【分析软件GCTA】计算样本间亲缘关系、PCA、GBLUP、fst

GCTA全称： Genome-wide Complex Trait Analysis全基因组复杂性状分析

官网：

https://cnsgenomics.com/software/gcta

开发的初衷是用于评估表型变异中遗传变异所占的比例，即评估遗传力的大小。

主要功能：参考官网有很多，但我更关注以下

1. GCTA计算亲缘关系GRM矩阵（kinship矩阵）

2. 利用全基因组SNP估计近亲系数

3. 群体遗传中，GCTA中做PCA

4. 不同性状/表型间（traits）的遗传相关性

 linux下载安装GCTA参考：

GCTA PCA分析以及软件安装教程_育种数据分析之放飞自我的博客-CSDN博客_pca分析软件

1. 样本间亲缘关系 GRM ( genetic relationship matrix ) 

有求：GCTA-GREML does not assume that the individuals should be unrelated. 

GCTA有2种方法，可以选择：

1.  默认Yang：–make-grm-alg 0

gcta64 --bfile filename  --make-grm --make-grm-alg 0 --out outfilename_yang

2.   Van         ：–make-grm-alg 1

gcta64 --bfile filename  --make-grm --make-grm-alg 1 --out outfilename_van

FQ:样本量太少时不建议计算，当样本量较小时，估计值的抽样方差(标准差平方)较大(参见GCTA-GREML功率计算器)，因此snp -遗传力估计值(h2-SNP)波动较大，甚至可能达到边界(0或1)。因此，当样本量较小时，snp -遗传力估计值为0或1(标准差较大)也就不足为奇了。

主要参考网站：

衡量样本亲缘关系，除了IBD你还知道哪些方法？

https://www.jianshu.com/p/f8d1cd2dd95f?u_atoken=b273faf6-2883-41d8-84ce-07eee09ea820&u_asession=01OHEaXpfqdos62pJacsv9lbmFmlV2zOgHf2wh2o8vcX0sEhXzqevoNcvuFAETk2AoX0KNBwm7Lovlpxjd_P_q4JsKWYrT3W_NKPr8w6oU7K-bQaHAc7t0QQS9_7bgi_hCK1h9zIJGqUc2hCV04v6XLWBkFo3NEHBv0PZUm6pbxQU&u_asig=05atklbMTwZVYERrQnXuWL4idcaZ7XUPpJpfbdqYikrh1kMn7XiPVgGXwoLjWvAJ_71o6rvWrg9B6pSHjXG0aA2E89_K2HWhDglOXG4_-nG_43VWtsAa95bQrP2aBgfwY0tSUdy8L5xy7VldpAM3d1VKQdVEw-gKUXuwVaIr6ojj39JS7q8ZD7Xtz2Ly-b0kmuyAKRFSVJkkdwVUnyHAIJzfTibC0XGPU8r62j03DryQj6Ssn8CpHPyGHSj8dzO-NKn3URtWYq5VQe2s5Xl6Zn2u3h9VXwMyh6PgyDIVSG1W9EhGxrqx_31Qtrk8d5EAuS61hnSxivNmN16UMyti3XTKJZ9WB_iPUeUuGkEmXB5KpZa9_JxhIKQ_Yg-eR8q11AmWspDxyAEEo4kbsryBKb9Q&u_aref=I4fAW95PjY5wh3AyT4ehdrOhqZM%3Dhttps://www.jianshu.com/p/f8d1cd2dd95f?u_atoken=b273faf6-2883-41d8-84ce-07eee09ea820&u_asession=01OHEaXpfqdos62pJacsv9lbmFmlV2zOgHf2wh2o8vcX0sEhXzqevoNcvuFAETk2AoX0KNBwm7Lovlpxjd_P_q4JsKWYrT3W_NKPr8w6oU7K-bQaHAc7t0QQS9_7bgi_hCK1h9zIJGqUc2hCV04v6XLWBkFo3NEHBv0PZUm6pbxQU&u_asig=05atklbMTwZVYERrQnXuWL4idcaZ7XUPpJpfbdqYikrh1kMn7XiPVgGXwoLjWvAJ_71o6rvWrg9B6pSHjXG0aA2E89_K2HWhDglOXG4_-nG_43VWtsAa95bQrP2aBgfwY0tSUdy8L5xy7VldpAM3d1VKQdVEw-gKUXuwVaIr6ojj39JS7q8ZD7Xtz2Ly-b0kmuyAKRFSVJkkdwVUnyHAIJzfTibC0XGPU8r62j03DryQj6Ssn8CpHPyGHSj8dzO-NKn3URtWYq5VQe2s5Xl6Zn2u3h9VXwMyh6PgyDIVSG1W9EhGxrqx_31Qtrk8d5EAuS61hnSxivNmN16UMyti3XTKJZ9WB_iPUeUuGkEmXB5KpZa9_JxhIKQ_Yg-eR8q11AmWspDxyAEEo4kbsryBKb9Q&u_aref=I4fAW95PjY5wh3AyT4ehdrOhqZM%3DGCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵（kinship矩阵）_育种数据分析之放飞自我的博客-CSDN博客

2. 近亲系数

近交系数(coefficient of inbreeding)指的是某一个体从他的祖先得到一对纯合的，等同的基因的概率，即在遗传上是完全相同的基因的概率。

近交群体的近交程度，常用群体的平均近交系数度量

gcta64 --bfile filename --autosome --make-grm --out outfilename

3.  GCTA中做PCA

• 第一步：构建kinship矩阵（有两种方法）
  • 第一种：Yang的方法--make-grm 0
  • 第二种：Van的方法--make-grm-alg 1
• 第二步：PCA计算
• GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化_育种数据分析之放飞自我的博客-CSDN博客

4. 不同性状/表型间（traits）的遗传相关性

gcta64 --reml-bivar --reml-bivar-nocove --grm test --pheno pheno.txt --reml-bivar-lrt-rg 0 --out test

利用GCTA工具计算复杂性状/特征（ComplexTrait）的遗传相关性（geneticcorrelation） - 橙子牛奶糖 - 博客园
 

gcta 计算 fst：

gcta64 --bfile test --fst --autosome-num 26 --sub-popu subpopu.txt --out test

Results are saved in *.fst file.

Chr    SNP       bp     refA freq_Popu1(n=1000) freq_Popu2(n=2925) Fst 
1    rs4475691   836671  T   0.208561    0.193984    0.000508832 
1    rs28705211  890368  C   0.287427    0.274928    0.000295543 
1    rs9777703   918699  C   0.0265765   0.0313871   0.000300492 

报错：Error: Line 1 of [bestqc_chr161.bim] contains illegal chr number, please check An error occurs, please check the options or data

指定除人类以外的物种的常染色体数目。例如，如果您指定常染色体的数目为19，那么染色体1到19将被识别为常染色体，而染色体20将被识别为X染色体。如果未指定此选项，则默认为22。

解决办法：

--autosome-num 200 --autosome

主要参考网站：

gcta 计算 fst 实践 - 小鲨鱼2018 - 博客园

具体参数可以查看：GCTA | Yang Lab

本文章仅作为个人笔记与大家分享，希望大家少走弯路，过程中参考了一系列大神的文章，如有侵犯劳烦联系删除。