学习记录
橙子榴莲巧克力
这个作者很懒,什么都没留下…
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小鼠与人类ID转换
发现一个好用的R包,homologene之前用的包是biomart,不好用,老是连不上网原创 2022-12-03 23:08:24 · 736 阅读 · 2 评论 -
单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记
本笔记主要参考https://www.jianshu.com/p/75c6d55a63bb?from=timeline主要是为了理清思路,记录一下,方便以后查找Seurat软件介绍导入分析需要的包library(Seurat)library(dplyr)library(magrittr)读入矩阵#matrix.mtx, genes.tsv, and barcodes.tsv#使用Read10X函数读取矩阵数据pbmc.data <- Read10X(data.dir = "..原创 2021-05-13 20:53:04 · 8526 阅读 · 1 评论 -
单细胞测序两组差异分析—seurat包
尝试使用seurat包进行两组间差异分析使用的是seurat包自带的数据#首先载入需要的包library(Seurat)#安装seurat-data包install.packages('devtools') library("devtools")devtools::install_github('satijalab/seurat-data')library(SeuratData)library(patchwork)安装数据集# install datasetInstallData原创 2021-05-20 09:50:53 · 25925 阅读 · 7 评论 -
按照分组筛选一组中最小值 tidyverse 包
tidyverse包功能很多,目前用到的就这个。根据name分组,计算不同组的最小值。原创 2022-11-19 10:11:50 · 163 阅读 · 0 评论 -
记录一下TwoSampleMR安装
虽然有些问题仍然没有解决,但是如果以后再遇到这种github包安装的时候可以借鉴相同思路。为什么要记录TwoSampleMR的安装过程呢?因为这个包足足安装了1个半小时。有帖子说可以用httr包修改代理,但我实在不懂代理是个啥,所有就放弃这个方法了。还是有一些没有解决的问题,比如。安装完依赖包后最后成功。原创 2022-11-05 16:14:52 · 6635 阅读 · 3 评论 -
ATAC-seq数据分析流程学习记录及总结
记录ATAC-seq数据分析流程,主要是参考健明老师的教程以及网上各种学习资源进行总结,网址在下面。原创 2022-10-27 21:09:32 · 151 阅读 · 0 评论 -
使用百度网盘上传大文件到云服务器
因为需要把几个7G大小左右的数据上传至服务器,但无奈使用的是共享服务器,上传速度非常慢。管理员建议可以用奶牛快传(目前收费)中转,百度搜了一下,百度网盘有相同作用,正好有会员,就使用了百度网盘来传,速度是几M/s。因为用的是conda,bypy用conda安装不了,需要用pip安装,又创建了一个新环境,用于下载数据(不然后面安装包可能会有的冲突)。参考文章及视频:https://www.jianshu.com/p/4695e09b14ac。先进入服务器下载数据的文件夹下,进行下载。原创 2022-10-21 10:06:06 · 1146 阅读 · 0 评论 -
使用dplyr包排序
【代码】使用dplyr包排序。原创 2022-09-17 22:33:09 · 302 阅读 · 0 评论 -
创建conda环境时遇到以下错误: Found conflicts! Looking for incompatible packages.(包含conda卸载)
创建conda环境时遇到以下错误:之前没有遇到过这种问题,在网上搜索了一些帖子尝试升级和降级conda版本都没能解决。有一个帖子说可能是之前用pip安装过软件(具体链接找不到了=_=),与conda有冲突,需要重新安装conda先卸载再重新安装。原创 2022-09-12 08:56:22 · 7122 阅读 · 1 评论 -
ANACONDA中复制安装包命令行
发现有的时候conda安装包安装不上,但是在ANACONDA中复制命令就可以啊。原创 2022-09-11 20:24:43 · 320 阅读 · 0 评论 -
R write.table()不输出行名1,2,3
write.table()不输出行名1,2,3。加参数row.names = FALSE,原创 2022-08-28 17:50:28 · 1267 阅读 · 0 评论 -
记录常用的R语言的一些零碎知识(包括ggplot2作图)
平常使用R的时候,会遇到一些小问题,这时就会去上网查,但查到结果,如果不记录起来,常常会遇到相同的问题时再次查询,费时费力,因此决定记录下这些零碎的R语言知识(不定时更新)1.查看R版本号version2.输出的txt文件去掉第一列1,2,3…在输出的参数加上row.names=F........................原创 2021-10-03 18:21:02 · 955 阅读 · 0 评论 -
NCBI与其他网站基因转换
参考:http://t.zoukankan.com/djx571-p-10263640.html下载info网址:http://t.zoukankan.com/djx571-p-10263640.html原创 2022-06-22 00:06:01 · 708 阅读 · 0 评论 -
用R语言进行筛选数据
对于大数据,linux和python是很好的处理工具,但是对于这两个语言不熟悉的盆友来说,R语言是非常好的替代工具最近发现了一个很好用的R包tidyr,可以根据符号将文件中的列分割为多列,比如还有subset(),也非常实用,可以非常轻松地筛选行与列...原创 2022-06-21 09:20:33 · 6547 阅读 · 0 评论 -
