多，所以让我们分解一下，首先让我们按照您可以在我之前的博客中找到的方式进行一些初始配置。您至少可以在此处的输出中看到苯的一些特征频率，这些频率可能类似于 Brian 在他的书中对苯的 Smith IR。但是，您可以看到一些带有i的频率，表示虚数。现在我们想从 psi4 运行 OPTKING 并返回分子上的波函数，我们将再次在 hartree-fock 级别进行优化。
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