LAMMPS分子动力学模拟-纳米材料与生物分子研究【附案例】

作为使用LAMMPS的研究人员,去年我协助优化了数十个项目的仿真工作,实现了性能的全面提升。

为了帮助更多的初学者快速上手,今年我特别总结了最新的仿真选题与应用技巧,涵盖了从基础设计到复杂系统的方方面面。

这里的选题涵盖简单到复杂的设计应用,许多题目可以直接用于毕业论文和项目课题,也可以根据需求进行小幅改动来实现创新。

如果有任何疑问或需要深入讨论,欢迎私信或者扫描文章底部二维码。

后续我还会持续更新更多的应用案例,敬请关注!

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材料辐照损伤原子尺度模拟的大规模并行算法研究

基于LAMMPS的分子动力学模拟

基于机器学习的纳米结构力学性能研究

耗散粒子动力学模拟细胞在硬基底上的粘附及力学响应

面向“神威·太湖之光”的LAMMPS对势优化与自适应技术研究

面向国产神威超级计算机的分子动力学模拟算法优化

基于LAMMPS的单晶硅纳米切削过程模拟分析研究

基于“神威·太湖之光”的分子动力学算法优化

固态共价晶硅高性能原子模拟算法的并行优化研究

H-SiC辐照损伤分子动力学模拟初步研究

层合板冲击损伤率效应的近场动力学模拟与分析

基于神威·太湖之光超级计算机的高性能分子动力学算法设计与优化

基于LAMMPS的航空发动机叶片断裂研究

基于LAMMPS的轮轨滚动接触疲劳裂纹扩展行为仿真分析

Ni-Fe,Ni-Co合金抗辐照性能的分子动力学模拟研究

基于AMD平台的OpenCL优化研究及其在分子动力学中的应用

金属纳米线连接分子动力学模拟

面向微流体的原子—连续耦合模拟并行应用开发框架关键技术研究

叶蜡石加热条件下CO结合作用机理的计算机模拟研究

SiC上LiNbO生长及器件模拟研究

页岩CO、CH动态吸附特性模拟研究

基于GPU的煤热解化学反应分子动力学(ReaxFFMD)模拟

TiAl合金扩散连接金属间化合物形成与控制的分子动力学模拟

基于分子动力学石墨烯/酞腈复合材料界面力学性能研究

光催化辅助拋光碳化硅材料去除机理研究

微尺度下单晶硅疲劳失效机理的分子动力学模拟研究

晶圆减薄仿真的应力计算及其应用研究

基于分子动力学单晶铝纳米切削机理研究

材料模拟在Kubernetes+Volcano容器批处理系统中的研究与实现

受热条件下铜铝复合板界面层稳定性的研究

异质铝铅固液界面的分子动力学研究

核结构钢辐照氦效应的原子尺度模拟

晶粒生长的蒙特卡洛模拟方法研究

铝单晶塑性形变机制的分子动力学模拟

颗粒增强复合材料微观损伤机理的分子动力学模拟分析

基于Cauchy-Born准则的石墨烯/碳纳米管复杂大变形力学行为研究

数值模拟与科学工作流管理平台工具的设计与实现

氦离子注入多晶钨引起的表面肿胀行为研究

TiN纳米晶粒尺寸对薄膜力学性能影响的分子动力学研究

磁性胶体颗粒自组装及其动力学行为的理论研究

单层黑磷温度依赖下力学性能的分子动力学模拟研究

多核集群上的混合并行分子动力学计算研究

TiAl涂层缺陷区域微观结构对内耗能力影响的研究

活性分子对脂质膜穿透性影响的分子动力学仿真

激光辐照过程中含缺陷熔石英结构的分子动力学分析

过渡金属管状纳米材料的受限生长和含线缺陷的低维BN与MoS纳米材料物性的数值模拟研究

基于分子动力学磁流变阻尼器恢复力模型的研究及应用

单晶铜构件弯曲时裂纹扩展的分子动力学模拟

稀薄效应对空气静压导轨润滑特性的影响

黑磷和二硫化钼热输运性质的分子动力学研究 MD模拟研究穿过金属玻璃界面的剪切带传播

基于金属有机架构材料的二甲苯吸附分子动力学特性研究

纳米颗粒改性聚乙烯塑料的力学性能及光降解机理分子动力学研究

X钢氢损伤分子动力学模拟及损伤表征方法研究

基于微胶囊相变的低温作业防护材料研究

棉纤维素与铬金属滑动摩擦行为的分子动力学研究

AlxCoCrFeNi高熵合金凝固及力学性能的分子动力学模拟

强激波冲击下物质电离力学效应的理论与数值模拟研究

功率器件石墨烯/碳化硅异质界面热—力学特性研究

液滴冲击合金表面的莱顿弗罗斯特现象

晶格反演修正型嵌入原子势函数理论及应用研究

基于分子动力学的PTFE材料摩擦磨损分析及试验研究

磁性材料在声子晶体中的应用

微尺度通道结构对水输运性能影响研究

基于无转移石墨烯薄膜的极小流量漏孔制作及气体传输特性研究

元素掺杂改性LiLaZrO工艺及机理研究

