Hifiasm-meta | 你没看错！基于宏基因组的完成图！！

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哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组重磅推出三代HiFi宏基因组组装软件——hifiasm-meta。研究论文“Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta”预印本在线发布。

宏基因组样本的do novo组装是研究微生物群落的常用方法。与单个物种的组装相比，宏基因组组装存在PacBio HiFi 数据中读取长度分布的较大差异，以及某些单倍型的高倍性和低覆盖率等难点挑战。本文针对这些难点问题，对hifiasm-meta进行了几项重大更改以应对这些挑战。

hifiasm-meta是基于hifiasm的宏基因组组装工具：

改善了一些宏基因组数据中比单样本测序更突出的问题（例如contained reads）；
优先于获得连贯的contigs，过程不需要手工干预，和hifiasm相同是一个binary和一行命令；对于回收variants和SV，可能对read-contig的alignment+variant calling比处理assembly graph更实用）；
（可选）丢弃冗余reads的模块，不过实际数据通常测序深度没有饱和，尝试丢弃reads的话通常有害且对运行速度没有太大帮助，所以目前只用在深度过高的mock community中。

图1 hifiasm-meta软件组装原理

作者首先在两个模拟菌群ATCC和zymo中评估了hifiasm-meta软件组装效果（表 1）。ATCC由20个不同的物种组成，通过组装对14个高丰富的物种重建为完成图contigs，比metaFlye和Hicanu软件效果更好，未组装到的菌发现其组装gaps都是由于覆盖率不足造成的。

zymo数据集包含17个物种的21个菌株，包括5个大肠杆菌，每个菌株丰度为8%。hifiasm-meta软件都获得了很好的组装效果（表1）。

作者接着测试了三个样本HiFi 宏基因组hifiasm-meta组装，使用CheckM检测完整性和污染度。从sheepA肠道样本中，hifiasm-meta 重建了328个长度>1Mb的contigs（图2a），总长度为656Mb。根据CheckM检测，有173个接近完成图（图2b），其中有125个是环状contigs（图2b），相比于HiCanu（64个）和metaFlye（31个）软件有显著改善。这表明 hifiasm-meta能够完全重建宏样本中更多的物种或菌株。

对比MetaBAT2软件，hifiasm-meta可以找到更多质量的MAGs（图2c）。作者将 hifiasm-meta应用于数据量更大的sheepB 数据集并获得了438 个接近完整的MAGs和245个环状contigs。