AutoDock4识别未定义的原子与AutoDock-GPU安装

最新推荐文章于 2024-05-24 14:47:18 发布

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文章标签：源码软件 linux

本文链接：https://blog.csdn.net/aiia18/article/details/126670786

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设置识别AD4_parameters.dat文件默认以外的原子，只需要在配置文件中添加原子信息即可，例如：

atom_par B      4.08  0.180  12.052   -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4  # Non H-bonding

AutoDock-GPU安装代码如下：

$ wget https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU/archive/refs/heads/develop.zip
$ unzip develop.zip
#默认解压到新文件夹
$ cd AutoDock-GPU-develop/
#设置主机名和线程名
$ make DEVICE=device_name NUMWI=128
#运行autodock_GPU
$ ./bin/autodock_CUDA_128wi --ffile protein.mps.fld --lfile ligand.pdbqt --nrun