TBtools
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生信札记
这个作者很懒,什么都没留下…
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GSAman | 我「玩着游戏」就把「科研做了」
据说,今天是「1024」,也就是网传的「程序员」节。虽然我不是「程序员」,不过今天还是可以给大伙分享一款「玩着游戏」就把「科研做了」的工具。原创 2022-11-04 16:09:43 · 1464 阅读 · 1 评论 -
精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
随着测序技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functional genomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础,在之前的《生信石头》推文中,CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释,结构注释描述了一个基因在基因组上具体的位置信息,是功能注释的前提。目前做结构注释大约有三种途径:从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低。原创 2022-11-04 16:04:56 · 2627 阅读 · 0 评论 -
摸鱼 | 随机听歌,就在「TBtools」
写在前面Emmm,今天是假期最后一天,想来想去,得搞个摸鱼工具。昨天释放了“Simple Dict”,感觉还是不错,至少我自己用了下,可以省去多开一个软件或者是.... 最近忙着赶课题,有点时间想听歌却....似乎很难找到能听的,要么不是VIP,要么歌曲质量是真的难对付。来来回回,发现“抖音榜”起码能听,另外随着大伙年纪也不小了,多少明白,现在能火的歌曲总是在“抖音”。打开软件跳转,要遇到广告;打开网页,又觉得麻烦;于是今天「TBtools」又多了一款摸鱼插件,就叫“Simple Random Music”原创 2022-02-16 16:57:30 · 503 阅读 · 0 评论 -
实用 | 全局划「词/句/段 」翻译,就在「TBtools」
写在前面近日边忙家中杂事,边在胡思乱想。静坐下来,也只是看看文献,看不到一篇。有一些「TBtools」可能应该有的特性,一直找不到方法实现。思来想去,终于还是找到解法。于是,写一个简单的插件,用来测试对应功能的稳健性,以及解法的可行性。简单在线查词 - Simple Dict以前,我查一些单词的时候,会直接复制然后到浏览器黏贴查找。尽管有一些词典软件可以使用,但安装起来,稍显麻烦。有写点代码的,我们都知道,不少词典有api,如百度,必应,有道,谷歌等等。我们需要查词,完全可以直接调用。实现起来比较简单,于是原创 2022-02-15 10:52:38 · 603 阅读 · 0 评论 -
更实用 批量解析 Sanger 测序.ab1文件 出图出文本
写在前面年前,推了两个插件,主要针对基因克隆实验中常见需求,即引物设计以及Sanger测序结果解读....(主要还是为了情怀,都是我接触生信之前一直想要的功能...),对应了三个推文:《实用 | PCR 引物特异性?用Primer Check检测一下》《眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!》《有点意思!Sanger 测序峰值图自动解析单倍型》其中最后一个推文事实上,是在「TBtools」老铁使用过之后做了增强。转眼两周过去了。万万没想到,不少湿实验的朋友过年期间一直在加班干实验。今天下午原创 2022-02-10 20:37:52 · 2195 阅读 · 0 评论 -
虎年大吉 TBtools 打工人返工喽
「虎年大吉」开机动画启动Emmm.... 去年12月份,黎老板说除夕给大伙特供「TBtools」虎年大吉开机动画~当时的说法是“构思都有了,放假回家,抽空再画”.....然后从除夕开始鸽,一天两天三天,鸽到初五财神到,她终于发来了,老板果然喜欢挑日子。丢给我一段.mp4,说是直接 PPT 怼的,然后就喊我折腾了....打开一看,感觉很不错。终于不用再看“吃完糖粥就过年”的动画了。随即,转成 GIF 推送到 TBtools 开机动画仓库。于是,大伙即日起,打开 TBtools,应该可以看到有意思~,唯一的缺点原创 2022-02-06 12:05:35 · 256 阅读 · 0 评论 -
「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握
写在前面原本,我并无写这一稿件的想法。主要原因有二:网络上已有相关资料较多,尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析,距离上次已是五六年,简单来说,不想谈如果要找合理解释,那么针对第一点,就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友;针对第二点,…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中,评论区答应了下,阅读过5000,那就写一写富集分析。于是,如果不写,总是不对。如果要写,只能现在写。毕竟有些事情,现在不做,以后真的不会做。基因集功能富原创 2021-12-10 14:53:33 · 16858 阅读 · 4 评论 -
