数据科学之机器学习10: 聚类分析1

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上一篇介绍了聚类分析中的KMeans算法，这一节就来具体地说说聚类分析。聚类分析，cluster analysis，是一种研究“物以类聚”现代统计学分析方法，其目的是要把分类对象按照一定的规则分成若干个类。这些类别并非事先给定的，而是根据数据的特征确定的。

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NOTE：聚类的划分：

1. 根据分类对象的不同，可以分为：Q型聚类分析和R型聚类分析。Q型是指对样品对象进行聚类；而R型则是对变量(属性)进行聚类。

2. 按照分析方法的不同，又可以分为：系统聚类法、快速聚类法和模糊聚类法。上一篇介绍的KMeans法就是快速聚类法中的一种。

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一、相似性的度量

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在上一篇中，我们已经介绍过，聚类其实就是将相似度高的样品啊属性啊合并成一个类别。但是，上一篇我们仅仅给出了一种也是最简单的一种相似性的度量方式——欧式距离。这里我们详细看看相似性有哪些度量方式：

除了使用有序尺度变量（将属性划分为一级、二级等等的有次序关系的量来表示）和名义尺度变量（使用既没有等级关系，又不存在数量关系的量来表示。比如男女）之外，一般采用的测量尺度的方式就是间隔尺度变量。

间隔尺度变量即是使用连续的量来表示测量尺度，一般都是连续型的，比如欧式距离、重量等等。一般来讲，在应对Q型聚类时会使用距离去度量；而对R型聚类来说，则会使用相似系数这种方式去度量。下面来分别看一看：

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a. 距离

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上一篇中使用的欧氏距离即是这里的一种，在介绍各种不同的距离定义之前，首先看看距离的定义需要满足哪些条件：

1. 首先，距离必须是非负的。即： dij⩾0,∀i,j ;
2. 对于相同取值的样品，之间的距离必须为0。即： dij=0 ，当且仅当，第i个样品与第j个样品的各变量值相同；
3. i样品到j样品的距离与j样品到i样品的距离相等。即： dij=dji,∀i,j ；
4. 满足： dij⩽dik+dkj,∀i,j,k 。

下面就来看看常用的距离定义，首先看看最常用的Minkowski距离：

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(1). Minkowski距离

dij(q)=[∑k=1p∣xik−xjk∣q]1/q

观察这个距离可以看到，当 q=2 时，上面定义的距离就是常用的欧氏距离。另外：

• q=1 时， dij=∑pk=1∣xik−xjk∣ 称为绝对值距离；
• q=∞ 时， dij=max1⩽k⩽p∣xik−xjk∣ 称为切比雪夫距离。

Minkowski距离存在一个问题，就是当变量的单位不同或者测量值范围相差很大时，直接使用Minkowski距离效果不佳。这个时候，应该先对数据进行标准化（就是减去均值除上标准差）之后再计算距离(这个后面还会说到)。

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(2). Lance距离(Lance and Williams)

当 xji>0 时，定义第i个样品到第j个样品的距离为：

dij=∑k=1p∣xik−xjk∣xik+xjk

从公式就可以看出来，这个距离与变量之间的单位没有什么关系；而且其对异常值也不敏感，因而适用于一些高度偏斜的数据。

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(3). Mahalanobis距离(马氏距离)

上面的两种距离都没有考虑变量之间的相关性问题，马氏距离就可以考虑到这个问题。但是由于马氏距离定义的问题，在聚类分析中使用马氏距离并不合适。但是这里也还是给出马氏距离的定义：

dij=(xi−xj)TS−1(xi−xj)−−−−−−−−−−−−−−−−−−√

其中 xi=(xi1,…,xip)T ， xj=(xj1,…,xjp)T ， S 为样本协方差阵。

注：为什么说马氏距离不适用与聚类分析呢？

聚类分析是无监督算法中的一种，无监督算法是什么？无监督算法是没有先验信息的，所有的数据拿过来是没有什么目标信息啊什么的。没有不同类之间的先验信息，那么协方差阵 S 就无法计算。因而，在实际聚类分析中，马氏距离并不适用。

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(4). 斜交空间距离

dij=[1p2∑k=1p∑l=1p(xik−xjk)(xil−xjl)rkl]1/2

其中 rkl 是变量 xk 与变量 xl 的相关系数。学过高等代数的应该可以很容易看明白这个定义。此外，当变量之间互不相关的时候，这里的 dij=[dij(2)/p]Minkowski ，也就是退化到了欧氏距离（相差一个常数倍）。

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b. 相似系数

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对变量进行聚类时，通常使用相似系数来考量其间的相似度。那么相似系数的定义有需要满足哪些条件呢？

1. 完全相关。即： cij=±1 ，当且仅当 xi=axj+b;a(≠0),b 是常数；
2. ∣cij∣⩽1,∀i,j ；
3. cij=cji,∀i,j 。

下面看看常用的两种相似系数：

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(1). 夹角余弦

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变量 xi 和 xj 的夹角余弦的定义为：

cij=∑nk=1xkixkj[(∑nk=1x2ki)(∑nk=1x2kj)]1/2

学过解析几何应该很容易看出这个定义的含义所在，其实 cij=cosθij 。

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(2). 相关系数

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cij=∑nk=1(xki−xi¯¯¯)(xkj−xj¯¯¯){[∑nk=1(xki−xi¯¯¯)2][∑nk=1(xkj−xj¯¯¯)2]}1/2

这里的相关系数其实就是统计里面通常所说的相关系数。其实，如果变量都是标准化了的，那么夹角余弦就是相关系数，看出来了吗？

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小节

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到这边，就把统计中常用的用于度量相似性的定义讲了一些。这些定义，大都有其自身的数学背景。有些来自于几何学，有些来自于线性空间理论。对于使用者来说，搞明白什么时候选择什么样的度量方式更加重要！下一篇，我们讲一讲聚类分析中的一个常用方法：系统聚类法。

转自：http://jackycode.github.io/blog/2014/04/21/cluster-analysis/