annovar与VEP对SNP进行位置注释
VEP与annover原创 2022-06-13 16:05:37 · 1215 阅读 · 0 评论 -
conda常用命令(持续更新)
#删除创建的环境conda remove -n hicpro --all#安装包出现Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve问题conda update -n base condaconda update --all#查看环境中已经创建的conda info --envs原创 2022-06-04 15:42:40 · 125 阅读 · 0 评论 -
HIC-pro安装经验帖
HIC-PRO安装经验帖原创 2022-06-04 15:26:17 · 444 阅读 · 0 评论 -
crossmap转换坐标(liftover也可以,不过我只用它转换过bed文件)
在创建的python环境下进行conda activate test_py3安装conda install crossmap检查是否可以使用CrossMap.py -h下载chain文件https://pythonhosted.org/CrossMap/示例CrossMap.py bigwig hg38ToHg19.over.chain.gz GSM4950768_KYSE30_2_4.normalized.bigWig KYSE30_2_4_hg38.bigwig#基本格式p原创 2022-05-19 15:54:09 · 770 阅读 · 0 评论 -
mac版 IGV(版本2.12.3)安装
安装了近2个小时,一直出现的问题就是没有报错,就是点图标无反应,一度想放弃,但终于柳暗花明!之前电脑安装过,但因为电脑之前升级, 基本格式化, 之前的软件环境都没了网上搜解决方法未果. 因为软件应该没问题,就考虑是Java的问题. 最开始安装的Java8(比较久版本的IGV对应version 8), 点图标无反应; 配置环境变量后仍不行, 考虑可能是Java版本的问题, 搜IGV官网也没有说明具体对应的是哪个版本的, 是在老版本的页面发现的需要提前安装Java, 最新版的IGV需要Java11, 官原创 2022-04-26 21:25:56 · 1820 阅读 · 0 评论 -
conda安装idr出现SOLVING ENVIRONMENT: FAILED WITH INITIAL FROZEN SOLVE. RETRYING WITH FLEXIBLE SOLVE的解决
conda安装idr出现SOLVING ENVIRONMENT: FAILED WITH INITIAL FROZEN SOLVE. RETRYING WITH FLEXIBLE SOLVE的解决借鉴https://blog.csdn.net/qq_32480989/article/details/122880450https://blog.csdn.net/hhhhhhhhhhwwwwwwwwww/article/details/112726892https://blog.csdn.net/qq_3原创 2022-04-26 16:21:03 · 346 阅读 · 0 评论 -
chipseeker注释出现Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method fo
chipseeker注释出现Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for signature ‘“SortedByQueryHits”’错误如下:上网搜了一圈未果,试了TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene包是可以的,觉得还是出在txdb上,因此查看了txdb,染色体号没有加“chr". 修改文件的染色体号原创 2022-04-13 12:59:22 · 3495 阅读 · 0 评论 -
featurecount 计数reads
conda install subreadhttps://www.jianshu.com/p/4f2112a2c219https://wenku.baidu.com/view/92c5ecf95322aaea998fcc22bcd126fff7055dcb.htmlfeatureCounts -T 5 -p -t exon -g gene_id -a Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -o A1_count.txt A1_1_sorted.bam原创 2022-04-13 12:03:59 · 438 阅读 · 0 评论 -
甲基化位点整理代码
甲基化差异分析DSS包使用之前的数据整理代码这个文件是Bismark鉴定后的stat文件,目前我用的不是这个文件(是Bismark去重后的文件)以下是前期处理的代码,思想是可以借鉴的BiocManager::install(version = "3.14")BiocManager::install("DSS")BiocManager::install("bsseq",force = TRUE)install.packages("stringr")install.packages("tidyve原创 2022-04-06 08:42:26 · 690 阅读 · 0 评论 -
下载SNP周围的氨基酸序列的fastq文件
首先在ensembl中确认SNP在蛋白上的位置;然后在NCBI上打开这个蛋白的序列,选择SNP所在位置的上下游,即可下载NCBI上如何打开蛋白的序列,可以参照这个百度经验https://jingyan.baidu.com/article/ac6a9a5e11075c2b653eac22.htmlOK!...原创 2022-02-08 22:24:08 · 518 阅读 · 0 评论