生物医药数据库-生物医药全生命周期数据（网址）

生物医药简单来说就是生物技术和医药技术的结合，如生物制药就是把生物工程技术应用到药物制造领域的过程。因为各国对其定义范围不统一，甚至不同人的观点也大相径庭。

 

伴随着生物医药的快速发展，产生了海量的高通量数据，如何对生物医药数据库有效的查询并利用其数据水平直接反映了研发效率的高低。

下面以药融云生物医药数据库V4.0为例给大家讲解

1、进入数据库

2、点击药品研发

可以看到按药品性质来查询可以搜索 药品名称、研发企业、适应症状；也可以搜索靶点、化学结构式编码、CAS号。

下面以sintilimab为例进行检索：

可以看到sintilimab的基本信息、研发企业、ATC信息、化学数据、上市时间轴、研发章台、全球销售额、其它信息、关联信息反转逆向查询。点击企业名称关联查询如下图：

附：生物化学医药常用数据库

代谢与信号通路类

1.      KEGG -Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

网址：http://www.kegg.jp/

2.      HMDB -The Human Metabolome Database

网址：http://www.hmdb.ca/

3.      Reactome- A Curated Pathway Database

网址：http://www.reactome.org/

4.      PhosphoSitePlus

网址：http://www.phosphosite.org/

5.      EcoCyc- BioCyc Database Dollection

网址：http://ecocyc.org/

6.      APD -Antimicrobial Peptide Database

网址：http://aps.unmc.edu/AP/main.php

7.      REBASE-The Restriction Enzyme Database

网址：http://rebase.neb.com/

8.      PathwayCommons - Search and visualize public biological pathway information

网址：http://www.pathwaycommons.org/about/

9.      PID -Patheay Interaction Database

网址：http://pid.nci.nih.gov/

10.  TAIR - The Arabidopsis Information Resource

网址：https://www.arabidopsis.org/

蛋白质类

1.      UniProt- The Universal Protein Resource

网址：http://www.uniprot.org/

2.      Pfam -Protein Families Database

网址：http://pfam.xfam.org/

3.      Ensembl- Ensembl

网址：http://www.ensembl.org/

4.      STRING- Known and Predicted Protein-Protein Iinteractions

网址：http://string-db.org/

5.      UCSCGenome Browser - University of California,Santa Cruz Genome Browser

网址：http://genome.ucsc.edu/

6.      NCBI -National Center for Biotechnology Information

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

7.      PROSITE- Database of protein domains，families and functional sites

网址：http://prosite.expasy.org/

8.      BioGRID- Biological General Repository for Interaction Datasets

网址：http://thebiogrid.org/

9.      InterPro- Protein sequence analysis & classification

网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

10.  PX - ProteomeXchange

网址：http://www.proteomexchange.org/

RNA类

1.      miRBase- microRNA database

网址：http://www.mirbase.org/

2.      Ensembl- Ensembl

网址：http://www.ensembl.org/

3.      RDP -Ribosomal Database Project

网址：http://rdp.cme.msu.edu/

4.      UCSCGenomes Browser - University of California，Santa Cruz Genome Browser

网址：http://genome.ucsc.edu/

5.      NCBI -National Center for Biotechnology Information

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

6.      Rfam -RNA Families

网址：http://rfam.xfam.org/

7.      TRANSFAC- a database on transcription factors and their DNA binding sites

网址：http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

8.      FlyBase- Database of Drosophila Genes & Genomes

网址：http://flybase.org/

9.      RefSeq- Reference Sequence Database

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

10.  miRTarBase - miRNA Target Database

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

结构类

1.      Pfam -Protein Families Database

网址：http://pfam.xfam.org/

2.      ChEMBL

网址：https://www.ebi.ac.uk/chembl/

3.      CDD -Conserved Domain Database

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

4.      SWISS-MODEL- The SWISS-MODEL Repository

网址：http://swissmodel.expasy.org/repository/

5.      CAZy -Carbohydrate-active Enzymes Database

网址：http://www.cazy.org/

6.      BRENDA- The Comprehensive Enzyme Information System

网址：http://www.brenda-enzymes.org/

7.      CATH

网址：http://www.cathdb.info/

8.      RCSBPDB - RCSB Protein Data Bank

网址：http://rcsb.org/

9.      DisProt- Database of Protein Disorder

网址：http://www.disprot.org/

10.  BMRB - biological magnetic resonance databank

网址：http://www.bmrb.wisc.edu/