HIC-pro安装经验帖

这个软件是目前为止今年安装的遇到bug最多的软件，所以记录一下安装过程

参考过的的经验帖
https://github.com/nservant/HiC-Pro
https://www.modb.pro/db/401433
https://blog.csdn.net/weixin_43551076/article/details/112197321

#下载解压

wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz

tar -zxvf v3.1.0.tar.gz

#进入文件夹下conda创建环境
#这个是查看conda info --envs得到的
#/home/y/miniconda3/envs/

conda env create -f environment.yml -p /home/y/miniconda3/envs/

conda activate /home/y/miniconda3/envs/

#安装需要的包

conda install -y samtools bowtie2 
#不一定是这个这个R版本，指定R版本安装的会比较快
conda install -c conda-forge r-base=4.1.2
conda install -y pysam bx-python numpy scipy

#还有遇到一个错误是HiC-pro Can not proceed without g++，这时可以自己安装 sudo apt-get install g++

#修改config-install.txt 文件，指定路径（一定要改这个，不然的话，默认安装的路径会在usr/bin下，会报错，permission denied）
#使用which查看文件路径
#PREFIX是单独创建的，不然会覆盖原来的文件

PREFIX = /home/y/Desktop/download/
BOWTIE2_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
SAMTOOLS_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
R_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
PYTHON_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
CLUSTER_SYS = TORQUE

#安装

make configure
make

#最后查看是否安装好，需要执行下面的命令，如果进入bin下会报错
/home/y/Desktop/download/HiC-Pro_3.1.0/bin/HiC-Pro -h