RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题

已于 2022-12-04 18:48:27 修改
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分类专栏： 生信学习 文章标签： 生信学习 SRA数据 GEO 数据挖掘 RNA-seq
于 2022-08-19 10:42:49 首次发布
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在学习RNA-seq分析时，遇到SRA数据下载后fastq文件测序质量全为'?'的问题。通过GEO数据库查找GSE号，利用SRA Run Selector定位数据。下载方法包括直接下载fastq.gz文件和使用aspera或sratoolkit，后者能解决质量问题。在Linux环境中安装sratoolkit并用prefetch命令可快速下载完整质量数据。
摘要由CSDN通过智能技术生成

写在前面——在学习RNA-seq时，需要从网上下载公开数据集来上手分析，大部分教程都很古老，其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了，甚至可以直接下载fastq文件。但是，直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线，因为文件里的测序质量都是30，要想下载带正常质量数据的文件需要换一种方法。

RNA实战：http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

sra数据如何寻找：

  1. 查找对应的GSE：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177
    可以直接复制链接，然后在对应的文章中找到GSE号，把链接中的GSE修改一下即可。

在这里插入图片描述

  1. SRA Run Selector：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA21729
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