放一张效果图,这些,三四年前的东西,我其实一直懒得说。
写在前面
“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说,也是一时兴起写出来的。开发的主要动机,还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样,四五年过去了。直到现在,我仍然没搞懂,这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间,专门为这个功能写教程。网络上已有的教程,均是用户们自发总结,确实已经讲解得足够清晰明白。多少,我有时看到还是有点感动,毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒,仍然是我的问题。工作以后,能静下心来写点文字的时间,越来越少。正是假期,我已然预见明天之后便是忙碌的一个月。为此,享受这最后一天。相对系统的总结一份教程,希望能减少一部分用户使用问题,也让一些朋友能够更好的使用工具。
这份教程,将会首先简单介绍界面组成,随后介绍分块功能(原名是 Amazing Optional Gene View,因为确实灵活),最后介绍全局组合。
功能界面介绍
TBtools 这个子工具的功能,比较稳健和丰富。可以先看看界面的主要组成。
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待可视化的基因 ID 列表或者进化树,如果输入的是进化树,那么进化树也是有基因 ID 的,在程序逻辑上,跟 ID 列表区别不大。TBtools 会使用这个基因 ID 列表,自动提取MEME,Domain,尤其是gff3/gtf 文件中的基因结构信息。用于展示。可想而知,这个输入对于 gtf/gff3 文件来说是必须,对于 MEME 等输入非必须。
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MEME / MAST XML File,对应的是MEME Suite的两个软件输出。从MEME Suite分析Motifs后,自然会得到这两个XML文件。当然,也可以用 TBtools 打包的 MEME/MAST GUI Wrapper,直接在 Windows/MacOS 电脑下本地跑。
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GFF3/GTF文件 - 基因结构注释信息,此处是 TBtools 最有趣的地方。用户当然可以提供只包含某些基因的文件,比如某个家族的所有成员的基因结构信息。但对于 TBtools 用户来说,准备这个文件,只是画蛇添足。TBtools 直接支持物种基因结构注释信息全集!在