使用AFNI插件截取心仪切片图像

前言：

        当我们得到了brain map之后，在展示结果的时候经常是希望截取一些明显的大脑切片图片来高亮重要的区域，这个时候就需要将结果map overlap到图谱上然后实现自由选取脑层并保存图片。目前有许多的方法可以实现这样的操作。这次我借助分析结果的机会出一篇使用AFNI插件输出图片的教程。

所需软件或数据：

• 我使用的是Linux环境下的AFNI，具体的安装方法等大家可以找官网或者其他博客。
• 待投影脑图谱（我使用的是ch2bet.nii）
• 结果map.nii

准备工作：

• 我步骤涉及的文件都是.nii格式，如果参考一下步骤的话，请确认你的结果文件和脑图谱文件是.nii格式。（如果大家不是，可以使用一些工具转换一下，我经常使用fslchfiletype命令进行转换，后期我也写一个笔记记录一下）
•  先将结果文件和脑图谱统一一下空间，也就是重采样。（比如，我的结果文件是基于1.5mm的，我的脑图谱是基于1mm，那么我就要先把结果文件也转到1mm空间中方便对应。重采样的教程可以参考这一篇博客：制作指定脑区的maks(包括重采样)_wfu pickatlas-CSDN博客）

详细步骤：

1. 在linux切换到脑图谱文件所在的路径下
2. 使用命令把脑图谱用AFNI打开,打开之后是将出现下面的界面，左上角就是AFNI的主控制界面，其余是三个视角的某个brain slice。

   afni ./ch2bet.nii
   

   

3. 添加overlap map

   1. 首先选择你的overlap map所在的文件夹，读取进来

   2. 确定后就提示找到了多少data map。

   3. 点击overlap,弹窗后选中你想要叠加的图像。
   4. 此时，在三个视图中就存在了overlap图像。你可以继续调整他的颜色等数据。
   5. 想要呈现很切片图像的话按照下图操作并且配置参数
   6. 想要取消显示中间绿色坐标轴，可以按照下面的操作
   7. 确定好图片后点击保存，保存位置和你的map位置一致。
   8. 右键单击是修改保存文件类型