MRtrix3 构建白质纤维连接矩阵

VIP文章 Τριφ□λ吖树

已于 2023-03-15 22:32:43 修改

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分类专栏： DTI NODDI 文章标签：矩阵 linux ubuntu

于 2023-03-15 21:09:18 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/ashu216/article/details/129561582

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tck2connectome: 这个命令可以利用streamlines文件和分割好的脑图(parcellation image)生成一个白质纤维连接矩阵。这里只介绍这个命令。

tck2connectome [ options ] tracks_in nodes_in connectome_out

如果不想一个个看，也可以直接参考例子。
（中文大部分机翻）

Options	Details	中文
-assignment_end_voxels	use a simple voxel lookup value at each streamline endpoint	在每个流线端点使用一个简单的体素查找值
-assignment_radial_search radius	perform a radial search from each streamline endpoint to locate the nearest node. Argument is the maximum radius in mm; if no node is found within this radius, the streamline endpoint is not assigned to any node. Default search distance is 4mm.	从每个流线端点进行径向搜索，找到最近的节点。参数是最大半径，单位是毫米；如果在这个半径内没有找到节点，流线端点就不会分配给任何节点。默认搜索距离为4mm。
-assignment_reverse_search max_dist	traverse from each streamline endpoint inwards along the streamline, in search of the last node traversed by the streamline. Argument is the maximum traversal length in mm (set to 0 to allow search to continue to the streamline midpoint).	从每个流线端点沿流线向内遍历，寻找流线最后穿越的节点。参数是最大遍历长度，单位是毫米（设置为0，允许继续搜索到流线中点）。
-assignment_forward_search max_dist	project the streamline forwards from the endpoint in search of a parcellation node voxel. Argument is the maximum traversal length in mm.	从端点开始向前投射流线，搜索一个取消节点体素。参数是最大遍历长度，单位是毫米。参数是最大遍历长度&#