- 学习目标
- 学会在NCBI网站上进行BLAST搜索
- 理解BLAST各个参数的用途
- 理解BLAST搜索的三个步骤(整理,扫描/延伸,回溯);
- 理解BLAST E值和分数的数学关系;
- 阐明BLAST搜索的策略
- 引言
- 基本局部比对搜索工具(BLAST)是NCBI的一个主要工具,可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。
- 应用:
- 通过蛋白质/核酸序列,寻找一只的直系同源和旁系同源序列
- 通过特定物种,确定其存在的蛋白质和基因
- 确定一个DNA或蛋白质序列的身份
- 发现新基因
- 对于特定蛋白或基因,确定有哪些变种已经被描述
- 考察可能发生选择性剪接的表达序列标签(ESTs)
- 探索对一个蛋白质结构/功能其重要作用的氨基酸残基
- 网页版搜索步骤:
- 1.选择一个感兴趣的序列,粘贴,输入或上传至BLAST网站的输入栏中
- 2.选择一个BLAST程序(BLASTP、BLASTN等)
- 3.选择一个搜索数据库(nr/nt)
- 4.选择对搜索和输出结果进行调整的参数,
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上)
最新推荐文章于 2024-06-24 09:36:50 发布