2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

• 学习目标
  • 学会在NCBI网站上进行BLAST搜索
  • 理解BLAST各个参数的用途
  • 理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;
  • 理解BLAST E值和分数的数学关系；
  • 阐明BLAST搜索的策略
• 引言
  • 基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。
  • 应用：
    • 通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列
    • 通过特定物种，确定其存在的蛋白质和基因
    • 确定一个DNA或蛋白质序列的身份
    • 发现新基因
    • 对于特定蛋白或基因，确定有哪些变种已经被描述
    • 考察可能发生选择性剪接的表达序列标签（ESTs）
    • 探索对一个蛋白质结构/功能其重要作用的氨基酸残基
  • 网页版搜索步骤：
    • 1.选择一个感兴趣的序列，粘贴，输入或上传至BLAST网站的输入栏中
    • 2.选择一个BLAST程序（BLASTP、BLASTN等）
    • 3.选择一个搜索数据库（nr/nt）
    • 4.选择对搜索和输出结果进行调整的参数，