染色体坐标排序的两个方法

最新推荐文章于 2023-08-28 00:47:15 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： R R语言 r语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/122899201
版权
博客内容介绍了在处理染色体坐标排序时遇到的问题，包括两种解决方法：一是通过设置因子水平进行排序，二是利用数字前补0的方式。这种方法适用于包含X、Y等特殊染色体的情况。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

绘图的时候经常会遇到这个问题，有些NGS软件也会遇到。使用下面的代码模拟数据

pos_df=do.call(rbind,lapply(1:10, function(i){
  data.frame(gene=paste0('gene',i,LETTERS),
             chr=sample(paste0('chr',1:22),26,replace = T),
             start= sample(1:1000,26))
}))
pos_df=pos_df[with(pos_df,order(chr,start)),]
pos_df$chr=as.factor(pos_df$chr)
plot(pos_df$chr,pos_df$start,las=2)

首先我们的排序并没有按照染色体顺序，而是

> levels((pos_df$chr))
 [1] "chr1"  "chr10" "chr11" "chr12" "chr13" "chr14" "chr15" "chr16"
 [9] "chr17" "chr18" "chr19" "chr2"  "chr20" "chr21" "chr22" "chr3&
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染色体坐标排序的两种方法 - R语言
ByteSparkX的博客
08-29 313
本文介绍了两种在R语言中对染色体坐标进行排序的方法。第一种方法使用了base R中的order函数，而第二种方法则利用了dplyr包中的arrange函数。根据具体的需求，选择合适的方法进行染色体坐标排序即可。希望本文对你有所帮助！在生物信息学领域，对染色体坐标进行排序是一项常见的任务。在R语言中，有多种方法可以实现染色体坐标的排序。通过使用dplyr包中的arrange函数，我们可以轻松地对染色体坐标进行排序。通过将染色体坐标作为输入，并使用order函数进行排序，可以得到按照染色体坐标升序排列的结果。
GFF3文件按照染色体位置排序
xxxxx
08-28 3529
欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来，用它写博客，将会带来全新的体验哦： Markdown和扩展Markdown简洁的语法 代码块高亮 图片链接和图片上传 LaTex数学公式 UML序列图和流程图 离线写博客 导入导出Markdown文件 丰富的快捷键 快捷键 加粗 Ctrl + B 斜体 Ctrl + I 引用 Ctrl
c# 字典排序_如何优雅的对染色体排序
weixin_39943101的博客
11-04 351
我们拿到bed文件，通常需要按染色体排序后，对于相同染色体的还需进一步按染色体坐标位置排序，要尽量使染色体的排列顺序与bam文件中的染色体顺序一致。这样在使用某些同时处理bam和bed文件的生信工具的处理两文件的时候就不会报错。 Linux自带sort命令，其默认排序顺序是基于字典序排序的，用以下命令，可按染色体的字典序排序，染色体一致的然后再按基因组坐标位置大小排序，命令...
染色体的基因顺序遗传图谱
深未来技术
01-02 1678
1、对果蝇的研究发现，决定眼睛的基因CN、决定腹部色的基因B以及决定翅膀大小的基因UG。2、有些连锁基因定位在同一染色体的相近部位，越近，两个基因的关联程度越高，在染色体上的距离截止近。3、将B和UG双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现大约有17%的后代是单突变体。将B和CN双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现大约有9%的后代是单突变体。将UG和CN双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现
如何根据染色体坐标快速得到基因组的 DNA 序列
klcola的专栏
01-18 1万+
http://pythonhosted.org/twobitreader/ 提供了一个方便的小工具 python -m twobitreader hg19.2bit < example.bed 染色体的位置信息在 bed 文件中给出，.2bit 文件格式是 UCSC Genome Browser 的基因组序列文件索引格式，可以在 http://hgdownload.soe.ucsc.edu...
python 多行排序，根据染色体号，位置信息排序，升序降序排序
qq_35696312的博客
11-13 1985
遇到一个问题是需要将文件按照染色体编号和位置编号进行排序，在shell中我们可以使用sort -V -k2,3 annovar.xls这种方式来进行排序，而在python中如果想要进行多行排序，就需要sort的key参数指定的函数返回一个元组或者列表来进行排序。 现在我们有一个染色体位置文件如下： 如果想要对上述的文件进行排序，那么key函数就可以像下面这样写： def chrome_...
染色体坐标排序的两种方法：R语言实现
2301_79326930的博客
08-28 342
在基因组学和生物信息学中，对染色体上的基因或序列进行排序和分析是非常常见的任务。下面将介绍两种用于染色体坐标排序的方法，并给出相应的R语言代码示例。这样，我们就介绍了两种常见的染色体坐标排序方法，并提供了相应的R语言代码示例。根据实际需求选择合适的排序方法，可以快速有效地对基因或序列进行排序和分析。基于染色体顺序的排序方法是根据事先定义好的染色体顺序对基因或序列进行排序。基于坐标的排序方法是根据染色体上的位置信息对基因或序列进行排序。染色体坐标排序的两种方法：R语言实现。方法二：基于染色体顺序的排序。
