LAMMPS学习系列（15）

最新推荐文章于 2024-11-07 16:45:13 发布
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这篇博客介绍了使用LAMMPS进行金属材料辐照损伤模拟，特别是通过一个小型系统来模拟Fe中的辐射损伤。文章强调了在MD模拟中从小规模开始的重要性，并详细说明了模拟的步骤，包括初始系统设置、模型构建、选择碰撞原子、定义势能和模拟环境。模拟环境涉及NVT和NVE系综，其中还涉及到速度设置和时间步长的控制策略。

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实例二（2）实例二介绍个金属材料中常见的辐照损伤模拟，最近比较经典的一篇文章是Fe中的辐照损伤模拟（发表在Nat.Commun）：

在这里插入图片描述

由于此文中所采用的体系极大（最小体系也包含上千万个原子），所以我们只能用一个小体系为例简单的介绍下这个模拟过程（这也是做MD的原则之一，不要一开始就跑大体系，先跑个小体系试试情况，没问题再上大体系）。in.cas文件内容：1.初始模拟系统设置
2.初始模型构建（读取模型数据）

3.选取中心原子为PKA（初始碰撞原子，给与这个原子由这个原子引发级联碰撞）

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LAMMPS学习系列（16）
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（石墨烯、金属材料模拟专题） 2 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。实例操作：VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。（纳米流体模拟专题） 3 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。（热传导模拟专题） 4 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。
LAMMPS学习自用——三个“un-“命令
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06-01
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飞秒激光照射金箔的分子动力学模拟
02-07
采用耦合双温度模型的分子动力学方法对飞秒激光照射金箔的传热过程进行了模拟研究，利用序参数法对固相原子和液相原子进行了区分并获取了固液界面的位置及温度随时间的变化规律。在此基础上探究了激光能流密度对熔化过程的影响。结果表明，随着激光能量的吸收及传递，金原子逐渐由面心立方的规则排列变为无序的松散排列，固液界面随时间逐步向金箔底部移动，金箔体积不断变大。当激光能流密度较小时，金箔未完全熔化，且熔化发生时刻较晚。激光能流密度越大，金箔熔化越早越快，熔化深度也越大，固液界面处温度也越高。
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关于一些lammps资源的实例，可以对lammps有一个了解。
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分子动力学及计算化学发展十分迅速，目前已经成为发表重要科研成果的“标准配置”，发表高水平文章更是不能缺少理论计算的助力，并且被广泛应用在化学、物理材料和生物等学科中。
【材料-化学】专题合集：CP2k、gaussian、lammps、reaxff
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入门实操Gaussian量子化学、LAMMPS分子动力学模拟
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次计算课程专门为化学、材料科学领域量身打造，共分为两个个专题，采用全方位的课程体系设计，在线直播教学，课后提供无限次回放视频，发送全部案例资料，建立永不解散的课程群，在班级群内可以和相同领域内的老师同学互动交流问题，让学习不再是一个人的孤独求索。
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文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/cCqQxB6HzXdGhe0P1h3ihg fix命令为一组原子施加fix约束。 使用语法 fix ID group-ID style args ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数 使用举例 fix 1 all nve fix 3 all nvt temp 300.0 300.0
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