网络药理学：8、分子对接软件win+mac+linux下载：Autodock、PyMol、gromacs安装与配置、qtgrace、sobtop、Cytoscape、SwissPDBViewer

Autodock和Autodock tools下载

下载地址：https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/

如果你的电脑满足以下配置，那么推荐下载autodock GPU

1. 操作系统：macOS Catalina 10.15.1 或更高版本。
2. CPU：支持C++17的处理器
   • 如Intel Core i5/i7或相应的AMD处理器。
3. GPU：支持OpenCL的GPU，推荐使用：
   • Apple / Intel Iris
   • AMD Radeon（如Radeon Vega 64、Radeon VII）
   • 其他现代AMD或NVIDIA GPU（如Radeon Pro系列）
4. CUDA（可选）：CUDA Toolkit 11或更高版本（适用于NVIDIA GPU）。
5. 编译器：
   • GCC 9或更高版本（支持C++17），可以通过Homebrew安装。
   • Clang（macOS自带）也可以，但需要确认是否支持OpenMP。
   • OpenCL：通常在macOS上自带。

下载完后我们得到autodock4和autogrid4两个程序文件。然后下载autodock tools
下载地址：https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/
推荐直接下载dmg文件，但是有可能无法通过验证从而无法安装，其次要注意的是：MGLTools 无法在 Catalina OS 下运行

（吗的，我就不能下载，公司电脑有安全性要求，不能下载）

PyMol下载

下载地址：https://www.pymol.org/

gromacs

安装

macOs

brew install gromacs

下载成功后输入

gromacs --version

验证安装是否成功

windows

见这篇文章：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/678585456

安装后输入：

gmx

验证安装是否成功

ubuntu(linux)

见：https://blog.csdn.net/m0_54634272/article/details/142392644
我因为是子系统，所以用的是deb(network)。

如果不知道自己系统选什么，可以在ubuntu实例输入：uname -m。

如果最后一步指令出现报错，运行如下命令：

sudo apt update
sudo apt upgrade

再执行最后一步指令即可

配置

cuda相关安装见笔者虚拟机专栏文章。

推荐配置文章：https://github.com/huichenggong/Learning-Computation-with-Chenggong/tree/main/1-MD_tutorial/1-1-GMX_installation

该作者在youtube上有配套视频（只有左耳道有声，而且一股淡淡的人机感hhh

对于该配置文章的补充说明：

1. 可以使用sudo apt install gcc-7来安装旧版本的gcc

2. 可以使用lscpu在Flags中查看cpu支持什么指令集加速，譬如avx2

3. cmake when you have GPU with proper driver/cuda报错The CUDA compiler identification is unknown时可以尝试如下：

   • 首先输入nvcc --version看是否有输出，没有输出说明cuda没有安装成功或安装成功了但没有添加到系统变量。
   • 如果有输出，那么在cmake命令中添加参数直接指定编译器的地址
     -DCMAKE_CUDA_COMPILER=/usr/local/cuda/bin/nvcc \（一般都是这个地址）

4. make -j 4取决于你本机的cpu线程数，一般是线程数的一半，不知道如何查看线程数的也可以看笔者虚拟机专栏文章

5. 文章最后少了一步，就是环境变量的配置，查看gromacs安装目录下是否存在子目录bin/GMXRC，存在的话需要在bashrc中添加source 该GRMXRC

6. 最后输入gmx --version验证gromacs是否成功配置。

qtgrace下载

win版本：https://zhuanlan.zhihu.com/p/678585456

sobtop下载

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

Cytoscape下载

见这篇文章：
http://t.csdnimg.cn/vIYfj

SwissPDBViewer（DeepView）下载

https://spdbv.unil.ch/disclaim.html#