Amber或Swiss model蛋白残基重新编号

最新推荐文章于 2024-01-12 10:26:13 发布
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分类专栏： MD 文章标签： python
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我们利用Amber 或者Swiss model 处理蛋白后，经常遇到蛋白残基编号从1开始的情况，为了与文献中提到的残基一致，我们需要用原来的编号。

本来用excel 处理下，结果发现报错，excel 中有太多的分隔符，可能在linux识别容易出 问题。
其实已经有人写了脚本，我们直接用就可以啦
https://github.com/williamdlees/AmberUtils

利用这个里的 RelabelChains.py
轻松搞定

xiaolan39
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"基于amber分子动力学：蛋白质-抑制剂亲和力计算实作范例" 本文将详细介绍基于amber分子动力学的蛋白质-抑制剂亲和力的计算实作范例。 amber分子动力学是一种常用的分子模拟方法，能够模拟蛋白质和小分子的相互作用...
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一、体系构建 Amber含有识别膜的lipid14、17力场，但本身不支持生成膜，需要用第三方的手段，这里介绍使用CHARMM-GUI构建 1、蛋白文件准备 蛋白质文件是否含有配体无所谓，但必须包含链的信息，氨基酸命名等正常即可 2、构建膜体系 【1】进入CHARMM-GUI https://charmm-gui.org/ 需要注册登陆 【2】进入膜构建页面 右上方选择input generator后进入功能选项，选择Membrane Builder-Bilayer Builder 【3】上传文件并勾选文
将蛋白质pdb文件中的受体和配体的残基序号重新排序
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09-18 748
蛋白质氨基酸序列排序
CADD-同源模建-3-SWISS-MODEL实操
zmqisu的博客
10-10 2540
如果一致度能达到30%，那么模型的准确度就可以达到80%，模型可以用于寻找功能位点，以及推测功能关系等。如果一致度能达到50%，那么模型的准确度就可以达到95%， 可以根据模型设计定点突变实验，设计晶体结构自转，辅助完成真实结构的测定。如果一致度能达到70%以上，我们可以认为预测模型完全代表真是结果，可以用来分子筛选，分子对接，药物设计结构功能研究。显示结果，选择"Model 02"，因为它具有最高 (100.00%) 的sequence identity以及相当大的coverage。
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GPCR蛋白一般残基编号(Generic residue numbering)
最新发布
recher_He1107的博客
01-12 690
介绍GPCR蛋白中的一般残基编号
生物信息学---蛋白质组学中氨基酸信息编码方式
JEREMY的博客
04-03 4930
其中 NTotal 是总组成残基的长度（例如，如果长度为 L 的蛋白质片段残基为 31 且 k = 0、1、2、3、4 和 5，则NTotal = L - k - 1 将是分别为 30、29、28、27、26 和 25）。其中 L 表示蛋白质序列片段 P 中来自中心位点的上游残基或下游残基的数量，如果ai是蛋白质序列片段 P 中的第 j 个位置残基，则 xi,j = 1，否则 xi,j = 0。N 表示蛋白质序列窗口大小(氨基酸序列长度)， Sim 是归一化的氨基酸替代矩阵， M 是。
Amber20.0安装包
04-23
Amber（全称为Assisted Model Building with Energy Refinement）是一个广泛使用的分子模拟程序，它结合了多种分子力学力场、量子力学方法以及高效的采样算法，用于研究蛋白质、核酸、多糖和其他生物大分子的结构、...
centos7.9安装amber20
04-23
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AMBER:处理不规则残基中遇到的问题
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rogerzhanglijie的专栏
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蛋白质结构预测(swiss-model,modeller )
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一、题目要求 MDEMATTQISKDELDELKEAFAKVDLNSNGFICDYELHELFKEANMPLPGYKVREIIQKLMLDGDRNKDG KISFDEFVYIFQEVKSSDIAKTFRKAINRKEGICALGGTSELSSEGTQHSYSEEEKYAFVNWINKALEND PDCRHVIPMNPNTDDLFKAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERAINK...
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