python读取.nii.gz文件并展示医学图片

python读取.nii.gz文件并展示医学图片

• 注意细节
• 我的数据集格式
• 展示图片
• 补充

 

注意细节

第一次做医学图像相关的内容，拿到数据集却不会用，搞了半天终于可以打开显示了，必须写一个给跟我一样的小白！！！
1.width, height, queue = img.dataobj.shape
这句话是取shape中的三个参数，而我的patient001_4d.nii.gz这个文件中shape是有四个参数的，我一直用这个文件做测试，然后一直报错，换其他几个文件就没毛病了，要用四个参数的文件，你加一个 width, height, queue,queue1 = img.dataobj.shape就不会报错，也不会影响后面的内容。
2.我参考了这个博客的代码：https://blog.csdn.net/m0_37852937/article/details/85031853

我的数据集格式

代码片.

#查看和显示nii.gz文件

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel import nifti1
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D

example_filename = 'patient001/patient001_frame01.nii.gz'
img = nib.load(example_filename)
print(img)
print(img.header['db_name'])  # 输出头信息

#shape有四个参数 patient001_4d.nii.gz
#shape有三个参数 patient001_frame01.nii.gz   patient001_frame12.nii.gz
#shape有三个参数  patient001_frame01_gt.nii.gz   patient001_frame12_gt.nii.gz
width, height, queue = img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

num = 1
for i in range(0, queue, 10):
    img_arr = img.dataobj[:, :, i]
    plt.subplot(5, 4, num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1

plt.show()

展示图片

补充

可以直接打开nii或者nii.gz格式文件，用itk程序，可以看图片，也可以将电影MRI切片成png格式的图片。还可以看专家已经标注好的分割效果。