Plant Communications重磅综述：植物单细胞和空间多组学概述

发表期刊：Plant Communications            

影响因子：10.5

发表时间：2023.05                       

DOI：10.1016/j.xplc.2022.100508

研究背景

植物含有大量的细胞类型并表现出复杂的调节机制。单细胞水平的研究在植物科学中逐渐变得越来越普遍。单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学技术已被结合起来分析植物发育。凌恩生物推出的单细胞技术已被用于研究植物组织的转录组，从而能够系统地研究特定组织和细胞类型在特定发育阶段的基因表达和代谢。其中植物单细胞核技术避免了原生质体准备困难，基于提核的植物snRNA-Seq具有不怎么挑样本，样本寄送有干冰说走就走的特点，实验简单易上手，多个方面不偏不倚，结果不差可能还有惊喜等众多优点。

研究内容

自 2015 年以来，研究人员一直在探索多组学技术在植物学中的应用。scRNA-seq，单细胞 RNA 测序；MSI，质谱成像。蓝色和红色分别表示出版物和植物物种。

图 主要植物多组学研究时间表

1、scRNA-seq 技术及其在植物中的应用

植物细胞的分化过程中在细胞和细胞类型之间产生异质性，并在发育过程中相互关联。决定细胞发育过程的特定基因的表达水平在细胞发育阶段之间存在显著差异，因此在单细胞水平上研究这一过程非常重要。获得单个细胞基因表达谱是scRNA-seq相对于普通转录组技术的一个关键优势。

图 10x Genomics 拟南芥叶片单细胞测序流程图

2、单细胞表观基因组技术及其在植物中的应用

表观基因组学是对基因组水平表观遗传修饰的研究，包括染色质可及性、三维基因组结构、DNA 甲基化和组蛋白修饰的研究。脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序（DNase-seq）和高通量测序（ATAC-seq）可检测染色质可及性。DNase-seq利用对DNase I酶解的敏感性来确定位点的DNA可及性，而ATAC-seq则利用Tn5转座酶来实现这一目的。单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）通过对分选的单个细胞核进行ATAC-seq，在单细胞水平上研究开放的染色质区域，单个细胞核可通过基于微流控技术的 10x Genomics Chromium 单细胞 ATAC 分选，使用gel-bead结合细胞核。

3、空间转录组技术及其在植物中的应用

scRNA-seq 的一个问题是在细胞分离过程中会丢失组织中单个细胞的空间信息。10x Visium 和 Slide-seq 等新技术的发展促进了空间转录组学的应用。与分辨率较低的 10x Visium 相比，由于磁珠直径较小，Slide-seq 能达到单细胞分辨率。在空间转录组学中，微珠直径进一步缩小到2毫米，2毫米的微珠还包含反转录引物，用于捕获mRNA。这些技术通过无偏见的基因选择生成整个转录组的空间信息。虽然这些空间转录组学技术弥补了传统 scRNA-seq 中空间信息的不足，但由于植物细胞壁水解和细胞内转录本扩散到阵列表面存在困难，因此尚未广泛应用于植物研究。

图 棉花体细胞胚胎 10x Visium 空间转录组学分析流程图

4、MSI 及其在植物代谢物空间分布分析中的应用

植物代谢组学研究侧重于植物代谢物及其代谢途径的定性和定量研究，气相色谱质谱因其高分辨率、高灵敏度、广泛的应用范围和卓越的特异性，已成为代谢组学最广泛使用的分析技术。然而，组织中代谢物的空间分布信息在提取、纯化和富集过程中会丢失，从而限制了气相色谱质谱的使用。

MSI 是一种新颖的分子成像方法，可直接获取生物组织中分子结构、含量和空间分布的大量信息，包括已知和未发现的内源性代谢物，从而绘制组织分子成像图。基于不同的离子源，已开发出三种 MSI 技术：二次离子 MS（SIMS）、解吸电喷雾电离 MSI（DESI-MSI）和基质辅助激光解吸或电离 MSI（MALDI-MSI）。气流辅助电离成像 MSI（AFAI-MSI）是一种基于 DESI-MSI 的成像技术。与 DESI-MSI 相比，它在样品电离过程中利用高速气流实现更长距离的离子传输，因此适用于大型组织样品。

MSI 是一项成熟的技术，已被广泛用于分析各种植物组织中的代谢物。植物的生长、发育和繁殖依赖于初级和次级代谢物的产生，次级代谢物也是植物与环境相互作用中的防御分子，帮助植物抵御环境压力。利用 MSI 技术检测植物组织中的初级和次级代谢物并推断其生物功能，将有助于进一步确定影响植物生长的调控机制。

图 植物样本空间代谢组学分析流程图

5、植物空间多组学研究的挑战与前景

许多生物学领域的研究都利用 scRNA-seq 和 scATAC-seq 技术作为实验工具。然而，单细胞测序技术在研究中的应用仍然有限，最大的限制是无法获得细胞空间信息。组织切片的空间成像图可与空间转录组学相结合，以探索细胞在组织内如何相互作用以及特定基因在何处表达。

转录并不是影响植物发育的唯一因素，蛋白质和代谢物的水平也密切调控着发育过程，只有全面研究多种细胞成分，才能准确确定植物发育的关键因素。很少有研究将植物组织中的空间转录组学、scRNA-seq、scATAC-seq 和 MSI 结合起来。与传统单组学技术不同，空间多组学技术整合了发育过程中的代谢和遗传信息，能够以单细胞分辨率分析关键代谢物和基因表达之间的相关性。可以更全面地了解细胞功能，发现罕见的细胞群和复杂的代谢物，从而进一步研究植物的生长发育。未来的空间多组学技术将带来新的研究突破，加深我们对多种细胞和组织类型调控机制的理解。

图 多组学分析流程图

参考文献

Yu X,et al. Single-cell and spatial multi-omics in the plant sciences: Technical advances, applications, and perspectives. Plant Commun. 2023.