LAMMPS石墨烯建模

小张er

已于 2024-05-09 11:33:45 修改

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分类专栏：石墨烯文章标签：笔记

于 2024-04-24 14:07:27 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/ZSC001127/article/details/138156543

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本文详细介绍了石墨烯的单层扶手椅型和锯齿型结构，以及对应的四原子和两原子晶胞建模，包括矩形和平行四边形晶胞的设置，还展示了AA和AB堆垛的模型构建。使用Lammps进行模拟，对于理解石墨烯的性质和应用具有重要意义。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、石墨烯

石墨烯是由sp2杂化的碳原子按等边六边形紧密排列的具有单原子厚度（0.35nm)的碳基二维晶体结构，厚度仅为0.35nm，键长为0.1421nm，根据石墨烯边缘碳链的不同，可以分为锯齿型和扶手椅型两个方向。

二、单层扶手椅型石墨烯

2.2、四原子晶胞

2.2.1 晶胞建模

晶胞1的设置：晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.833，0.5，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0        0  0  & 
        basis   0.333    0  0  & 
        basis   0.5     0.5 0  &
        basis   0.833   0.5 0

晶胞2的设置：晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0.5，0），basis2（0.333，0.5，0），basis3（0.5，0，0），basis4（0.833，0，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0       0.5  0  & 
        basis   0.333   0.5  0  & 
        basis   0.5      0  0  &
        basis   0.833    0  0

晶胞3的设置：晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0.5，0），basis2（0.167，0，0），basis3（0.5，0，0），basis4（0.667，0.5，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0       0.5  0  & 
        basis   0.167    0  0  & 
        basis   0.5      0  0  &
        basis   0.667    0.5  0

晶胞4的设置：晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.167，0.5，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.667，0，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0        0   0  & 
        basis   0.167   0.5  0  & 
        basis   0.5     0.5  0  &
        basis   0.667    0  0

2.2.2 晶胞图示

2.2.3 石墨烯模型

2.3、两原子晶胞

2.3.1 晶胞建模

晶胞5的设置：晶格常数为2.461（斜对角原子间距），a1（0.867，0.5，0），a2（1，0，0），a3（0，0，1.361），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0.333，0）

lattice custom  2.461 a1  0.867  0.5  0   a2   0 1 0 a3 0 0 1.361   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0.333  0

晶胞6的设置：晶格常数为2.461（斜对角原子间距），a1（0.867，- 0.5，0），a2（1，0，0），a3（0，0，1.361），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0.667，0）

lattice custom  2.461 a1  0.867  -0.5  0   a2   0 1 0 a3 0 0 1.361   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0.667  0

2.3.2 晶胞图示

2.3.3 石墨烯模型

三、单层锯齿型石墨烯

3.1、矩形晶胞

3.1.1 晶胞建模

晶胞7的设置：晶格常数为1.421，a1（1.732，0，0），a2（0，3，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0，0.333，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.5，0.833，0）

lattice custom  1.421 a1  1.732  0  0   a2   0 3  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0        0   0  & 
        basis   0      0.333  0  & 
        basis   0.5     0.5  0  &
        basis   0.5    0.833  0

晶胞8的设置：晶格常数为1.421，a1（1.732，0，0），a2（0，3，0），a3（0，0，2.357），basis1（0.5，0，0），basis2（0.5，0.333，0），basis3（0，0.5，0），basis4（0，0.833，0）

lattice custom  1.421 a1  1.732  0  0   a2   0 3  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0.5        0   0  & 
        basis   0.5      0.333  0  & 
        basis   0     0.5  0  &
        basis   0    0.833  0

晶胞9的设置：晶格常数为1.421，a1（1.732，0，0），a2（0，3，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.167，0.5，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.667，0，0）

lattice custom  1.421 a1  1.732  0  0   a2   0 3  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0        0   0  & 
        basis   0.5    0.167  0  & 
        basis   0.5     0.5  0  &
        basis   0    0.667  0

晶胞10的设置：晶格常数为1.421，a1（1.732，0，0），a2（0，3，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.167，0.5，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.667，0，0）

lattice custom  1.421 a1  1.732  0  0   a2   0 3  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0.5        0   0  & 
        basis   0    0.167  0  & 
        basis   0    0.5  0  &
        basis   0.5    0.667  0

3.1.2 晶胞图示

3.1.3 石墨烯模型

3.2、平行四边形晶胞

3.2.1 晶胞建模

晶胞11的设置：晶格常数为2.461（斜对角原子间距），a1（1，0，0），a2（0.5，0.867，0），a3（0，0，1.361），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0.333，0）

lattice custom  2.461 a1  1  0  0   a2   0.5 0.867 0 a3 0 0 1.361   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0.333  0

