MRI ANTs之将标准空间图谱配准到个体空间

最新推荐文章于 2023-05-24 09:23:52 发布

Τριφ□λ吖树

最新推荐文章于 2023-05-24 09:23:52 发布

阅读量585

点赞数

文章标签： linux 图像处理

本文链接：https://blog.csdn.net/ashu216/article/details/129569523

版权

这篇博客介绍了如何使用ANTs工具将标准空间的MRI图谱配准到个体空间，涉及关键参数如-dimensionality、-input-image-type、-reference-image、-output等，并讨论了插值方法和膨胀模板的重要性，特别是对于白质纤维连接矩阵的影响。

摘要由CSDN通过智能技术生成

命令

antsApplyTransforms -d 3 -e 0 -i atlas.nii.gz -r individual_dwi.nii.gz -o atlas_indv.niingz -n NearestNeighbor -t dwi2T1w_0GenericAffine.mat -t dwi2T1w_1InverseWarp.nii.gz -t T1w2MNI_0GenericAffine.mat -t T1w2MNI152_1InverseWarp.nii.gz -v 0 --float

参数说明

-d, --dimensionality 2/3/4 该选项强制将图像作为指定维度的图像来处理。如果默认则 antsWarp 会尝试从输入图像中推断维度。
-e, --input-image-type 指定输入图像类型的选项 0/1/2/3/4/5 分别代表标量/矢量/张量/时间序列/多通道/五维时间
-i, --input 定义输入图像
-r, --reference-image 定义参考图像，参考图像定义了输出warp图像的间距、原点、大小和方向。
-o, --output 定义输出图像
-n, --插值方法包括，Liner，NearestNeighbor， MultiLabel[<sigma=imageSpacing>,<alpha=4.0>]，
Gaussian[<sigma=imageSpacing>,<alpha=1.0>] ，BSpline[<order=3