ADNI数据库T1MRI数据处理——基于freesurfer与matlab（2）

在使用freesurfer对数据进行一些基础处理之后，我们可以基于matlab对数据进行进一步的处理。

我们的目标是得到白质表面，期间会用到paraview软件对合成的vtk文件进行查看。

首先我们需要使用到freesurfer处理结果中的surf文件夹中的部分文件

使用这些文件可以通过matlab的vtk工具箱合成一个带有lable标签-也就是sulc、curv值等的vtk表面文件。这个vtk文件可以使用paraview软件进行查看。

图中显示的是一个不带属性值的表面，如果带了属性值，通过红圈部分进行调整即可查看。

vtk文件的特点就是由许多个三角小面片组成整个表面。

注意偶尔使用paraview查看表面的时候会出现一些错误，这个时候大概率是合成表面的时候出错了，需要重新检查对照，再次合成。

合成的vtk表面文件也可以使用记事本进行打开。

points代表了图像中所有点的个数。

polygons代表了组成3D图形的小网格多边形各个点的序号。

发现错误后先检查文件本身是否符合的特点，之后检查Freesurfer生成的文件如?h.white文件有没有出错/漏（通过freeview），再看生成vtk文件的步骤是否出错。

要注意结果的vtk文件不能直接使用。

若进行的是不同群体之间的神经影像研究还需要进行：

1、去掉半脑连接处的点； （干扰配准，且属于无用信息）

2、球面配准和重采样。 （不同大脑区域对应，直接比较不同大脑皮层的属性特征）

去除半脑连接处的点

首先要读取同一个被试左右半脑的表面，找到上边各个点的位置，将左脑上边的各个点分别与右脑上的全部点计算出距离，只要由一个右脑点与该左脑点的距离小于给定的阈值，那么这个左脑点就属于半脑连接处的点，反之亦然。（去掉迹即把值置零）

球面配准与重采样

球面配准会计算一个平滑的球面变形场，驱动球面配准的特征也会被映射到对应的球面顶点上，建立不同表面之间的顶点对应关系，对组成三维大脑皮层的每一个三角形网格的顶点进行移动。 球面配准使得两个大脑皮层充气之后形成的球面尽可能地相似。

通常情况下，研究者一般使用正二十面体分形球面来进行重采样，因为正二十面体分形球面最接近于球并且拥有相对均匀的采样点。

为了保证重采样之后的大脑皮层表面具有足够高的分辨率，一般采用40962或者163842个顶点的正二十面体分形体球面来对被试样本大脑MRI图像进行重采样。

重采样之后的两个被试拥有相同的点数。

进行完这些预处理步骤，就可以对表面进行分析啦！