NODDI Matlab Toolbox教程

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已于 2023-02-07 23:01:39 修改

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分类专栏： DTI NODDI 文章标签： matlab

于 2023-02-07 21:04:50 首次发布

原文链接：http://mig.cs.ucl.ac.uk/index.php?n=Tutorial.NODDImatlab

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NODDI Matlab Toolbox教程

软件依赖

2017年10月更新
1 带有Optimization工具箱的Matlab
2 NIFTI Matlab库：nifti_matlab https://github.com/NIFTI-Imaging/nifti_matlab

从0.9版本开始，将不再需要parallel computingMatlab工具箱，但建议使用。

安装

将NODDI 和nifti_matlab 工具包加载到matlab

addpath(genpath(‘/个人路径/NODDI_tool’))
addpath(genpath(‘/个人路径/nifti_matlab’))

如果之前加载了spm的路径，要先移除
rmpath(genpath(‘个人路径/spm8’))

准备

转格式

图像转格式

函数 CreatROI 可用于将原始格式转换工具包所需要的mat格式
进入到你的目标文件夹下，运行：

CreateROI('NODDI_DWI.hdr', 'roi_mask.hdr', 'NODDI_roi.mat');

如果是全脑分析，那么第二个参数可以填brian_mask。NODDI模型拟合涉及非线性优化，因此计算量很大，时间长。一定要建立一个良好的roi mask，排除不需要拟合的体素，以提高效率。特别是调试的时候，可以只用一个slice或者一个小区域来试运行代码。文件可以接受NifTI 或Analyze格式，但不能是nii.gz 或img.gz。

运行之后得到NODDI_roi.mat文件

bval/bvec 转格式

函数FSL2Protocol可用于将原始格式转换工具包所需要的格式

protocol = FSL2Protocol('NODDI_protocol.bval', 'NODDI_protocol.bvec');

如果你用的是Camino工具，可以用以下命令：

protocol = SchemeToProtocol('NODDI_protocol.scheme');

运行之后得到一个protocol 变量
在这里插入图片描述

拟合NODDI模型

函数MakeModel可以生成NODDI模型所需要的参数

noddi = MakeModel('WatsonSHStickTortIsoV_B0');

WatsonSHStickTortIsoV_B0 "是NODDI模型的内部名称。
结构noddi保存了与后续拟合相关的NODDI模型的参数。对于大多数用户来说，默认设置应该足够了。

随后开始拟合模型
如果你有并行计算工具箱，就用函数 batch_fitting 运行 NODDI 拟合，如果没有，就用 batch_fitting_single。

batch_fitting('NODDI_roi.mat', protocol, noddi, 'FittedParams.mat', 8);

该函数的前三个参数已在前面的步骤中生成。第四个参数指定用于存储估计的NODDI参数的mat文件名。最后一个参数设置了用于并行运行拟合的核的数量。根据你的实际情况修改，如果不指定，Matlab将选择默认设置。

如果是一台8核的机器，拟合过程大约15分钟。

如果运行因意外的系统重启或崩溃而中断，或因必要的停顿而中断，只需再次重复同一命令即可。它将从保存了估计参数的最后一个体素开始恢复被中断的运行(自1.04版本)。

batch_fitting_single的用法类似。

batch_fitting_single('NODDI_roi.mat', protocol, noddi, 'FittedParams.mat')

与batch_fitting类似，该函数支持恢复被中断的拟合运行。

完了会得到一个变量 FittedParams

输出拟合结果

SaveParamsAsNIfTI('FittedParams.mat', 'NODDI_roi.mat', 'brain_mask.hdr', 'example')

该函数将拟合参数（第1个参数）转换为NIfTI格式的体积，其空间维度与原始图像相同，由大脑mask（第3个参数）指定，还需要输入roi文件（第2个参数）。最后一个参数是指定输出文件名的前缀。(在0.9版本之前，你还需要输入模型，现在模型与拟合的参数文件存储在一起。）从1.04版开始，如果你用FittedParams.mat对一个中断的拟合运行进行操作，该函数将中止，并建议你重新运行中断的运行。

输出文件

在你的文件夹下，你会看到以下9个文件。

神经元密度（或细胞内体积分数）： example_ficvf.nii
定向分散指数（ODI）：example_odi.nii
CSF体积分数：example_fiso.nii
纤维方向： example_fibredirs_{x,y,z}vec.nii (各1个)
拟合目标函数值：example_fmin.nii
用于计算ODI的Watson分布的浓度参数： example_kappa.nii
错误代码：example_error_code.nii 非零值表示拟合错误（0.9版本之后才有这个功能）。

在这里插入图片描述

放上对应英文：
Neurite density (or intra-cellular volume fraction): example_ficvf.nii
Orientation dispersion index (ODI): example_odi.nii
CSF volume fraction: example_fiso.nii
Fibre orientation: example_fibredirs_{x,y,z}vec.nii
Fitting objective function values: example_fmin.nii
Concentration parameter of Watson distribution used to compute ODI: example_kappa.nii
Error code: example_error_code.nii (NEW) Nonzero values indicate fitting errors.

ficvf.nii、odi.nii和fiso.nii可以像FA这些参数用TBSS进行统计分析，当然也可以用其他统计方法。

进行全脑运算的话，一台8核的电脑，这可能需要一夜的时间。