晶胞12的设置：晶格常数为2.461（斜对角原子间距），a1（1，0，0），a2（0.5，0.867，0），a3（0，0，1.361），basis1（0，0，0），basis2（0.667，0.333，0）

lattice custom  2.461 a1  1  0  0   a2   0.5 0.867 0 a3 0 0 1.361   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0.333  0

3.2.2 晶胞图示

3.2.3 石墨烯模型

四、两层石墨烯晶胞

4.1、AA堆垛

4.1.1、晶胞建模

（1）直接在单层的基础上，将z方向改写为1即可。

region                graphene block 0 ${xbox} 0 ${ybox} 0 1

（2）根据晶胞1设置：z方向长度向上取三层石墨烯高度，晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.833，0.5，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 3.357   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0  0  & 
        basis   0.5    0.5  0  &
        basis   0.833    0.5  0 &
        basis   0     0   0.5  & 
        basis   0.333   0.5  0.5  & 
        basis   0.5    0.5  0.5  &
        basis   0.833    0  0.5

4.1.2 石墨烯模型

4.2、AB堆垛

4.2.1 晶胞建模

（1）根据晶胞8设置：z方向长度向上取三层石墨烯高度，晶格常数为1.421，a1（3，0，0），a2（0，1.732，0），a3（0，0，2.357），basis1（0，0，0），basis2（0.333，0，0），basis3（0.5，0.5，0），basis4（0.833，0.5，0）

lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 4.715   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0  0  & 
        basis   0.5    0.5  0  &
        basis   0.833    0.5  0 &
        basis   0     0   0.5  & 
        basis   0.167   0.5  0.5  & 
        basis   0.5    0.5  0.5  &
        basis   0.667    0  0.5

4.2.2 石墨烯模型

五、完整代码

5.1 晶胞1

#-------------1、参数设置------------------
variable	Lx	equal	20    
variable	Ly	equal	20
#variable	Lz	equal	0.8
#-------------2、单元大小------------------
variable        x         equal    ${Lx}     #x方向晶胞个数
variable        y         equal    ${Ly}     #y方向晶胞个数
#variable        z         equal    ${Lz}     #y方向晶胞个数
variable        xbox         equal    round(v_x)            
variable        ybox         equal    round(v_y)
#variable        zbox         equal    round(v_z)    

#-------------3、初始化------------------
units                metal
dimension            3
boundary             p p p
neighbor		     2.0 bin
neigh_modify         every 10 delay 0 check yes
timestep             0.001
atom_style           atomic
#-------------4、建模------------------
lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 2.357   &
        basis   0        0  0  & 
        basis   0.333    0  0  & 
        basis   0.5     0.5 0  &
        basis   0.833   0.5 0
region                box block 0 ${xbox} 0 ${ybox} -5.0 5.0 
create_box            1 box
region                graphene block 0 ${xbox} 0 ${ybox} -0.1 0.1 
create_atoms          1 region graphene 
mass                  * 12.011150 
write_data            01.lammpstrj

5.2 AA堆垛

#-------------1、参数设置------------------
variable	Lx	equal	20    
variable	Ly	equal	20
variable	Lz	equal	0.8
#-------------2、单元大小------------------
variable        x         equal    ${Lx}     #x方向晶胞个数
variable        y         equal    ${Ly}     #y方向晶胞个数
variable        z         equal    ${Lz}     #y方向晶胞个数
variable        xbox         equal    round(v_x)            
variable        ybox         equal    round(v_y)
variable        zbox         equal    round(v_z)    

#-------------3、初始化------------------
units                metal
dimension            3
boundary             p p p
neighbor		     2.0 bin
neigh_modify         every 10 delay 0 check yes
timestep             0.001
atom_style           atomic
#-------------4、建模------------------
lattice custom  1.421 a1  3  0  0   a2   0 1.732  0 a3 0 0 3.357   &
        basis   0     0   0  & 
        basis   0.333    0  0  & 
        basis   0.5    0.5  0  &
        basis   0.833    0.5  0 &
        basis   0     0   0.5  & 
        basis   0.333   0.5  0.5  & 
        basis   0.5    0.5  0.5  &
        basis   0.833    0  0.5  
region                box block 0 ${xbox} 0 ${ybox} -5.0 5.0 
create_box            1 box
region                graphene block 0 ${xbox} 0 ${ybox} 0 ${zbox} 
create_atoms          1 region graphene 
mass                  * 12.011150 
write_data            AA.lammpstrj

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