教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定
我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨。写在前面在过去的一个月内,TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节,可以在这一教程中体现出来。而教程的主题,我还是稍微想了一下,尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。在我们拿到一个基因序列时,我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能,而对于编码基因,那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。要开展这一分析,最常规有效的做法就是,直接到 Uniprot原创 2021-10-21 16:43:36 · 1568 阅读 · 0 评论 -
TBtools 最新版本/大型插件/依赖下载链接
TBtools 最新版安装器下载链接https://tbtools.cowtransfer.com/s/ee62fed4375142Rserver.pluginhttps://tbtools.cowtransfer.com/s/68df33e849a84cDESeq2 Win64 Meta Packagehttps://tbtools.cowtransfer.com/s/436dba652f434bDESeq2 MacOS Meta Packagehttps://tbtools.cowt原创 2021-10-13 15:09:41 · 23173 阅读 · 3 评论 -
教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库
写在前面中秋和国庆期间,我总是要往返广州贵阳。工作在广州,家人在贵阳,于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有,也常常是夜晚的航班。播客听多了,发现只能等着节目更新。来来去去,最后还是要闭眼思考。活着,为了什么?这个课题怎么做?那个课题怎么做?有没有什么新课题想法?是不是把一些想法给忘掉了当然,常常有成果的,自然还是“TBtools的优化”。可能,这是比较简单的事情。开发至今 6 年有余,最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上,这些功能从当初开发到现在,几乎没有更新过。或许原创 2021-10-07 15:55:09 · 4944 阅读 · 1 评论 -
解决方案!TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义
写在前面很久很久以前,我期望通过插件模式让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。插件模式开放到现在,也是一年有余,期间我还是做了一些工作:1开放并完成 TBtools 插件模式,用户通过 Install Plugin 安装2软件分发相对低效,于是我开发 TBtools 插件商店,Plugin Store3尽管有插件商店,但依赖于我个人的小服务器,带宽太小,于是我做了优化,开发了,Plugin Store at High Speed4从 TBtools 开发起(2015年),我就希望,所有原创 2021-09-17 13:13:07 · 5089 阅读 · 0 评论 -
实用 | 写了一个 抽奖/点名 的功能,有点刺激!
写在前面最近遇到一个场景,需要用到一个抽奖功能。Emmm,几个人聊了下,NG哥说,最好还是相对刺激一点。于是大晚上快11点了提了一个,滚动并缓慢停止的抽奖要求。想了下,我用 JIGplot 给写了一个。前后花了个把小时,尽管有点小问题,但还是可以使用。与大伙分享一下,预计是,用在组会抽奖或者课堂点名会是挺好。两年前的抽奖小功能很久以前,我写过一个抽奖功能,比较简单,大体可以给大伙看下。那会 TBtools 还没有插件模式。于是这个功能,至今为止还躺在主程序下面。使用非常简单,支持:输入一个文本文件输入一个文原创 2021-09-11 12:15:34 · 124 阅读 · 0 评论 -
伪活码 | TBtools 用户再也不会找不到组织
