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生物信息
文章平均质量分 78
生信札记
这个作者很懒,什么都没留下…
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GSAman | 我「玩着游戏」就把「科研做了」
据说,今天是「1024」,也就是网传的「程序员」节。虽然我不是「程序员」,不过今天还是可以给大伙分享一款「玩着游戏」就把「科研做了」的工具。原创 2022-11-04 16:09:43 · 1387 阅读 · 1 评论 -
精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
随着测序技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functional genomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础,在之前的《生信石头》推文中,CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释,结构注释描述了一个基因在基因组上具体的位置信息,是功能注释的前提。目前做结构注释大约有三种途径:从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低。原创 2022-11-04 16:04:56 · 2413 阅读 · 0 评论 -
IGV-GSAman |「功能基因组时代」的高效率科研工具
今天周末,转眼10月份只剩一周。万万没想到,一个月下去,我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事情,可以干成「22天」?到底还是我对前面的版本,不太满意。当然,我想今天应该要告一段落,起码在新功能的特性的增加上,可以基本告一段落。暂时我没想到新的非常 exciting 或者用户也没提出让我觉得确实非常值得尽快更新的功能。于是,今天对 GSAman 已有的功能特性做一个汇总,同时也做一个 GSAman 相关推文目录贴,方便大伙了解。**正确的开始,不一定能到达计划的终点。原创 2022-10-22 21:21:49 · 1532 阅读 · 0 评论 -
docker | 基于 WSL2 在 Windows 下使用 docker
题外题内绝大多数人安装 WSL2,其实是为了在 Windows 下用 docker。无论是 Windows/Mac/Linux 都可以直接在https://www.docker.com/products/docker-desktop下载对应安装包下载完成后,双击打开。按照提示安装即可。注意到,其中显示的"WSL2",即前述我们安装的 WSL2。安装完成后,重启重启后,桌面可以看到 Docker-desktop 图标,双击即可。选择接受条款,进入下一步。开启后进去界面,设置 Ubuntu 为底层VM Os简单原创 2022-03-03 08:26:48 · 2365 阅读 · 0 评论 -
教程 | 安装WSL2,在 Windows 下使用 Linux 操作系统工作
检测 Windows 操作系统版本目前(2022年01月24日)应该绝大部分 Win10 操作系统都支持 WSL2 ,除非....躲开了MS的强制后台更新....打开CMD,输入winver或者ver即可看到对应版本,与官方要求比较下即可知悉安装方法注意!!!有两种安装方法,一种是自动安装,一种是手动安装。不建议自动安装,因为绝大多数人的网络无法支持。1. 直接自动安装参考官方内容https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install优点:一步到位缺点:网络原创 2022-03-03 08:24:38 · 2605 阅读 · 0 评论 -
实用 | 全局划「词/句/段 」翻译,就在「TBtools」
写在前面近日边忙家中杂事,边在胡思乱想。静坐下来,也只是看看文献,看不到一篇。有一些「TBtools」可能应该有的特性,一直找不到方法实现。思来想去,终于还是找到解法。于是,写一个简单的插件,用来测试对应功能的稳健性,以及解法的可行性。简单在线查词 - Simple Dict以前,我查一些单词的时候,会直接复制然后到浏览器黏贴查找。尽管有一些词典软件可以使用,但安装起来,稍显麻烦。有写点代码的,我们都知道,不少词典有api,如百度,必应,有道,谷歌等等。我们需要查词,完全可以直接调用。实现起来比较简单,于是原创 2022-02-15 10:52:38 · 561 阅读 · 0 评论 -
更实用 批量解析 Sanger 测序.ab1文件 出图出文本
写在前面年前,推了两个插件,主要针对基因克隆实验中常见需求,即引物设计以及Sanger测序结果解读....(主要还是为了情怀,都是我接触生信之前一直想要的功能...),对应了三个推文:《实用 | PCR 引物特异性?用Primer Check检测一下》《眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!》《有点意思!Sanger 测序峰值图自动解析单倍型》其中最后一个推文事实上,是在「TBtools」老铁使用过之后做了增强。转眼两周过去了。万万没想到,不少湿实验的朋友过年期间一直在加班干实验。今天下午原创 2022-02-10 20:37:52 · 2045 阅读 · 0 评论 -
「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握
写在前面原本,我并无写这一稿件的想法。主要原因有二:网络上已有相关资料较多,尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析,距离上次已是五六年,简单来说,不想谈如果要找合理解释,那么针对第一点,就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友;针对第二点,…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中,评论区答应了下,阅读过5000,那就写一写富集分析。于是,如果不写,总是不对。如果要写,只能现在写。毕竟有些事情,现在不做,以后真的不会做。基因集功能富原创 2021-12-10 14:53:33 · 16330 阅读 · 4 评论 -
教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定
