mask制作，提取ALFF等指标 汇总

1.比如全脑的模板为mask，去掉几个不需要分析的脑区，该如何制作呢？
静息态论坛里的视频第二部分“ 静息态功能磁共振数据处理视频教程(第二部分，中文版).flv ” 37:55 左右介绍了：
overlay下加载需要分区的模板比如：BA或ALL模板。之后在set range of threshold里面，Threshold value'range里：比如我需要BA20分区，则填写20,20。之后保存；如果只有右边的，那就将十字架放在右边的那边BA20位置，再保存。
又比如： 用REST的slice viewer可以做ROI，打开slice viewer，underlay点ch2模板，overlay点aal模板，然后对照all模板的分区找到你所需mask的threshold,如左丘脑 是78，set range of threshold输入78，78，就能显示出左丘脑了，最后save cluster就好啦，不知道你是不是要做这样的mask，我也是初学者呢   （ 此段摘自：水滴论坛）
但我有个问题就是由于sliceview的图像看的是：左是右，右是左，那我如需要左边的BA20,那么是否是将十字放在右边呢？

模板还有一个重要概念，在看严老师视频时，我也常常忽视了，即binary mask，比如REST认0或非0的mask，rest认为脑外为0，脑内为非0，为mask；所以进行单样本T检验，比如所以被试的mALFF与1对比，这里的1被理解为是全脑的均值。如果使用mALFF-1（与全脑均值相减后），那就是与0对比。
REST slice viewer查看某个结果值，设定了阈值后，发现某个cluster非常有意义，想要其做mask，那就可以用save cluster来保存成一个binary mask，这个保存后的文件再次打开，你会发现其：threshold为0.同理，用平均值来做模板时，也需要用 REST Image Calculator来表达其实binary mask。

单个cluster保存后会自动生成，多个clusters，比如保存一个默认网络作为mask，则需要在image calculator里进行,i1~=0，或i1>0 的表达式。参见： http://restfmri.net/forum/node/566

2.还有就是阈值的设定，这个具体怎么设呢？是经验值，文献也各有不同，
具体如： http://restfmri.net/forum/node/894   http://restfmri.net/forum/node/1071
具体设定： http://restfmri.net/forum/node/1044   http://restfmri.net/forum/node/1784
REST Image Calculator计算出均值图像之后，
再用 i1>0.2的表达式对均值图像计算一次。
也可以在FSL： fslmaths -i inputname -thr minimum -uthr maximum -bin -outputname
比如：灰质mask，是不是可以用spm/apriori中的灰质图，然后用rest中的image calculator，设定i1>0.2, 得到灰质mask后再重采样成1*1*1 （来自： http://restfmri.net/forum/node/1218）
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插播一段话：T1segment后的文件中：mwc1***.img的是灰质体积 wc1***.img的是灰质密度
mwc2***.img的是白质体积 wc2***.img的是白质密度    http://restfmri.net/forum/node/1663
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如果选择个体的T1 img 分割后的grey matter 做mask，具体做法： http://restfmri.net/forum/node/1997

3.ROI mask软件有很多：masking; wfu_pickatlas;rest里面也可以。
wfu只是制作ROI的一种工具，有很多工具可选，如REST的slice viewer也可以根据BA或者AAL模板选ROI。
http://restfmri.net/forum/node/1317
但具体该如何操作呢？核心点就是上述两个吗？

对于如何选择两个MNI坐标范围内的脑区作为mask，可以用marsbar来进行：http://marsbar.sourceforge.net/tutorial/define.html

Description of ROI

box at -20.0>X<20.0 -106.0>Y<-66.0 -20.0>Z<7.0

对于，组合两个脑区，并排除第三个脑区，也有相应的程序可以使用。

之后导出二值化的mask ROI definition, then Export.... Select image from the new menu in the SPM input window, and choose the new trim_stim_roi.mat as the ROI to export.

如果你的mask是 NNI 格式的话，那么在marsbar里可能识别不了，那么则要在rest软件（nifti.nii to nifti pairs (.hdr/.img)）里，或用dcm2niigui, 将 NNI 格式转换成  .hdr/.img格式。

4.当你制作的mask与你要分析数据的采样率不同时，则需要重新采样： http://restfmri.net/forum/node/88

5.还有当不是选全脑为mask时，比如选灰质或者白质为mask那么进行alphasim校正时，得拿相应的mask跑一个alphasim结果 （参照： http://restfmri.net/forum/node/1218）

6. 与某个先验假设的脑区（ROI）mask内(i2)进行相乘，即在image 计算中（i1.(注意这里有个点，图片相乘得有点)*i2---》i1.*i2）即获得在某个先验假设的脑区（ROI）mask内的统计结果图，之后在该ROImask内进行统计检验。---- i1.*i2 某个统计结果的T map与ROI mask相乘后的结果。

7. MNI  mask 与 Talairach mask坐标体系之间转换： 将 Talairach mask 拖入  dcm2niigui软件里，选择Spm的格式，自动转换成MNI mask了。之后，再核对下该转换后的 MNI mask的dimension是否与要分析数据的dimension是否一致，如果不一致的话，那需要将按照上述4的步骤，进行重新采样。

总之，初步的理解：选择你要分析的脑区范围，则需要制作mask，rest里面已经制作了一些卡好经验值的mask。可以选择与你自己研究相同采样率的模板自己拿去分析。 如果自己制作，需要把握三点：选好要分析的脑区 & 确定mask的采样率与自己分析数据的采样率一致 & alphasim等校正时，注意选mask!即第4点。

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6.根据mask来提取ALFF等静息态指标：
http://restfmri.net/forum/node/1835
http://restfmri.net/forum/node/1237
http://restfmri.net/forum/node/1096
http://rfmri.org/content/提取reho值、alff值的具体操作