目前,TBtools 社群 13000+ 人,接近生信札记公众号订阅人数的一半。当然,原本应该早就 20000+ 人的。前阵子,我解散了几个群,约等于清理了 10000+ 人。但随着时间推移,总会有新的朋友对 TBtools 感兴趣,开始使用 TBtools,也参与到具体的用户社群。其中,一些朋友实在是....执着于加入社区。比如,他们会通过:公众号评论或私信邮箱邮件QQ加我找中间人问我...而原因有二:不知道社群号码知道的社群都满人了对于第二种情况,我继续忍痛给“疼训”充钱!尽量保持最高等级的会员身份,这原创 2021-09-07 09:52:21 · 344 阅读 · 1 评论 -
我的挣扎 与 TBtools 的开发
到底还是写了一篇推文,却着实想不到一个合适的题目。可能这是我写过最长的一篇推文,约莫万字。这篇推文的主要内容应该包括:TBtools 开发为了什么?TBtools 是怎么开发出来的?TBtools 版本迭代历史?JIGplot <- JJplot2 <- JJplot 的迭代过程?我是如何接触生信的?本硕博均是园艺果树专业,如何一步一步自学并入门生信。一份生信编程入门书籍清单 和 社群与论坛推荐。一些不堪回首的往事。感谢陪伴我和帮助过我的人。PS:推文在 TBtools 文稿 Online 前后原创 2021-09-05 18:42:44 · 1204 阅读 · 0 评论 -
一键!构建最大似然树~ 简单又准确
写在前面很多人都知道“建树”,NJ树,最大似然树 - ML,贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个:分类推断演化顺序其他 - 如分析基因家族扩张收缩等很多人都会用 mega 来建树,因为他非常方便,导入序列,点击多序列比对,然后就建树(mega默认在建树前可以选择按有效位点比例剪切)。事实上,中间还缺一个关键步骤,我相信很多不接触演化的朋友完全不知道。那就是“筛选合适的氨基酸替换模型”。IQ-tree的横空出世,解决了这一问题。软件的流行,不仅仅在于其快慢,还在于其方便程度。当然,要做最方便,那么最好是,多序原创 2021-09-05 18:40:27 · 4193 阅读 · 0 评论 -
更新 | 如何对物种进行 Mapman 注释?
写在前面Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件,发表于2004年,其后不断更新,直到今日。我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影。在几年前,我写了系列 Mapman 软件使用指南,其后看到国内其他公众号或网课平台也发布类似内容。从某种角度来说,都推广了Mapman的使用。甚至有人误以为我参与了Mapman的开发。很遗憾,我没有这个机会,似乎也没有这个能力。不过,在软件使用上,我还是一下子就掌握的。Mapman使用的开始,需要对物种全基因组的蛋白序列进行Ma.原创 2021-07-13 08:34:54 · 1795 阅读 · 0 评论 -
简明教程 | 用 PPT 做卡通热图 - eFP Graph?!
写在前面不少人应该知道,在生物模式,通路,调控机制上,PPT 已然是常规工具之一。类似的,那么画卡通热图,PPT一样靠谱。我们知道,Adobe Illustrator 和 CorelDraw 都是收费的。而很多人并不乐意花钱买,另外就是学习难度也不低。但是呢,PPT 就不一样。只要买的是品牌电脑,尤其是笔记本或者上网本,那么都会自带正版的windows操作系统或者是 Office。换句话说,我们几乎每个人都有正版的 PPT。下述,我用 PPT 给大伙演示,如果做出来可重复使用的优雅的卡通热图。注意,似乎.原创 2021-06-07 08:26:50 · 1351 阅读 · 0 评论 -
“生信札记”公众号 30,000+ 人订阅
写在前面今天周日,2021年06月06日,想想是个好日子。我个人独立运营的“生信札记”微信公众号事实上,早就达成 3万 人关注的小目标。一直没有就这个事件写过一个推文。主要原因似乎是有其他推送安排,有冲突。当然真实原因是,我太懒。既然是周末,就还是休息一下,写一个跟学习、工作没啥关系的推送。注册公众号和开始运营“生信札记”公众号注册时间应该是不早不晚。具体当时注册的原因,我早已不记得。2016年03月20日(数字上等于我阴历生日,难道是?…)。TBtools 是 2015年08月05日 开始开发,原创 2021-06-06 19:05:43 · 675 阅读 · 1 评论 -
TBtools | 插件子菜单支持~转录组~共表达分析~
写在前面前些日子有遇到用户问道:“TBtools上安装插件的数目是不是有限制?”…对我来说,这是比较奇怪的问题。通过远程(todesk)查看,发现是对方安装了几乎所有 TBtools 插件,超过了屏幕可显示的空间,所以后面安装的插件无法看到。具体我回头看了下 TBtools 插件商店,发现目前有接近 40 个插件。会出现这种情况…今天想了一下,可能最方便的方法,还是加子菜单。插件子菜单支持整体逻辑简单,对于用户和对于插件作者操作类似。效果如下:对于插件作者,直接在插件主目录新建一个文件,命原创 2021-05-15 18:33:52 · 3133 阅读 · 0 评论 -
Fasta序列文件合并与分割,支持.seq等无头序列
