MCAS2安装及遇到问题解决

MCAS2安装及遇到问题解决

MACS2（Model-based Analysis for ChIP-Seq）介绍：由Tao Liu实验室开发的一款在ubuntu上运行的专门处理CHIP-Seq数据的下游软件，是bowtie2处理数据得到sam文件后，或者samtools处理数据后的下游工具。官网
网上下载安装方式很多，推荐使用python从源代码安装，首先在python的软件包网站pypi使用wget命令下载它的最新版本MACS2-2.1.1.20160309，下载是一个tar打包压缩文件，使用正常的tar解压缩命令（tar -xzf ）之后打开解压缩后文件夹

root@DESKTOP-5KGGLM7:~/MACS2/MACS2-2.1.1.20160309# ls
bin        COPYING      MACS2           MANIFEST.in  README.rst  setup.py
ChangeLog  INSTALL.rst  MACS2.egg-info  PKG-INFO     setup.cfg   setup_w_cython.py

文件夹中的setup.py是python写的安装程序，需要python运行，注意python在在linux Ubuntu预装了，注意2.7和3.5两个版本都有，但是注意它们很多对应的软件不一样，再用aptget时需要加上对应的版本号比较恶心，比如python-setuptools直接下载的是2.7版本python能用的，3.5版本就识别不了，需要装python3。5-setuptools! MACS2只能用python2.7环境.

安装问题1：python安装需要很多依赖软件

root@DESKTOP-5KGGLM7:~/MACS2/MACS2-2.1.1.20160309# python2.7 setup.py install
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 22, in <module>
    from setuptools import setup, Extension
ImportError: No module named 'setuptools' 

首先提示没有setuptools，安装

apt-get install python-setuptools

root@DESKTOP-5KGGLM7:~/MACS2/MACS2-2.1.1.20160309# python2.7 setup.py install
CRITICAL:Numpy must be installed!  

然后提示没有安装numpy，再安装

apt-get install python-numpy

再次运行安装程序结果：

root@DESKTOP-5KGGLM7:~/MACS2/MACS2-2.1.1.20160309# python2.7 setup.py install                          //开始安装//
running install
running bdist_egg
running egg_info
writing requirements to MACS2.egg-info/requires.txt
writing MACS2.egg-info/PKG-INFO
writing top-level names to MACS2.egg-info/top_level.txt
writing dependency_links to MACS2.egg-info/dependency_links.txt
reading manifest file 'MACS2.egg-info/SOURCES.txt'
reading manifest template 'MANIFEST.in'
warning: no files found matching