病原体研究又有新发现！！！

在当今全球化的背景下，细菌病原体的传播与变异对公共卫生构成了持续的挑战，深入了解细菌病原体复杂的基因结构显得尤为重要。近日，由Nigel P. Dyer等人发表于Nucleic Acids Research，题为“EnteroBase in 2025: exploring the genomic epidemiology of bacterial pathogens”的研究性论文，为大家介绍一款用于病原体基因组分析的最新平台-EnteroBase，为细菌病原体研究提供更详实的支持。文章详细介绍了 EnteroBase 平台在内容、可访问性、分析工具、用户界面、用户支持、系统架构方面的更新。该平台可用于病原体基因组分析，有助于高效利用不断增加的病原体测序数据。

数据库可访问地址：

https://enterobase.warwick.ac.uk；https://enterobase.dsmz.de

图1 EnteroBase数据库网站主界面

EnteroBase 是一个免费的病原体基因组分析平台，提供超过 114 万个细菌分离株的基因组序列数据及相关元数据，每日自动更新，用户也可上传数据。其由国际联盟开发和运营，用户数量和分析任务量稳步增加。用户界面清晰明了，统一设计，而且手机也能轻松访问，搜索功能变强，还能保存查询，而且提供了 API，方便和其他平台对接。

图2 用户数量和分析任务量

数据库中已有超过100万细菌分离株的基因组序列数据，新增了链球菌（Streptococcus spp.）和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis），部分数据库可实现基于基因组的抗微生物药物耐药性（AMR）决定簇检测，提升了对耐药基因的检测能力。此外，分析工具也有升级，新的气泡图工具能直观展示细菌遗传种群结构，掌握细菌间的关系。

图3 不同细菌基因组序列数量

图4 艰难梭菌的 AMR 分析流程与种群结构可视化

提供丰富详细的教程和示例说明，方便用户使用，有问题还能发邮件咨询，反馈及时。

图5 教程和示例

EnteroBase 将不断发展，为更多物种提供AMR 基因分型，开发更多实用工具。该平台在细菌病原体基因组分析领域发挥着重要作用，不断更新和扩展的功能为全球公共卫生研究和实践提供了有力支持。

参考文献

EnteroBase in 2025: exploring the genomic epidemiology of bacterial pathogens.Nucleic Acids Research,2024.

VGsoft Team（凌恩开发团队）致力于为多组学相关生命科学研究，提供数据库和信息化解决方案。团队骨干由十年以上项目经验的资深软件工程师和生信工程师构成，可提供灵活多样的数据库构建及信息化服务。服务项目包括物种数据库、多组学数据库、eDNA数据库、育种平台、生信云平台等，客户涵盖高校、科研院所、三甲医院及上市公司等，项目成果发表在Cell, Nucleic Acids Research, Molecular Therapy, Horticulture Research等国际著名期刊上。

每一个研究领域都至少需要一个数据库，上海凌恩秉持“数据驱动创新，客户赋能未来”的理念，为kehu提升科研价值，巩固数据成果，锁定领域影响。