Coot 简单操作图文详解

Coot Tutorial

翻译自：

https://www.ccp4.ac.uk/schools/Japan-2018/tutorials/coot/coot-tutorial.pdf

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一. 鼠标使用

左键拖拽	旋转视图
中间拖拽 / Ctrl + 左键拖拽	平移视图
Shift + 左键原子 / 左键双击原子	给原子加标签
右键拖拽	放大缩小
中键点击原子	以该原子为中心
滚动滚轮	增加减少map等高线（电子密度）

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二、使用步骤

打开文件

下载示例文件（文档中的地址失效了但仍列在下面，我用的自己的）

wget http://www.biop.ox.ac.uk/coot/tutorial/tutorial-modern.pdb
wget http://www.biop.ox.ac.uk/coot/tutorial/rnasa-1.8-allrefmac1.mtz
#or copy them from
/home/emsley/tutorial    

先打开pdb文件：

File > Open Coordinates…

然后打开map文件：

File > Auto Open MTZ 或 Open MTZ, cif or phs… #打开mtz文件，后者会有提示框前者没有
File > Open Map… #打开mrc文件

也可以输入ID号Fetch进来
尝试拖拽右键进行放大缩小操作。

定位原子

Draw > Go To Atom… > Apply

可以点击不同链中的不同残基或上面的原子进行中心定位。

点击 Next Residue 或 按 空格键 ，定位下一个残基。
点击 Previous Residue 或 按 Shift + 空格键 ，定位上一个残基。

当然也可以直接按鼠标中间定位原子。