如何获得hg38外显子的bed文件？
weixin_40594350的博客
04-18 4389
一、bed文件介绍 bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。 bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视
基因家族特征分析 - 染色体定位分析
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qq_50637636的博客
06-29 1万+
  染色体定位分析是将基因家族成员在染色体上的位置标注出来，观察基因家族成员在染色体上是否成簇分布。
用R画出染色体修饰图谱--超详细版本
qq_44148087的博客
07-20 5410
用R画出染色体修饰图谱—染色体之间的物理长度之比不变 准备数据 1.染色体长度信息文件 全基因组文件建立index时可获取 2.将染色体以1Mb 滑动划分区间 bedtools makewindows -g genome.txt -w 1000000 > genome_windows_1Mb.bed 计算深度 1.准备mapping之后的bam文件 2.按照染色体位置进行排序 samtools sort wheat.bam > wheat.sorted.bam 3.排序后的bam文件建立In
修改 bam 文件中染色体名
liangbilin的博客
10-09 5911
问题描述 在分析的过程中，有些数据的染色体命名为“chr1、chr2、…、chrX、chrY”，而有些数据的染色体命名则为“1、2、…、X、Y” （也就是不包含 chr 字符）。这里，通过代码对 bam 文件作为修改，实现染色体名的统一。 代码实现 假设我们有一个名为 test.bam 的文件，其中染色体名不包含chr字符，需要在染色体名前加上chr字符。 通过 samtools 和 shell 实现 （注：samtools reheader 需要给一个- 的参数，不给会报错）： samtools vi
制作人所有基因的染色体坐标文件
shengxinxiaobaibai的博客
10-28 3531
IGV是本地浏览测序数据最为强大的基因组浏览器，是高通量测序分析的一个重要的可视化工具，它能直观地展示突变位点，查看有无新转录本或新的可变剪接形式，查看peak的可信度，上下游基因，区域保守性，重复原件以及蛋白结合区域等。IGV支持多种不同类型的输入格式和不同的现实方式，但IGV需要在java环境下运行，所以在安装IGV之前，需要确保你的计算机已经安装好了java。 下面是生信技能树jimmy师兄...
在线使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表
Javis486的专栏
12-09 5820
前话：使用pyensembl可对hg38进行本地查询，但发现若查询其他的数据库比如hg19,得重新下载对应的数据文件。 查看文献发现，UCSC提供了一个丰富的mysql数据库供我们在线查询各种生物的信息(其中就包括hg19和hg38). UCSC提供的mysql连接字符串(需安装mysql客服端,其中-A=不预加载数据库) mysql --user=genome --host=genome-mys...
本地使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表
Javis486的专栏
10-18 5044
简介 通常使用bwa做mapping后会获得sam文件，而sam文件包含2个重要的字段：该序列mapping上的染色体id和位置(比如第2列(chr5)和第3列(36345037)) KMER_44 0 chr5 36345037 37 7M1D24M * 0 0 CTGATGCAAAAAAAAAAAAGCTTTTTTG...
linux sort 多字段排序
abcd1f2的专栏
04-20 9207
Linux多数发行版自带的sort程序，非常强大，在此只说多字段排序 sort 有个参数-k，可以指定字段，有比较复杂的语法，不在文本范围内。 一下为一段数据（从基因中得到，仅仅作为demo）,文件名为 data chr13 3008566 3008677 chr9 3024384 3024515 chr19 3157071 3157172
Linux sort命令使用-g对科学记数法/e记法进行排序
qq_35696312的博客
06-04 5123
Linux中的sort命令可以使用-g参数来对科学记数法的值进行排序，而且默认是从小到大排序，如果你是查看p值从小到大的排序，那么都不需要添加-r参数就可以拿到结果，快捷方便。 其他的一些常用参数我从https://blog.csdn.net/shuanghujushi/article/details/51344215这里接了一个图，除去一下的一些参数，-V参数可以用于对染色体进行排序，先排序数...
BED文件如何排序，sort按列排序
GeekFocus
05-21 5799
1，第一列按照染色体编号进行排序，排序后应该是chr1, chr2, chr4, chr5, chr10, chr20, chrX. 使用-V 2， 第二列和第三列按照数字序进行排序。使用-n sort -k1,1V -k2,2n -k3,3n target_interval.bed > sort.bed 其中-k选项是指定第几列。 ...
r语言基因染色体分布
最新发布
04-24