写在前面我隐约记得我写过类似主题,但也并不确定。相关功能,我并不写使用说明的冲动,一者是这些功能至少是四五年前就有的,二者是这些功能其实比较简单,但也并不常用。然而,现在我还是决定写一篇。主要动机简单,TBtools “黑转粉” 的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话,我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人,确实不多。而后来,这位老铁的不少建议,我都是接受的。其中有很多好建议,尽管我都放在todo list。但既然这次的需求简单,我觉得我有必要做个回应。于是有今天这个教程。Fasta原创 2021-05-09 17:18:25 · 4103 阅读 · 2 评论 -
稀有 | GXF Stat 一次统计物种的Gene/mRNA/Exon/Intron/CDS/UTR...信息
写在前面近日在鼓捣课题的过程中,遇到了一些数据整理需求。需要快速统计物种的序列特征情况,比如基因,转录本,外显子,内含子,CDS,UTR等。但我们其实都清楚,很多物种的基因结构注释信息比较粗糙,所以前面我写了一个功能GXF Fix,详细见《GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3》。说实话,我觉得这个功能还是比较有用的。既然Fix有了,那么就可以搞“Stat”,于是今天主要介绍GXF Stat。看看结果文件先Emmm,这个功能说来也简单,就是做一个信息整理,结果文件如原创 2021-04-14 14:45:29 · 859 阅读 · 0 评论 -
贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3
写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载。对于绝大多数要使用这些公共资源的研究人员而言,有了这两个文件就足够了。但想象总是美好,现实却常常骨感。物种基因组很多,基因组序列质量不高的同时,基因结构注释信息文件更加不规范,往往直接影响下游数据分析。我最近在看一些数据,也就遇到类似的问题。如果规范化一个GFF3文件,补充对应的信息,使得该文件能够尽可能适应各类下游原创 2021-04-13 21:25:40 · 2201 阅读 · 0 评论 -
windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。
Motif,模式,pattern,如下。我个人理解为:一组具有类似特征的序列。而在分子序列中,那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸)的序列。Motif,不是一个序列,所以在生物序列分析时,无论是预测和挖掘,都并不是简单的完全匹配就能完成,他的处理,有点像正则表达式,但事实上,应是HMM。这种情况下,使用已有工具,其实是最合适的。MEME suite是一个motif挖掘和分析工具。在大多数情况下,我们会使用它从批量数据中鉴定出某些保守的motif,比如Chip-seq;当然,我们也会使用某个特定的mot原创 2021-04-12 22:26:30 · 1317 阅读 · 0 评论 -
TBtools | 多图合一至强版教程!进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....
放一张效果图,这些,三四年前的东西,我其实一直懒得说。写在前面“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说,也是一时兴起写出来的。开发的主要动机,还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样,四五年过去了。直到现在,我仍然没搞懂,这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间,专门为这个功能写教程。网络上已有的教程,均是用户们自发总结,确实已经讲解得足够清晰明白。多少,我有时看到还是有点感动,毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒,仍然是我的问题。工.原创 2021-04-05 14:57:40 · 25930 阅读 · 6 评论 -
插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Protein Anno
写在前面下游数据分析的时候,大体会遇到以下两个场景:手工查看基因组任意位置的基因,具体的注释信息,以及其前后基因的功能注释信息手上有某个序列或者某几个序列,想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有什么功能一般而言,我们会使用BLAST软件,比对到一些数据库,然后整理整理。不过这个过程还是相对较慢。快,估计是所有人都在追求的。要加速这个过程,其实只需要做两个事情:数据库本地化,因为网页总归是慢一些的,尤其是网站主机在国外,比如NCBI使用比BLAST更快的软件,如ghostz或者diamond原创 2021-03-14 20:42:40 · 2205 阅读 · 1 评论