植物单细胞转录组 | 杨树初生生长和次生生长中形成层细胞分化的分子轨迹

       杨树初生生长和次生生长的形成层具有相同的生物特性，但在次生生长过程中，导管束形成层的细胞分裂和分化与顶端分生组织的细胞分裂和分化存在很多差异。单细胞转录组为有序地解析树木茎干生长过程中细胞水平的分子活动提供了有力工具。

       近期，发表于《Plant Communications》期刊的“Combining single-cell RNA sequencing with spatial transcriptome analysis reveals dynamic molecular maps of cambium differentiation in the primary and secondary growth of trees”文章，通过单细胞RNA测序和空间转录组测序来揭示杨树茎中初生和次生生长组织中形成层细胞分化的分子轨迹。

发布期刊：Plant Communications

影响因子：10.5

发表时间：2023

DOI：10.1016/j.xplc.2023.100665

研究方法

        本研究构建了杨树茎初生组织（PGT）和次生组织（SGT）单细胞转录组图谱，来解析这些组织在细胞识别和分化的异同之处。此外，结合空间转录组信息来助于验证细胞图谱和空间分化。

1、杨树初生和次生生长组织的单细胞转录组和空间转录组分析结果

       通过单细胞转录组测序得到7416个PGT细胞和11,769个SGT细胞，约27,000和29,317个基因的表达，分别聚类获得12个cluster。其中，PGT的9个cluster被鉴定为：形成层、木质部前体、韧皮部前体、筛管、导管、表皮、射线薄壁组织、皮层和髓细胞（图1A）。SGT的8个cluster被鉴定为：形成层、木质部前体、韧皮部前体、筛管、韧皮部实质、导管、纤维和射线薄壁组织（图1B）。

       通过空间转录组分析了生长中的茎组织横截面细胞转录组的特征（图2）。结果发现，基因表达的解剖区域、细胞类型鉴定和单细胞转录组之间具有高度一致性。

图1 杨树初生和次生生长茎细胞簇的鉴定

图2 基于空间转录组学的杨树茎细胞组织重建

2、杨树形成层特征

       由于WOX4和PXY被认为是形成层的marker基因，而形成层是一种对树木茎干的生长和发育至关重要的细胞。因此，研究人员也在PGT（图1C）和SGT中也发现了PXY和WOX4的表达（图1D）。此外，通过GO富集分析了PGT和SGT不同cluster的细胞功能，确定这些细胞在茎次生生长过程中的作用（图3）。PC3和SC0 cluster被认为是木质部和韧皮部细胞的形成层初始细胞，但PC7和SC3 cluster被认为是射线薄壁组织初始细胞。

图3 杨树形成层的特性

3、杨树木质部和韧皮部从形成层分化的轨迹分析

       研究发现以形成层为起点，木质部和韧皮部前体在PGT和SGT中分化成两个分支（图4A-F）。分支依赖基因的表达呈现三种模式：在韧皮部前体中表达增加，在木质部前体中表达增加，或在形成层中高表达，然后在分化过程中表达减少。GO分析表明了可能涉及的生物学过程。PGT与SGT中木质部前体分支基因有一半以上重叠（图4I和4J）。

图4杨树P GT和SGT形成层向木质部和韧皮部前体分化的轨迹

4、导管发育过程中生长素分布相关基因的差异表达

      研究人员通过sc-RNA seq数据分析了作为调节导管发育方面起着至关重要作用的植物生长素基因家族的表达，拟时序分化轨迹分析了PGT和SGT的细胞分化轨迹以及AUX1a/b/c、LAX2a、LAX3a/b、PIN6b和PIN3a/b等生长素转运体基因的表达（图5）。

       空间转录组定位显示，生长素转运体在茎横截面的不同区域都有表达。结果表明，在形成层分化过程中，生长素的积累和分布可能受多种生长素转运体的控制，其中一些转运体在PGT和SGT之间可能存在差异。

图5 植物生长素转运体在PGT和SGT形成层分化过程中的表达动态

5、纤维和导管中SCW增厚的分子成分

       研究同时发现了一些影响木材形成相关的纤维和导管中次生细胞壁（SCW）增厚的潜在标记物。一些编码SCW生物合成酶的基因表现出细胞类型偏好或特异性，SCW的生物合成可能在不同细胞类型中受到不同的调控。

        此外，研究人员针对导管和纤维的cluster结果进行了细胞亚群的分析。其中导管中有四个亚群（图6A），每个亚群中大量富集的基因与导管发育的四个连续阶段相对应（图6B）。纤维细胞群中也发现了四个亚群，每个亚群中的富集基因对应四个连续的发育阶段（图7）。。

图6 导管发育分析

图7 纤维细胞群发育分析

总结

       本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组测序技术分析杨树茎干初生和次生生长组织的转录表达情况。细胞图谱与初生和次生生长分化轨迹的比较揭示了细胞从形成层向木质部前体和韧皮部前体分化的不同调控网络。这些调控网络可能受到生长素积累和分布的控制。对细胞分化轨迹的分析表明，血管和纤维的发育遵循渐进转录调控的顺序模式。这项研究为杨树茎干初生和次生生长过程中发生的细胞鉴定和分化过程提供了新的见解，增加了我们对茎干生长过程中细胞分化动力学的理解。