GCTA | 软件下载与安装 环境配置 Linux & Mac

本教程适用于Linux and MAC-M系列芯片

官方下载地址（可获取最新安装链接）

https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download 

# for Linux
wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta-1.94.1-linux-kernel-3-x86_64.zip
# 解压
unzip gcta-1.94.1-linux-kernel-3-x86_64.zip

# for MAC
wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta-1.94.1-macOS-arm64.zip
# 解压
unzip gcta-1.94.1-macOS-arm64.zip

解压后的文件夹中gcta64就是我们需要的可执行文件，在终端中输入绝对路径测试一下：

/Users/sweetevil/Documents/gcta-1.94.2-MacOS-ARM-x86_64/gcta64

如果出现以下界面就说明安装成功了！

正常在Linux环境下都是可以顺利安装的，但是mac系统可能会遇见安全提示，下图来自GCTA MANUAL（自己忘记截图了）

在系统设置>隐私与安全性中同意就可以，然后再用绝对路径测试，大概率还会继续跳提示，反复操作几次应该就行了~

绝对路径测试成功后就可以开始配置环境了

对于不知道自己shell环境的小伙伴，可以在终端运行下面代码

echo $SHELL

# 如果输出是 /bin/zsh 就在终端输入
vim ~/.zshrc
# 如果输出是 /bin/bash 就在终端输入
vim ~/.bashrc

按 i ，在最后面输入

# set path to gcta
export PATH="/Users/sweetevil/Documents/gcta-1.94.2-MacOS-ARM-x86_64:$PATH"

“/Users/sweetevil/Documents/gcta-1.94.2-MacOS-ARM-x86_64”需要根据自己gcta64所在的实际文件夹路径进行替换！

依次按 Esc : wq 保存退出vim编辑器，然后更新一下环境文件：

source ~/.zshrc
source ~/.bashrc

更新完后在终端输入 gcta64，出现gcta的提示就大功告成了！这样就可以在任意位置调用gcta64命令了☺️

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下一篇应该会写使用脚本运行fastGWA~