RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题

写在前面——在学习RNA-seq时,需要从网上下载公开数据集来上手分析,大部分教程都很古老,其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了,甚至可以直接下载fastq文件。但是,直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线,因为文件里的测序质量都是30,要想下载带正常质量数据的文件需要换一种方法。

RNA实战:http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

sra数据如何寻找:

  1. 查找对应的GSE:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177
    可以直接复制链接,然后在对应的文章中找到GSE号,把链接中的GSE修改一下即可。

在这里插入图片描述

  1. SRA Run Selector:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA217298&o=
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