决定动物肠道微生物组成的核心因素——“食性”

一篇发表在Molecular Ecology的文章“Host diet drives gut microbiome convergence between coral reef fishes and mammals”，该研究生成了一个大型珊瑚礁鱼肠道微生物组数据集（n= 499，19种），并将其与公共微生物组数据（n= 447）结合，汇集全球meta数据进行系统分析，揭示了微生物对其动物宿主从吸收营养物质到抵御病原体起着重要的作用。

样本类型：鱼肠道                    

DOI: 10.1111/mec.17520

一、研究背景

动物肠道微生物群对宿主的生理和健康至关重要。而最丰富和最多样化的脊椎动物分支鱼类的肠道微生物群相对于其他分支却很少受到关注。本研究生成了一个大型珊瑚礁鱼类肠道微生物组数据集，对宿主饮食驱动珊瑚礁鱼类和哺乳动物肠道微生物组之间的机制展开研究。

二、研究方法

本研究使用的二代16S扩增子测序方法对自3个南太平洋岛屿珊瑚礁中的499个鱼类肠道样本完成测序，并与已发表公共微生物组数据（n= 447）结合，汇集成全球meta数据进行系统分析，探究宿主的饮食与珊瑚礁鱼类和哺乳动物之间的肠道微生物群的融合关系。

图 实验和数据分析工作流程

三、主要结果

1.饮食相似的鱼类和哺乳动物有着相似的肠道微生物群

尽管进化历史和居住环境完全不同，但珊瑚礁鱼和哺乳动物的肠道微生物群却是相似的，尤其是在食草和食肉宿主中。线性模型表明，鱼类和食肉动物在组成上最相似，其次是鱼类和食草动物。

图 可视化的鱼类和哺乳动物肠道微生物组之间的微生物组相似性

2、宿主的饮食和进化史不同程度的影响着鱼类和哺乳动物肠道微生物群落

为了进一步研究宿主系统发育的影响，Adonis分析表明，宿主系统发育和饮食对鱼类和哺乳动物肠道微生物群的都存在着一定的影响。此外，栖息地、宿主发育和饮食习惯对鱼类肠道微生物群的影响较大。

图 宿主系统发育和宿主饮食对鱼类和哺乳动物肠道微生物群的相对影响

3、鱼类和哺乳动物肠道微生物群的共同组成部分

鱼类和哺乳动物食性相似的物种的肠道微生物类群组成也相似。鱼类和哺乳的食草动物之间最丰富的类群都是拟杆菌门。在鱼类和哺乳动物的肠道微生物群中均发现了大量的瘤胃球菌属。此外，鱼类和哺乳的食肉动物肠道微生物群中大部分共有的预测功能属于细胞信号传导。

图 鱼类和哺乳动物肠道微生物群之间的共有物种和预测通路

四、研究总结

珊瑚礁鱼类的肠道微生物群经历着与哺乳动物相似的饮食选择压力，也揭示了微生物对其动物宿主从吸收营养物质到抵御病原体起着重要的作用。

小编有话说：

文章从提出问题：什么因素是决定动物肠道微生物组成的核心？——食性！使用二代16S扩增子测序生成了一个大型珊瑚礁鱼肠道微生物组数据集，并将其与公共微生物组数据结合，对不同引物的扩增子整合进行系统分析，证实了微生物对其动物宿主从吸收营养物质到抵御病原体起着重要的作用。

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参考文献

Host diet drives gut microbiome convergence between coral reef fishes and mammals.2024