学习Autodock分子对接

下载相关软件包:

一个python2.5版本(用conda下载不了,最低是2.7版)

配置./python2.5/Tools/Scripts到环境变量path里

windows下配置临时的环境变量,这里必须是大写的PATH:

#配置临时的环境变量:
set PATH=D:\Program Files\autodock4\python2.5;%PATH%
set PATH=D:\Program Files\autodock4\python2.5\Tools\Scripts;%PATH%
#查看环境变量变量值:
set path
#查看搜索到的python版本:
>python -V
Python 2.5.3

输入set关键字可以查看当前的所有变量 

下载一个autodocksuite软件包和一个mgltools软件包,windows安装根据提示就可以。

autoduck4自带python2,估计不用自己下载python2

分子对接的步骤:

1.配置autodock的工作目录:

在cmd里配置临时环境变量PATH,打开AutoDockTools可执行文件

点击File-->Preferences-->Set 打开一个窗口:

在General菜单里,设置Startup Directory为你的工作目录

工作目录至少要有如下5个文件:

  将工作目录复制到输入框内,点击Make Default即可

2.导入作为受体分子pdb文件、去游离O原子(水)、加H原子,保存为pdbqt文件:

选择File-->Read Molecule 将工作目录下的pdb文件导入

若是在结构预览窗里有红色的小点(游离的水(O原子)),将其删除:

选择Edit-->Delete Water

对残基加上H原子:

选择Edit-->Hydrogens-->Add-->OK

将处理好的构象选择为受体,保存为作为受体的pdbQT文件:

Grid-->Macromolecule-->Choose.. 在弹出的选择窗里选择目标对象,对出现的警告信息继续确定,对弹出的选择pdbqt文件保存路径的窗口进行确认

该步骤会自动对受体进行电荷计算

3.处理小分子配体pdb文件,保存为pdbqt文件

删掉栏目里的受体对象,同样导入小分子的pdb文件

进行加H原子操作:Edit-->Hydrogens-->Add-->OK

保存为配体的pdbqt文件:ligand-->input-->choose.. 在弹窗里选择配体文件,确定后对警告弹窗进行确定。

警告弹窗里会出现提示信息:这一步完成自动添加gasteiger电荷(修改原子类型)、合并非极性的H原子和检查结构的可扭转键。(在预览窗里结构的H数量减少)

检查配体分子的所有扭转键,调整可旋转键的位置和个数,方便之后查找配体的不同构象(半柔性对接):

Ligand-->Torsion Tree--> Detect Root (预览窗里结构出现一个绿色的小球表示这个结构的中心root)

Ligand-->Torsion Tree--> Choose Torsion (结构预览窗里不可扭转的键为红色,可扭转的键为绿色,表示酰胺键的粉色)

按住shift键,对粉色键进行点击,可将其转变为绿色的可旋转键,对绿色键可以做这个操作,红色键不行。

修改满意后,弹窗内点击Done确定

对配体分子保存为pdbqt文件:

Ligand-->Output-->Save as PDBQT进行pdbqt文件保存

4.导入受体和配体的pdbqt文件:

选择Grid-->Macromolecule-->Open.. 打开准备好的受体的pdbqqt文件,对弹出选择Yes

选择Grid-->Set Map Types-->Open Ligand.. 打开准备的配体的pdbqt文件

方便识别,修改受体和配体的显示方式:

 受体以二级结构的形式展现,配体以键线式展现:

5.设置工作盒子

选择Grid-->Grid Box.. 在预览窗里出现一个三色盒子,在弹窗来修改盒子的3轴,让盒子包围受体和配体,也可以只是包围配体和活性位点

将小分子拖到盒子外

选择DejaVu GUI 打开新弹窗:

在上面的红框内,取消mouse transforms apply to "root" object only 选择

点击下方红框内的ligand将指定鼠标的操作对象

在上方红框内, 我们知道鼠标左键进行旋转,右键进行移动,滑轮进行缩放。

右键预览窗里配体移出盒子

原先取消mouse transforms apply to "root" object only 重新勾选,关闭弹窗

6.保存调整好的盒子为gpf文件:

在Grid窗口内选择File-->Close saving current

选择Gird-->Output-->Save GPF..进行文件命名和保存

选择run--Run AutoGrid 打开新的弹窗

 保证Working Directoory(wd)是我们的工作目录(由于工作目录里夹了Program File,结果计算弹窗闪退,...)

