featurecount 计数reads

最新推荐文章于 2024-05-01 23:33:55 发布
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分类专栏： 学习记录 文章标签： r语言
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featurecount 计数reads

conda install subread

参考链接
https://www.jianshu.com/p/4f2112a2c219
https://wenku.baidu.com/view/92c5ecf95322aaea998fcc22bcd126fff7055dcb.html

featureCounts -T 5 -p -t exon -g gene_id -a Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -o A1_count.txt A1_1_sorted.bam
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RNA-seq-workshop：RNA-seq-workshop
02-15
修整质量适配器修整如何使用HISAT2在参考上比对测序读数创建参考序列对齐参考上的读数定义对齐格式SAMtools简介如何获得计数矩阵什么是注释文件如何使用featureCount 差异基因表达分析（使用DESeq2，edgeR和Limma...
htseq-count的使用
高锦的博客
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RNA-seq：转录组数据分析处理（上）
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RNA-seq：转录组数据分析处理 一、流程概括 RNA-seq的原始数据（raw data）的质量评估 raw data的过滤和清除不可信数据（clean reads） reads回帖基因组和转录组（alignment） 计数（count ） 基因差异分析（Gene DE） 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备...
使用featureCounts进行定量分析
庐州月光的博客
09-23 1万+
欢迎关注”生信修炼手册”!featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数，也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量，也支持e...
RNA-seq(4) :采用Feature counts进行reads计数，合并矩阵,并进行基因ID注释-学习笔记
leo12354的博客
07-23 1万+
主要参考网站： htseq-count对reads计数并合并矩阵 原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练 序列对比之后，按照以往的分析程序，接下来要看reads数目多少了。最常使用的软件是htseq。可以参考用htseq-count对reads计数并合并矩阵。但是这个方法真的很费时间，所以找到了一个便捷的工具，Featurecounts。 还是要先下载，因为之前我在学习RNA-seq的时候下载了htseq,但是没有下载这个。 #featureCounts 在 subread 这个包里面 con
基因/转录本/任意特征 表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解
weixin_34279061的博客
03-27 8783
featureCounts真的很厉害。 常见的参数（没什么好说的，毕竟是固定的）： -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 　　 关键是以下几个参数怎么设置： -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping...
2021.04.09丨使用featurecount进行定量处理
04-09 1万+
摘要 接到一个个性化分析，客户发了一个文档，明确了分析流程以及使用工具。其中定量环节要求使用featurecount工具。平时我都是使用htseq-count进行定量，因此，在这里记录一下新工具的使用步骤和遇到的一些小问题。 软件版本 featureCounts(subread) v2.0.1 使用说明 安装featureCounts 该工具属于Subread软件中的定量工具，另外subread还可以进行比对和寻找SNP位点，在这里就不详述了。我们要做的就是安装Subread
【1】RNA-seq 测序数据之Hisat2比对-featurecount计算-EdgeR分析
AlisLee的博客
12-08 4399
使用Hisat2-featurecount-EdgeR对RNA-seq 测序数据进行快速计算及结果呈现
生物信息百Jia软件（22）：featureCounts
xxxie_的博客
08-11 4974
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 编者按 虽然短序列比对工具subread的使用没有bwa和hisat2流行，但是软件包中的featureCounts工具却使用比较广泛。尤其是在利用R语言进行RNAseq分析时，featureCounts几乎成为必须使用的工具。当然说的是R语言版本的featureCounts。 一、功能分类： reads计数 二、...
python 提取文件指定列的方法示例
12-31
之前用featureCount 处理得到结果，要提出第一列gene_id 和 readcount 列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。 for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done 删除当前文件夹下所有文件...
shp导入导出Oracle（C#）
09-01
1.OGR读取shp（本地或者Oracle）中的属性信息，包括获取Layer，Feautre，FeatureCount，GeometryType，FieldValue，WktCoordiante等等； 2.读取本地shp上传到Oracle（OGR的CopyLayer和SQL语句两种方法上传）； 3....
featurecount 实现
chen_amiao的博客
03-02 3943
featurecount
【转录组】基因定量分析 featureCounts的使用
weixin_43840576的博客
06-03 7383
