lammps教程：compute group/group原子组相互作用计算方法

大家好，我是小马老师。
本文介绍lammps计算原子组之间相互作用的一个命令：compute group/group。
在lammps模拟中，经常需要计算原子组之间的相互作用，如摩擦球与基体之间、流体与壁面之间等等。
lammps提供compute group/group命令可完成此功能。
compute group/group命令既可以计算原子组之间的作用能，也可以计算两个组之间的作用力。
如：

compute 1 lower group/group upper

lower和upper为两个原子组的id（group-id）。
以上命令共有4个计算结果，其中标量c_1为量原子组之间的作用能，矢量c_1[1]、c_1[2]、c_1[3]分别为lower和upper组在x、y、z方向的作用力。
下面以Cu弛豫为例，简单演示compute group/group使用方法及结果输出。
模型共分上下两部分，计算结果由thermo命令输出。

完整代码如下：

#公众号：lammps加油站
units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic
timestep        0.001
neighbor        2 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
#box
lattice         fcc 3.61       
region          box block 0 10 0 5 0 10
create_box      2 box
create_atoms    1 box
#分组
region          top block INF INF INF INF 5 INF 
group           top region top
group           bot subtract all top
set             group top type 2
#势函数设置
pair_style      eam/fs
pair_coeff      * * Cu1.eam.fs Cu Cu
#保存模型
write_data all.data
#温度初始化
velocity        all create 300 98989
#计算top/bot组作用能和作用力
compute         1 top group/group bot
thermo          100
thermo_style    custom step temp press c_1 c_1[1] c_1[2] c_1[3]
#弛豫
dump            1 all atom 100 dump.xyz
fix             1 all nvt temp 300 300 0.1
run             1000

模拟结果如下图所示，最后面四列即为计算结果。

公众号：lammps加油站