水稻是全球种植最广泛的作物
拥有超过12万个品种
提高粮食品质是当代水稻育种的首要目标
在现代水稻育种中,不同类型的水稻已经被培育出来,比如食用稻和酿酒稻。这些不同类型的水稻具备不同的籽粒特性,其中包括育种过程中选择的不同等位基因。随着人们生活水平的提高以及大米贸易的全球化,对优质大米的需求不断增长,因此提高谷物品质成为当代水稻育种的最重要目标。为了未来的分子育种工作,有效地识别之前育种过程中的选择基因非常关键。
2023年9月4日,发表在Molecular Plant(IF=27.5)上的文章“Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice”,对202份水稻品种材料群体进行了遗传分析和全基因组关联分析,成功鉴定到了2个新的调控籽粒性状的基因。
主要结果概述
本研究基于公共数据库收集了202个日本水稻品种(如地方稻、食用稻和清酒稻),进行了群体遗传分析和全基因组关联分析。研究结果显示了食用稻和清酒稻之间存在几个不同的基因组区域。在这些候选区域中,研究人员发现了两个基因,分别是编码调节酿造清酒的大米特征之一的WCF和籽粒质量的甘露聚糖合成酶的OsMnS和编码调节籽粒大小的OsWOX9D。其中,OsMnS基因编码一种甘露聚糖合酶,该酶能够增加胚乳中白核的频率。尽管这对于清酒酿造来说是理想的特性,但会降低谷物的外观质量。
为了进一步研究基因与清酒稻品种差异之间的关联分析,通过GWAS和图位克隆法map-based cloning方法,研究人员发现OsWOX9D基因编码一种禾本科特异性转录因子,它能增加籽粒宽度,对于酿造清酒非常有益。OsMnS和OsWOX9D的主要单倍型包括功能型和功能丢失型,这对水稻米饭的烹饪质量和清酒酿造质量产生明显影响。单倍型分析表明,在水稻的现代改良过程中,这些缺陷等位基因在东亚得到选择,而非在欧洲。此外,研究指出,在非洲水稻的驯化过程中,OsMnS等位基因的缺陷可能导致谷物甘露聚糖含量降低,因此认为OsMnS的功能型Hap.B等位基因是改善水稻籽粒质量的关键因素之一。
图1 食用稻和清酒稻的不同基因组区域。A.本研究水稻品种被分为地方品种、食用稻和清酒稻;B.二元GWAS曼哈顿图;C.全基因组遗传距离分析和(D)Fst分析;E.三种分析条件下共同的顶部峰值列表。
图2 OsMnS调节WCF和甘露聚糖的含量。A. LWCF的GWAS分析;B.基于图1B和C结果中4号峰做局部曼哈顿图和LD热图;D. OsMnS的外显子-内含子结构和DNA多态性; E.二元GWAS群体中三类OsMnS的单倍型频率;F.携带Hap. A或Hap. B的地方品种和清酒稻甘露聚糖水平比较;G-J. NPB (G)、YDN (H)、MnS 1 (I)和MnS 3 (J)中米粒中抗甘露聚糖结合蛋白的原位染色; K. 携带Hap. A或Hap. B的地方品种和清酒稻平均WCF值比较; L. NPB对照(n = 4)与功能性OsMnS Hap. genome转化的NPB中甘露聚糖水平和OsMnS基因拷贝数的比较;M-N. NPB与转换后的NPB之间的LWCF频率的比较。
图3 OsWOX9D不同单倍型在O. sativa和O. rufipogon亚群中的分布。(A和B)OsWOX9D的单倍型网络和单倍型丰度;OsWOX9D在中国品种中的(C)单倍型频率;(D)在3K个粳稻品种和不同的粳稻亚群体中,OsWOX9D的单倍型丰度的区域差异。
参考文献
Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice. Molecular Plant, 2023.
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