硝化棉与醇醚包覆纳米铝粉的分子动力学模拟

单壁碳纳米管的轴向压缩振动特性的研究

银包覆多壁碳纳米管对Sn-Bi钎料组织和力学性能的影响

基于OpenCASCADE的分子动力学交互式建模系统研究与应用

基于分子动力学的铝材料力学性能及循环外载对其影响的研究

烧绿石型氧化物的结构参数及性能参数的分子动力学模拟研究

负离子源中性束装置中先进铯喷枪系统的设计与研究

稀薄气体流动机理的分子动力学模拟与研究

木质纳米纤维素可视化建模与分子动力学研究

炭膜分离CO/CH混合气体的分子模拟

基于粗粒度分子动力学的脂质双层膜建模方法及电穿孔特性研究

硅单晶热膨胀性质的分子动力学与晶格动力学模拟

纳米薄膜沉积及金属氧化过程中力学行为的分子动力学模拟

低维系统热输运的分子动力学模拟

化学反应与结构优化过程中的微动力学研究

基于分子动力学的单晶铜纳米线力学性能研究

应力诱导面心立方金属晶体FCC-BCC相变机理的分子动力学研究

基于近场动力学的预埋吊件吊点受拉破坏形态分析

金纳米线和纳米管中级联碰撞的分子动力学模拟研究

面向等离子体材料的溅射率研究

超急速爆发沸腾汽泡形核分子动力学研究

分子动力学模拟纯镁熔体凝固过程中的结构演化

氮化硼纳米管非典型屈曲行为的原子层次模拟研究

碳纳米管增强超高分子量聚乙烯复合材料纤维界面强度的分子动力学仿真

硅单晶薄膜热膨胀性质的分子动力学模拟

纯镁表面扩散铝涂层的制备及分子动力学研究

钍基混合氧化物燃料的电子结构、力学和热力学性质研究

双氧水氧化萃取废ROPAC中铑的微反应器工艺研究

Y、Cr-Mg-Ti对Al-Fe熔体微结构及AlFe形核影响的分子动力学模拟

FeCrNi奥氏体钢非均匀晶粒组织变形机理的研究

纳米颗粒强化气液传质分子动力学模拟和模型研究

石墨烯/氮化镓复合异质界面结构热—力学特性研究

碳基复合热管理材料界面热输运性质研究

介孔尺度、形貌及界面效应对太阳盐凝固特性的影响

### 使用机器学习加速分子动力学模拟 在传统方法中,分子动力学(MD)模拟依赖于经典力学中的势能函数来描述原子间相互作用。然而这些力场参数化过程复杂且耗时长久。随着计算能力的增长以及算法的进步,基于机器学习的方法逐渐成为一种有效替代方案用于构建更精确高效的互作用模型[^1]。 #### 基于神经网络的势能面拟合 通过训练深度神经网络(DNN),可以实现对化学键、角度、二面角等结构特征的学习,并以此为基础预测任意构型下的能量值及其梯度信息。这种方法不仅能够保持高精度,而且对于未知体系同样具备良好的泛化性能。例如,在材料科学领域内,有研究者利用图卷积网络(Graph Convolutional Network, GCN)成功再现了多种晶体缺陷态的能量特性[^2]。 #### 数据驱动的动力学路径采样 除了静态属性外,动态行为也是理解物质性质不可或缺的一部分。借助强化学习框架,可以在不损失重要事件发生概率的前提下大幅减少不必要的轨迹探索时间;同时结合变分自动编码器(VAEs),还可以进一步提高稀疏状态空间的有效覆盖程度。一项具体应用实例是在蛋白质折叠过程中引入策略迭代机制以指导MD仿真朝着目标构象快速收敛[^3]。 ```python import torch from ase.calculators import calculator as calc from schnetpack.interfaces import SpkCalculator # 加载预训练好的SchnetPack模型 model_path = 'path/to/schnet_model' device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu') calculator = SpkCalculator(model=model_path, device=device) # 将其设置为ASE atoms对象的计算器 atoms.set_calculator(calculator) forces = atoms.get_forces() energy = atoms.get_potential_energy() ``` 上述代码片段展示了如何使用SchnetPack库加载一个预先训练过的SchNet架构来进行分子系统的能量和受力计算。这使得研究人员能够在合理的时间范围内执行更大规模或更高温度条件下的MD运行。
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