<think>好的，用户现在想用R语言来分析基因在染色体上的分布。首先，我需要回忆一下相关的R包和方法。根据之前的引用，用户提到了RIdeogram包、gggenes包，还有ggplot2的一些应用，比如绘制目标区间到染色体上。 用户的需求是分析基因分布，可能需要可视化，比如展示基因在染色体上的位置密度，或者比较不同染色体的基因数量。首先得确定用户的数据结构，比如是否有基因的起始和结束位置，染色体名称等信息。 接下来，考虑步骤。可能需要先加载数据，处理数据，比如按染色体排序，然后选择合适的方法进行分布分析。比如，可以使用RIdeogram包来生成染色体分布图，这需要准备染色体长度和基因坐标的数据。另外，ggplot2也是一个常用的工具，可以通过调整坐标轴和几何对象来展示分布。 还要注意数据预处理，比如染色体顺序可能需要按照数字或字母顺序排列，避免乱序。统计基因密度的话，可能需要计算每个染色体上的基因数量，或者按区间统计密度，用直方图或密度图展示。 用户可能还想知道如何标注特定基因或区域，这时候可以用geom_segment或geom_point来添加。如果数据量很大，比如有多个样本或不同类型的基因，颜色和分面功能可能会用到。 需要检查引用中的示例代码，比如RIdeogram的例子，确保建议的方法正确。同时，考虑用户可能的后续问题，比如如何处理不同数据格式，优化图表美观度，或者进行统计分析，如检验分布是否均匀。 最后，生成相关问题，帮助用户深入探索，比如推荐其他包如karyoploteR，或者讨论分布分析的意义。确保回答结构清晰，步骤明确，代码示例正确，并且引用相关的参考资料。</think>根据引用资料和生物信息学分析需求，以下是使用R语言进行基因染色体分布分析的完整方法和实现步骤： ### 一、数据准备 1. 输入数据格式要求： - 染色体编号（如"chr1"） - 基因起始位置（start） - 基因结束位置（end） - 基因名称/ID - 附加属性（类型、表达量等） 2. 示例数据结构： ```r genes <- data.frame( chr = c("chr1", "chr2", "chr1", "chr3"), start = c(100000, 50000, 200000, 300000), end = c(150000, 100000, 250000, 350000), gene_id = c("GeneA", "GeneB", "GeneC", "GeneD"), type = c("protein_coding", "lncRNA", "pseudogene", "protein_coding") ) ``` ### 二、基础分布分析方法 1. **染色体基因密度分布** ```r library(ggplot2) # 统计基因数量 gene_count <- table(genes$chr) # 绘制柱状图 ggplot(data.frame(chr=names(gene_count), count=as.numeric(gene_count)), aes(x=chr, y=count)) + geom_bar(stat="identity") + labs(title="基因染色体分布统计", x="染色体", y="基因数量") + theme_minimal() ``` 2. **基因位置分布可视化** ```r library(RIdeogram) # 创建染色体长度数据 karyotype <- data.frame( Chr = c("chr1", "chr2", "chr3"), Start = rep(0, 3), End = c(249250621, 243199373, 198022430) ) # 生成分布图 ideogram(karyotype = karyotype, overlaid = genes, colorset1 = c("#FF000080")) ``` ### 三、高级分析方法 1. **多组学数据叠加** ```r # 创建假数据示例 atac_data <- data.frame( chr = c("chr1", "chr2"), start = c(120000, 80000), end = c(180000, 120000) ) # 使用RIdeogram包绘制复合图 ideogram(karyotype = karyotype, overlaid = list( genes = genes, atac = atac_data ), colorset1 = c("gene"="#FF000080", "atac"="#0000FF80")) ``` 2. **基因密度热图** ```r library(GenomicRanges) library(ggbio) # 创建基因组范围对象 gr <- GRanges( seqnames = genes$chr, ranges = IRanges(start=genes$start, end=genes$end), gene_id = genes$gene_id ) # 绘制密度图 autoplot(gr, aes(fill=..count..)) + scale_fill_gradient(low="white", high="red") + theme_alignment() ``` ### 四、分析结果解读 1. 基因密度分布应关注： - 染色体间的分布均匀性（如是否存在富集染色体） - 染色体臂的分布特征（近端粒/着丝粒区域） - 与其他组学数据的共定位现象（如ATAC开放区域） 2. 统计指标计算： ```r # 计算基因密度（基因数/Mb） gene_density <- gene_count / (karyotype$End / 1e6) ``` ### 五、扩展应用 1. 突变位点分布分析（结合引用[3][5]）： ```r mutations <- data.frame( chr = sample(genes$chr, 50, replace=TRUE), pos = sample(1:300000, 50) ) ggplot(mutations, aes(x=pos)) + geom_density(aes(fill=chr), alpha=0.5) + facet_wrap(~chr, scales="free_x") + labs(title="突变位点染色体分布密度") ``` [^1]: 染色体坐标排序的两种方法：R语言实现 [^2]: R语言绘制染色体变异位置分布图，RIdeogram包 [^3]: R语言画基因突变结构图 [^4]: R语言ggplot2画图——将目标区间/位点/基因画到染色体上 [^5]: R语言生成基因突变图教程
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