我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨。写在前面在过去的一个月内,TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节,可以在这一教程中体现出来。而教程的主题,我还是稍微想了一下,尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。在我们拿到一个基因序列时,我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能,而对于编码基因,那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。要开展这一分析,最常规有效的做法就是,直接到 Uniprot原创 2021-10-21 16:43:36 · 1458 阅读 · 0 评论 -
TBtools 最新版本/大型插件/依赖下载链接
TBtools 最新版安装器下载链接https://tbtools.cowtransfer.com/s/ee62fed4375142Rserver.pluginhttps://tbtools.cowtransfer.com/s/68df33e849a84cDESeq2 Win64 Meta Packagehttps://tbtools.cowtransfer.com/s/436dba652f434bDESeq2 MacOS Meta Packagehttps://tbtools.cowt原创 2021-10-13 15:09:41 · 21829 阅读 · 3 评论 -
教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库
写在前面中秋和国庆期间,我总是要往返广州贵阳。工作在广州,家人在贵阳,于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有,也常常是夜晚的航班。播客听多了,发现只能等着节目更新。来来去去,最后还是要闭眼思考。活着,为了什么?这个课题怎么做?那个课题怎么做?有没有什么新课题想法?是不是把一些想法给忘掉了当然,常常有成果的,自然还是“TBtools的优化”。可能,这是比较简单的事情。开发至今 6 年有余,最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上,这些功能从当初开发到现在,几乎没有更新过。或许原创 2021-10-07 15:55:09 · 4631 阅读 · 1 评论 -
教程 | 基因家族扩张与收缩分析
介绍#1■ 在比较基因组分析,对直系同源基因分析后,往往接着就是基因家族扩张收缩分析。确定生物间表型差异背后的遗传变化和导致变化的进化压力,是进化生物学的主要目标之一。基因组分析工作已经揭示了物种间基因家族的成员频繁获得和丢失。基因家族规模的变化可能有利、有害或者中性,但基因家族的数量变化也是形成物种特异的重要原因之一。#2■ 推荐一下普遍使用的软件CAFE (Computational Analysis of gene Family Evolution)。小编永远支持具体问原创 2021-09-23 14:07:28 · 7971 阅读 · 0 评论 -
教程 | 柚子的祖先啥时候出来的?物种分歧推断
介绍还是接上之前Orthofinder分析后,很多老师和同学都会选择做时间分歧分析。Orthofinder下篇Orthofinder上篇"时间分歧" 简单来说,就是确定物种分化的大概时间区域。分歧时间区域计算原理:基于已知的时间节点(已被报道的分支时间节点/具有化石时间)和分子钟计算,推算系统发育树的其他节点发生的时间。简单补充分子钟原理:任意两个物种,自从分化成两个物种后,他们之间的遗传差异的进化速率应该与分化的时间保持相对稳定。举个例子:人与青蛙的分化点肯定比人与猴子的早,那么人与猴子的序列差异理论上会原创 2021-09-13 10:45:40 · 1810 阅读 · 4 评论 -
收藏贴 | Vitural Box 虚拟机 CentOS 7 系统配置扩展 - CPU、内存、硬盘
写在前面第二期暑期培训已然结束,再一个一周七天,内容还是不少。此次培训,我们与往常一样,仍然让老师们使用Vitural Box虚拟机。这可以保证老师后续可以反复练习,而无需支付额外费用,如云服务器机时费等等。当然,这也有一定的代价,其中之一,即虚拟机的配置不能太高,不然可能大部分老师的电脑满足不到硬件要求。培训接触,前后三年,陆续有老师使用该些虚拟机分析自己的数据,也得到分析结果,推进了自己的课题。但对于越来越大的数据,我们提供的虚拟机配置常常不能满足需要。当然,对于常见的计算资源调整,在 Virtural原创 2021-09-10 12:25:58 · 596 阅读 · 0 评论 -
Nat Genet | 湖南农业大学群体基因组学研究揭示古老芥菜身世之谜、百变之源
2021年9月6日,国际著名学术期刊Nature Genetics在线发表了湖南农业大学刘忠松教授团队联合中国农业科学院油料作物研究所华玮研究员团队等国内外多家单位完成的题为“Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea”的研究论文。该研究解决了芥菜起源的百年之争,揭示了芥菜形态的百变之源,为芥菜基因组选择育种奠定了坚实基础。芥菜用途广泛,收籽榨油的叫芥菜型油菜,收籽磨粉做辣味调料原创 2021-09-06 23:09:37 · 422 阅读 · 0 评论 -
我的挣扎 与 TBtools 的开发
到底还是写了一篇推文,却着实想不到一个合适的题目。可能这是我写过最长的一篇推文,约莫万字。这篇推文的主要内容应该包括:TBtools 开发为了什么?TBtools 是怎么开发出来的?TBtools 版本迭代历史?JIGplot <- JJplot2 <- JJplot 的迭代过程?我是如何接触生信的?本硕博均是园艺果树专业,如何一步一步自学并入门生信。一份生信编程入门书籍清单 和 社群与论坛推荐。一些不堪回首的往事。感谢陪伴我和帮助过我的人。PS:推文在 TBtools 文稿 Online 前后原创 2021-09-05 18:42:44 · 1115 阅读 · 0 评论 -
终极奥义! 生信软件安装神器~ conda 从入门到精通
前言生物信息学分析常常需要用到许多不同的软件,常见安装方式有三种:源码安装,要求安装者对包有较充分的认识,适用于开发者或深入学习和挑战者;预编译版本安装,一般安装者将其拷贝到目录下即可运行;第三方安装管理软件,如conda、Bioconductord等包管理软件和docker、singularity等镜像管理软件。但是三种方式各有长处:预编译版本最简单,但许多包并不提供这种版本。绝大多数包都提供源码,但源码的依赖环境对于小白太过不友好(初期少不了砸键盘)。第三方管理包帮你解决了环境依赖, &nb原创 2021-09-05 18:35:18 · 1623 阅读 · 0 评论