从Ensemble来源的基因注释信息抓取人类基因组上5号染色体的编码miRNA基因并统计数量

1.首先得到人类基因组注释文件并解压

wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.annotation.gtf.gz
gunzip -f gencode.v29.annotation.gtf.gz

2.从中抓取出5号染色体的注释信息并新建一个注释文件

grep chr5 gencode.v29.annotation.gtf > gencode.v29.annotation.chr5.gtf

3.再从中抓取出来源是ENSEMBL的

grep ENSEMBL gencode.v29.annotation.chr5.gtf > gencode.v29.annotation.chr5.ensembl.gtf

PS：2、3命令可以直接通过管道命令来一行命令完成

grep chr5 gencode.v29.annotation.gtf | grep 'ENSEMBL' > gencode.v29.annotation.chr5.ensembl.gtf

这样由于命令2中得到的输出直接作为了命令3的输入，中间会少产生一个过程文件

[g19@halo Homework1]$ ls
gencode.v29.annotation.chr5.ensembl.gtf  gencode.v29.annotation.chr5.gtf  gencode.v29.annotation.gtf

[g19@halo Homework1]$ ls
gencode.v29.annotation.chr5.ensembl.gtf