pySCENIC ctx Feather文件版本报错

最新推荐文章于 2024-05-18 11:35:43 发布
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问题1: Feather v1版本不支持，需转成v2

 解决方式：按照提示下载脚本

python create_cisTarget_databases-master/convert_cistarget_databases_v1_to_v2.py -i /publicData/SCENIC/hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather -o /publicData/SCENIC/hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather &

 需注意名字的v2版本的命名方式“genes_vs_motifs.rankings.feather”，不然会报以下错误。

或者直接去cisTarget官网下载v2版本的数据：

https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/

YZJenny
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