LAMMPS学习系列（10）

模拟环境设定

今天介绍LAMMPS软件输入文件中的最后一个部分：模拟环境设定

这部分主要涉及四个命令：velocity；fix；timestep；run

velocity命令：

由于是分子动力学模拟，所以模拟过程中原子是动的，所以模拟初期我们需要给与原子初速度。

例（常用）： velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian

其中all表示赋予所有原子；

300 为300 K；

4928459为随机正整数；

dist gaussian为原子速度分布满足高斯分布。

timestep命令：

设置模拟步长，例：

timestep 0.001 (ps还是fs与之前介绍的units命令有关)

fix 命令（常用用法）：

设置模拟系综（nve,nvt,npt等），例：

fix 1 all nvt temp 300 300 100.0

控制体系在温度为300K左右t的nvt环境下模拟

对原子进行操作，例：

fix 2 bottom setforce 0.0 0.0 0.0

设定bottom区域（region命令）的原子的受力为0（固定原子时会用到）

帮助输出所需信息，例：

fix extra all print 100 “Coords of marker atom =$x $y $z” file coord.txt

。。。。。。。。

run命令：

设置运行步数，例：

run 10000

表示运行10000步，

运行步数与步长相乘即可得模拟时间（不是计算时间~）

总体来说，LAMMPS软件完成一个完整的MD模拟所需要的主要命令到此已经全部介绍完了，后面就开始根据具体例子以及相关文献来帮助各位进一步熟悉这些命令以及介绍一些辅助性命令~

今天就先介绍到这里~

欢迎各位关注~

若本文有何不对以及不足之处，希望各位留言批评指正~