常用的生物通路数据库汇总

生物通路是细胞内分子之间的一系列相互作用，会导致细胞内的产生某种产物或某种改变。这种通路可以触发新的分子如脂肪或蛋白质的组装。通路也可以开启或关闭基因，或者刺激细胞移动。一些最常见的生物通路涉及到代谢、基因表达调控和信号传导。通路在基因组学的高级研究中起着关键作用。

通路信息可以从大量数据库获得，包括从专业校对过的高质量数据库和通过对文章摘要进行自然语言处理和文本挖掘产生的大量假定通路的数据库。由于不同数据库大小、质量和属性不同，用户需要根据自己目的选择使用正确的数据库。

 

KEGG

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) (地址见文末)是由京都大学生物信息学中心和东京大学人类基因组中心共同开发的一系列数据库。正如名字百科全书所暗示的，数据库包括系统理解生物学所必需的信息，如基因组序列和化学信息。KEGG许可证由path Solutions Inc.出售(地址见文末/)。

KEGG的独特之处在于其对酵母、小鼠和人类代谢通路的关注和覆盖。目前，细胞周期和凋亡的信号通路正在扩展。阅读和总结相关文献的专业人士持续更新通路信息。数据库以KEGGML的格式存储。由于通路随后显示为GIF文件，用户无法轻松编辑通路信息。但可以借助第三方工具进行编辑和展示。51xxziyuan.com

BioCyc

BioCyc是SRI国际提供的通路数据库(地址见文末)。该数据库最初由SRI国际生物信息学研究小组建立，是一个专注于代谢通路的高质量数据库。与BioCyc相关的有EcoCyc、MetaCyc、HumanCyc数据库。许可证对学术和非营利组织都是免费的。人类和大肠杆菌是主要的生物体，还有其他各种生物体。EcoCyc主要是大肠杆菌代谢通路的数据库，用化学方程式的形式显示。EcoCyc也包含少量的信号通路。策展人从文献中提取了通路知识。使用专用格式描述通路。

 

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