R包的四种安装方式
1. install.packages()
对于R自带的包的安装一般都可以通过该函数进行安装,在双引号中写入需要安装的包的名字即可。
install.packages("ggplot2")
2. 从Bioconductor安装
对于一些来自于Bioconductor的包,通常可以通过BiocManager进行安装。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
3. 从本地源码安装
有时由于R版本限制或者网络问题无法在线安装R包时,可以把R包的安装包下载到本地用源码进行安装。首先需要将安装包下载到本地,然后采用以下代码进行安装。
install.packages("D:/R-4.4.1/library/ggstance_0.3.7.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
注意,在使用该方法进行安装时,不同于其他在线安装方法,本方法安装时附加包无法自动安装,因此会遇到如下附加包不存在的问题,因此需要首先进行附加包的安装再重新安装目标包。比如在安装ggstance时,根据报错信息:依赖包dplyr不存在,因此首先安装dplyr
install.packages("plyr")
之后重新安装ggstance就没问题了。
4. 从github安装
有一些包只有github版本,或者github版本比官方版本更新更及时,因此我们避免不了要从github进行安装。
# 安装并加载devtools
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("hadley/ggplot2")
常见问题的解决
1. 版本问题
此类问题一般会提示 package “xxx” is not available ( for R version 4.3.0),对于初学R的人来说,最简单的方法就是重新安装新版本的R,一般来说这个方法都能解决该问题;另外,若重新安装R之后该问题还是没解决,那么推荐使用源码安装的方法安装该R包。
2. 网络/镜像问题
此类问题的报错一般是 无法打开URL"http://xxxxxx" 等,一般都是由于网络或者镜像问题造成的该错误,因此首先要检查网络是否可以正常使用,排除该问题后,可以考虑采用以下方法查看并更换合适的镜像(国内一般使用清华镜像):
# 查看当前镜像
options(repos = c(CRAN = "http://cran.rstudio.com/"))
# 更换镜像
chooseCRANmirror()
## 直接更换为清华镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
3. 缺少Rtools
此类问题的报错一般为:Rtools is required to build R packages but is not currently installed ;这是由于部分R包的安装与使用需要用到Rtools,这是一个用于Windows操作系统的软件包,为R语言提供一系列构建和安装源代码包的工具;当缺少该工具时,我们需要首先安装Rtools并配置好相应的环境变量才能够正常使用。
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下载Rtools:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
(注意:需要下载与自己的R环境对应版本的Rtools) -
安装Rtools:下载后双击按照提示安装即可,在安装过程中,一般会有一个步骤询问是否要将rtools添加至环境变量中,要在此步骤中勾选该选项,这样安装好之后才能够正常使用。如果在安装过程中没有进行该选项的选择,那么需要手动将其添加至环境变量中。
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重启R或Rstudio
安装好之后,需要重新启动R或Rstudio