三代微生物多样性在家畜研究中的应用

前言

基于PacBio三代测序平台，高效获得16s rRNA全长序列。不必纠结引物选择带来的结果偏差，令物种分类更多更精准——到达“种”水平。今天分享的三篇文献是针对家畜微生态研究的内容，测序获得的全长序列在致病菌或肠菌动态变化分析中为文章锦上添花。

1 全长16S rRNA基因分析显示猪阴道微生物群分类多样性

本研究旨在比较子宫内膜炎母猪和健康母猪的阴道微生物群，并通过对16S rRNA基因的高通量测序来阐明子宫内膜炎母猪的阴道微生物群的重要变化。分别在中国广东（A农场）和云南省（B农场）的两个养猪场采集健康母猪(Healthy_A/B，n=10)和患病母猪(Endometritis_A/B，n=10)的阴道拭子，对样本进行二代扩增子测序(V3-V4)，针对A农场个别患病个体加测PacBio三代16S rRNA全长基因数据。

统计了两个农场健康母猪阴道内的核心微生物群，见Table 1。两个农场出现了两种子宫内膜炎微生物群模式：第一种主要由A农场的伯克霍尔德氏菌组成，第二种由B农场的细小单胞菌组成。通过对16S rRNA全长基因测序的分析，确定了3头子宫内膜炎母猪的阴道细菌群落组成。16SrRNA全长基因测序结果证实了V3-V4区测序结果中确实存在Burkholderia genus。

    

 

图1 门和属水平物种组成柱状图

2 、抗生素诱导的生态失调后的马肠道微生物群分析

本研究的目的是在磺胺嘧啶(TMS)使用前后的物种水平上描述马的肠道微生物群，并与Illumina测序结果进行比较。9匹马口服TMS(30mg/kg)，连续5天，每天2次，以引起肠道菌群失调。对抗生素给药前后采集的粪便样本进行二代V4区测序和三代16S rRNA全长基因测序。

比较了两种技术的相对丰度和阿尔法多样性。证实拟杆菌门是被研究的马的粪便中最丰富的细菌，其次是厚壁菌门和纤维杆菌门。拟杆菌一个未知目的物种非常丰富（13%）值得进一步研究。

图2 lefse分析差异物种

3 、农场乳腺炎奶牛的牛奶微生物组成

乳腺炎是奶牛常见病，通常以乳房的刺激、肿胀和疼痛为特征。本研究的目的是通过培养和分子技术检测和鉴定小农户奶牛乳汁中引起亚临床乳腺炎(SCM)的病原体。从南非哈里斯密斯区8个小规模农民的32头奶牛中收集了牛奶。

结果显示，培养方法显示金黄色葡萄球菌，其次是链球菌和大肠杆菌，分别为36.4%和13.3%。PCR只能检测到大肠杆菌，PacBio测序共发现2门5科7属131种。梭菌科是最丰富的科，Turicibacter spp是最丰富的属，其次是Romboutsia。本研究记录了在哈里斯小规模农民奶牛收集的牛奶中SCM相关病原体的情况。

图3 科和属水平物种组成柱状图

 

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参考文献：

1、High-throughput sequencing of 16S rRNA gene analysis reveals novel taxonomic diversity among vaginal microbiota in healthy and affected sows with endometritis.

DOI:10.1016/j.rvsc.2021.12.003

2、Species-Level Gut Microbiota Analysis a terAntibiotic-Induced Dysbiosis in Horses

DOI：10.3390/ani11102859

3、Application of culture, PCR, and PacBio sequencing for determination of microbial composition of milk from subclinical mastitis dairy cows of smallholder farms.

DOI:10.1515/biol-2021-0080