featureCounts的使用featureCounts的安装featureCounts的使用 featureCounts的安装 在转录组进行统计基因count数的时候，Htseq-count与featureCounts为使用最多的软件，其中htseq-count的速度较慢，而featureCounts的最大特点就是快。 下载与安装 $ wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-L
基于RNA-seq的基因表达分析
xxxxx
09-23 1万+
我的青春     最近在做一些小麦基因的表达分析，想到使用RNA-seq的数据进行生物信息学分析，并且比我做实验用的组织还要多。     下载数据之后，首先要对数据进行低质量序列和载体序列等污染序列去除，我这里结合了两个软件AdapterRemoval和bbduk2, bbduk2是bbmap中的一个子程序。AdapterRemoval --file1 input1.fastq.gz --fil
Text-to-SQL小白入门（12）Awesome-Text2SQL开源项目star破1000
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05-01 1048
​ Awesome-text2sql项目是DB-GPT开源社区的子项目，支持中英文两种语言，主要收集了针对大型语言模型和Text2SQL等的精选教程和资源，希望能够共同学习、共同推动Text2SQL领域进步！
主成分分析在R语言中的简单应用：使用mvstats包
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在数据科学领域，主成分分析（PCA）是一种广泛使用的技术，主要用于数据降维和探索性数据分析。PCA可以帮助我们发现数据中的模式，减少数据集的复杂性，同时保持数据中最重要的特征。本文将介绍如何在R语言中使用`mvstats`包来执行PCA，并通过一个具体例子来展示其应用。
python 怎么调用R
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05-01 1212
相应的函数是robjects.StrVector()/robjects.IntVector()/robjects.FloatVector()/robjects.complexVector()/robjects.FactorVector()/robjects.BoolVector()/，这些函数将python列表转化成R的字符/整数/浮点/复数/因子/布尔向量。如何在python中调用R？这其中包括了如何调用R的对象（函数和包），R和python的对象如何互相转换，以及如何调用R的脚本（外界参数的输入）。
【大数据】利用 Apache Ranger 管理 Amazon EMR 中的数据权限
书山有路，学海无涯。记录成长，追逐梦想
05-01 1147
系统安全通常包括两个核心主题：身份验证和授权。一个解决 “用户是谁” 的问题，另一个解决 “用户允许执行什么操作” 的问题。在大数据领域，Apache Ranger 是最受欢迎的授权选择之一，它支持所有主流大数据组件，包括 HDFS、 Hive、HBase、 Trino 等组件。
node-v4.8.6-win-x64.zip
最新发布
05-07
Node.js，简称Node，是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境，它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立，旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎，可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型，这使得它非常适合处理大量并发连接，从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外，Node.js使用了模块化的架构，通过npm（Node package manager，Node包管理器）,社区成员可以共享和复用代码，极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展，它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等，因此，开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序，这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中，许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台，如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能，简化了开发流程，并且能更快地响应市场需求。
private static MyFileHeader ReadFileHeader(StreamReader sr) { MyFileHeader mfh1 = new MyFileHeader(); mfh1.MinX = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MinY = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MaxX = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MaxY = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.FeatureCount = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); mfh1.ShapeType = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); mfh1.FieldCount = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); return mfh1; }
06-08
根据提供的代码，我可以看到这个函数是用来读取一个文件头的，其中包含了一些坐标、要素数量、形状类型等信息。当然，这个函数中也有一些字符串转换的操作，这些操作要求输入的字符串必须符合一定的格式。如果你收到了 "输入字符串的格式不正确" 的错误提示，那么很可能是因为输入的字符串不符合程序所期望的格式。 为了解决这个问题，你需要检查输入的字符串是否符合程序所期望的格式。具体来说，可以检查一下输入的文件头是否符合 Shapefile 文件格式的规范。此外，你还可以在代码中添加一些错误处理的逻辑，当输入的字符串不符合格式时，输出一些有用的错误信息，帮助你更好地定位问题所在。

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