[linux的RNA-seq公司数据上游处理]——搭建生信环境；熟悉linux系统操作；conda安装、配置及下载软件 /1

本侠女在此记录自学生信上下游分析，记录踩过的各种坑和解决办法。网上的资料所用代码，要么是独享服务器（有sudo等权限和批量设置）要么是数据库的原始文件（不需要上传数据等），就是一开始没有完全适合公司数据上游处理的，直到我看帖子看到吐，也逐渐摸索出最快捷的流程和省时省力的路。希望对大家有用。

Step0:配置服务器

我用的是共享服务器，不同于买的独享服务器，有很多不方便，也是后面运行代码时候踩坑的源头，既然，咱就这条件，也只能克服当下的困难。

Xshell是一款强大的安全终端模拟软件，可以用在Windows界面下访问远端不同系统下的服务器，从而比较好的达到远程控制终端的目的

FinalShell Linux版安装及教程 - FinalShell官网   #Linux版下载以及安装教程

拿到共享服务器的账号（由域名、用户名、端口组成）和密码之后，登录成功；

Step1:安装linux系统以及常规操作

linux常规操作如下：

df -h  #看服务器以及内存大小； quota -uvs  ${user}  #查看硬盘容量；du -sh ~  #查看已使用的内存；ls 文件夹路径 #看文件夹里的内容；Su user #切换用户名；PWD #查看当前路径；Free of-g #查看服务器访问量；cat /proc/cpuinfo lgrep pro   #查看服务器配置 "|"符号，不要看成L；

后面再做补充...

Step2:安装conda环境以及conda环境的常规操作

（引用Miniconda软件安装教程（Linux）_miniconda安装-CSDN博客）

1、linux端安装conda

（1）conda官网安装：1）  

（2）镜像安装：Wget -c 网址 （ -c的作用网速稳定） #下载conda（conda的作用就像是电脑端的“软件商店”，之后可以在这里相对快速的完成各种软件的下载，需要一次性配置相关的“搜索频道”，这里的网址就是国外的镜像，因为conda官方的很慢）

选择以下网址之一就可以

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

path选yes

enter

(3) 代码安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   #代码安装


conda --version  #重启终端窗口，验证安装成功

#“出现（base）表示在conda环境中了

2、添加频道

#清华镜像（有时候用不了）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

#阿里云镜像

  https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2                                                                     
  https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r                                                                         
  https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main                                                                      
  

#中科大镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/ 

3、常规操作

#移除镜像:conda config --remove channels+ https://mirrors.aliyun.com/aconda/cloud

conda config --remove https://mirrors.aliyun.com/aconda/cloud

#检查镜像

cat .condarc 

#显示当前镜像

conda config --show channels  

#查看当前conda使用环境/当前软件包list

conda env list 
conda info
conda info -e

#激活conda指定环境

conda activate name

#切换conda环境，/home/data/t210451/enter是conda list中查看到的base位于/home/data/t210451/enter下

source ~/home/data/t210451/enter

#退出conda环境

conda deactivate

#卸载conda

conda install anaconda-clean anaconda-clean

4、用conda下载软件

(1)先创建一个单独的软件环境

#conda create -n +name myenv#创建环境，最好指定环境指定特定的Python版本和软件包（去官网，确保包名称正确（包需要先在bioconda里面搜索一下名称是否正确），版本匹配且省时）  #myenv是环境名称

conda create --name myenv

(2)conda activate name激活此环境后，安装软件

#依次安装以下软件:Conda install +bioconda里面搜集到的安装包的网址： GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Tools

！！！需要注意：anaconda与python软件的版本应该一致。如果不一致，需要更新：

  conda update conda

  conda update anaconda

  conda update python

#卸载软件包

conda remove  package

# 更新指定软件

Conda update  name

#卸载指定软件

Conda remove name