在Parameter Filename选择wd里的保存的gpf文件,会在下面的Log Filename建立同名glg文件

最后点击Launch,出现新的计算弹窗,耐心等待弹窗自动消失。

在wd下蹦出很多*.map文件

7.进行分子对接计算,结果查看和保存:

选择大分子受体:

 由于我们进行半柔性对接,所以作为受体的大分子是刚性的(Rigid)

选择配体小分子:

 选择作为对接配体的pdbqt文件,弹窗中选择accept

选择合适算法:

Docking-->Search Parameters -->Genetic Algorithm -->打开的弹窗中选择Accept

Docking-->Docking Parameters-->打开的弹窗里选择Accept

Docking-->Output-->Lamarckian GA 4.2,,-->定义dpf文件名,作为对接结果的保存文件

运行Dock计算:

Run-->RunAutoDock-->弹窗里确保工作目录正确,brower定义的dpf文件,选择launch

同样等待弹窗自动消失。

查看计算完成得到的对接构象:

Analyze-->Dockings-->Open...,打开计算完成的dlg文件,读取获取的前10个对接构象

Analyze-->Macromolecule-->Open..自动打开对应的受体大分子

Analyze-->Conformations-->Played,ranked  by energy...,打开一个播放10个构象的弹窗

①点击播放10个构象,构象的顺序是按结合能从小到大排列

②点击打开查看H键等信息的弹窗 

 ①查看该构象结合能的大小和各个能量的贡献和形成H键的个数和对应的残基原子

②勾选后在结构显示窗里可视化H键

对对接结果进行保存:

①选择第一个对接结果,该将结果的结合能最小

②点击该按钮,出现如图的Set Play Options弹窗

③点击Write Complex按钮,对第1个对接构象保存为pdbqt文件

对接结果是否可靠的判断

由*.dlg文件查看计算出的前10个打分最低构象,查看得分(就是结合自由能(有些是加权计算来的结合自由能))。

autodock里结合自由能的单位是kcal/mol

如果结合自由能<-1.2kcal/mol,就算是对接成功。

若结合自由能单位是kj/mol,由于1kcal=4.184KJ,判断对接成功条件就是结合自由能<-5kj/mol

参考视频:

2分子对接完整步骤_哔哩哔哩_bilibili

分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读_【云森】的博客-CSDN博客 

  • 7
    点赞
  • 44
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 3
    评论
Autodock分子对接是一种计算方法,用于预测药物与蛋白质结合的方式和强度。在药物研发过程中,了解药物与靶点蛋白的结合方式对于药物设计和优化至关重要。 在Autodock分子对接中,首先需要准备药物和蛋白质的结构信息。药物的结构可以通过化学合成或者从数据库中获取到,而蛋白质结构可以通过实验技术例如X射线晶体学或者核磁共振得到。然后,通过计算方法将药物和蛋白质的结构信息转化为数学模型,在计算机中进行模拟。 在分子对接的计算过程中,药物和蛋白质的结构信息被转化为分子力场和描述分子间相互作用的能量函数。分子力场模型可以评估药物与蛋白质之间的相互作用力,而能量函数则可以评估药物在不同的结合位点上的结合能力。通过优化药物分子在蛋白质表面的位置和方向,可以预测药物分子与蛋白质的最佳结合位点和结合模式。 Autodock分子对接方法具有高通量和快速计算的优势,可以在大规模药物筛选中应用。然而,值得注意的是,Autodock分子对接的结果是理论预测,并不代表真实结合情况,因此还需要通过实验验证来进一步确认。 总之,Autodock分子对接是一种用于预测药物与蛋白质结合模式和强度的计算方法。它在药物研发中起到了重要的作用,可以用于筛选和设计合适的药物分子,为新药的发现提供有力的支持。

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

黄思博呀

真的有人打赏啊,超级感谢!

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值