小鼠与人类ID转换

最新推荐文章于 2024-04-26 11:46:47 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/ACGTexplorer/article/details/128167989
版权

发现一个好用的R包，homologene
之前用的包是biomart，不好用，老是连不上网

install.packages('homologene')
library(homologene)
mouse_ID<-read.table("/Users/y/Desktop/小鼠ID.txt",header=T,sep="\t")

genelist<-mouse_ID$id
a<-mouse2human(genelist)
write.table(a,"/Users/y/Desktop/小鼠ID转换.txt",sep="\t",quote=F,row.names=T)
橙子榴莲巧克力
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生信小博士的博客
11-09 801
我想要研究的基因组我怎么知道是这个的呢 ，因为这篇文献里面提到。
使用集合映射和关联关系映射_使用R进行基因ID映射
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使用集合映射和关联关系映射Inter-conversion of gene ID’s is the most important aspect enabling genomic and proteomic data analysis. There are multiple tools available each with its own drawbacks. While performing e...
R中常用函数使用说明——持续更新
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09-22 4719
参考文章：（参见各标题链接） 老菜鸟最近进入了R的学习中，看的书籍用不上，使用时候还得满网到处去搜集各种说明，唉，累啊，写个R中各种命令的说明，方便自己查找学习吧。 1. 提取不同列的内容组成新变量——常用于分组信息的设置 #提取指定列的内容 #对数据中的Gene.ID和FPKM两列数据进行提取 m3108.FPKM <- m3108.gene.tab[,c(1,8)] 2. 重命名指定列名 #重命名全部的列 names(data) <- c("NO","name") #重命名单个列 col
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R：生信技能树学习笔记二(热图 id转换)
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当我们做的转录组或者芯片的数据是小鼠的时候，对于下游的分析，比如GSEA等分析要对生物学数据库注释，发现绝大部分数据库都是人类的基因名字，这个时候我们需要将小鼠的基因映射到人上，就是找小鼠...
biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换
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不同种属之间 同源基因的批量转换（R语言）
sjdaisy的博客
03-19 2997
具体代码如下 #安装homologene这个R包 install.packages('homologene') #加载homologene这个R包 library(homologene) #我的列表是人类的基因列表 options(stringsAsFactors = F) #读取代转换基因列表(如下图 genelist1<-read.table("human.txt",header = T,sep = "\t") #将上述读入的数据框格式转换为字符串的列表格 genelist2 &l.
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对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看 先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。 基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...
用biomaRt进行基因ID转换
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基因ID转换小工具，太实用了！
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