定义原子/体系某些信息的计算(一)
这里只介绍一个命令:compute
这个命令可以帮助你计算你所想知道的原子/体系信息,例如:
compute 1 allpe/atom
表示计算每个原子的势能
compute 1 allporperty/atom fx fy fz
表示计算每个原子在x,y以及z方向上所受到的力
以之前介绍的简单弛豫的动态模拟为例:
在命令dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z 后面加上c_1(表示输出计算的原子势能):
dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z c_1
c为compute的缩写,1为这个compute的代号,
若写为compute x all pe/atom
则输出的写为c_x
将得到的W.xyz文件导入ovito软件中,然后在Add Modification中选择Color coding,然后在图示中的input property选项中选择c_1即可得被原子势能涂色的示意图:
注:最好每换一帧记得点击一下Adjust range